2023年白银市200例新型冠状病毒全基因组测序与基因特性分析

目的分析2023年新冠病毒(SARS-CoV-2)变异株在甘肃省白银市的流行特点及其基因变异情况,为疫情防控和疫苗研发提供科学依据。方法选取2023年1—9月在甘肃省白银市医疗卫生机构就诊、住院和监测的新冠病毒感染(COVID-19)病例鼻(口)咽拭子样本200份,采用二代测序技术进行全基因组测序,利用MGI metargetCOVID软件进行序列组装分析、Pangolin平台分型,使用FREEBAYES检测变异位点、基于NIRVANA进行注释,使用MAFFT软件进行多序列比对和IQTREE构建系统进化树,并采用GGTREE和GGTREEEXTRA软件对进化树和相关的临床信息进行可视化分析。结果2023年1—9月白银市检出SARS-CoV-2均为Omicron变异株,其中第1季度(1—3月)为BA.5.2(32例,100.00%),第2季度(4—6月)主要为XBB(56例,62.92%)和FL(20例,22.47%)家族,第3季度(7—9月)主要由EG.5.1.1(52例,65.82%)主导;在中型病例中显著富集了42个突变位点,包括ORF1ab基因突变25个、S基因突变9个、ORF3a和ORF8基因突变各3个以及N基因突变2个。结论白银市流行的SARS-CoV-2基因组与武汉参考株处于不同分支,并与Pangolin分型谱系和输入时间基本一致,不同临床症状之间存在遗传关联,接种疫苗和既往感染与进化树的关联不显著。

白银市5岁以下儿童流感病毒核酸阴性的流感样病例呼吸道病原谱分析

目的 分析白银市5岁以下儿童流感病毒核酸阴性的流感样病例(influenza-like illness,ILI)鼻咽分泌物的呼吸道病原谱,为儿童呼吸道疾病的防控提供参考依据。方法 对2020年11月—2021年5月409例5岁以下儿童流感病毒核酸阴性的ILI鼻咽分泌物标本采用荧光定量多重PCR技术(TaqMan呼吸道病原微流体芯片)检测人副流感病毒、呼吸道合胞病毒、鼻病毒、肠道病毒、肺炎衣原体、肺炎支原体、流感嗜血杆菌、耶氏肺孢子虫等38种/型呼吸道病原体,并对数据进行分析。结果 409份标本中,未检出本研究所使用的TaqMan呼吸道病原微流体芯片所涵盖的细菌、支原体、衣原体及真菌,病毒的总检出率为60.64%(245/409),其中副流感病毒13.45%(55/409)、呼吸道合胞病毒12.47%(51/409)、鼻病毒9.29%(38/409)、肠道病毒8.80%(36/409)、人偏肺病毒6.60%(27/409)、腺病毒5.62%(23/409)、冠状病毒2.20%(9/409)、博卡病毒2.20%(9/409);患儿病毒总感染率为50.61%,其中单一病毒感染率为41.81%、病毒混合感染率为8.80%,鼻病毒与肠道病毒混合感染最多占38.89%。结论 白银市5岁以下儿童流感病毒核酸阴性的ILI鼻咽分泌物中检出多种呼吸道病毒,病原谱较为复杂,且不同年龄组患儿呼吸道病毒感染阳性检出率存在差异,部分患儿存在≥2种病毒混合感染,应加强儿童ILI的鉴别诊断和监测,保障儿童健康成长。