2015-2017年盐城市乙型流感病毒HA1、NA基因分子特征

目的对盐城市2015-2017年流行的乙型流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(neuraminidase, NA)基因进行分子进化特征研究。方法将盐城市2015-2017年流感监测哨点医院以及流感暴发点采集的流感样病例咽拭子标本进行核酸、病毒分离检测定型,对选取的18株乙型流感病毒分离株采用一步法RT-PCR方法扩增其HA1基因和NA基因,扩增产物经纯化测序,采用生物信息软件从核苷酸、氨基酸以及分子进化层面对毒株进行分子特征分析。结果盐城市2015-2017年分离的乙型流感病毒HA1基因和NA基因聚类的分支关系基本一致,2015年Yamagata系毒株位于Yamagata Clade 3分支,属Phuket/3073类毒株;2016-2017年Victoria系毒株分布于Victoria Clade 1A分支,属Brisbane/60类毒株。Yamagata系所有毒株在190-helix抗原表位均发生了D196N位点的变异;Victoria系毒株共涉及2个抗原表位,120-loop抗原表位的117、129位点,190-helix抗原表位的197、199位点。盐城株未发生系内、系间重配。18株分离株未发生NA蛋白酶活性位点以及耐药位点的变化。结论 2015年Yamagata系毒株与疫苗株B/Phuket/3073/2013匹配性较好。2016-2017年Victoria系毒株HA1和NA抗原基因变异位点在积累,这些变异位点的积累很可能会导致流感病毒发生实质性的抗原性的漂移,降低与流感疫苗株的匹配度,减弱流感疫苗的保护作用。

2015-2017年盐城市甲型H3N2流感病毒HA1、NA基因分子特征

目的从分子流行病学角度对盐城市2015-2017年流行的甲型H3N2流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(neuraminidase,NA)基因的分子特征进行研究。方法收集盐城市2015-2017年流感监测哨点医院以及流感爆发点采集的3 891例流感样病例标本进行核酸检测和病毒分离,从中筛选出20株经血凝抑制试验(hemagglutination inhibition,HI)验证为甲型H3N2亚型的毒株,采用反转录聚合酶链式反应方法扩增其HA1和NA基因并进行测序。结果 2015-2017年流行的20株甲型H3N2毒株HA1和NA基因各自分支的聚类关系基本一致。盐城市A/Jiangsu-YC/1474/2015、A/Jiangsu-YC/1725/2015两株分离株与疫苗株A/Switzerland/9715293/2013和A/Hongkong/4801/2014的进化距离较近,而其余18株分离株与国内部分省市相近年份毒株亲缘关系相近,并与疫苗株A/Switzerland/9715293/2013和A/Hongkong/4801/2014进化距离较远。该20株毒株HA1基因编码区抗原表位、受体结合位点和糖基化位点均发生了一定程度变异。从基因变异角度进行分析,疫苗株A/Switzerland/9715293/2013对盐城地区流感流行的保护效果要弱于疫苗株A/Hongkong/4801/2014。结论 2015-2017年盐城市流行的甲型H3N2毒株HA1和NA基因已逐渐发生变异,可能导致流感病毒发生实质性的抗原性漂移,降低与流感疫苗株的匹配度,减弱流感疫苗的保护作用。

2016年盐城地区非EV71非CVA16其他肠道病毒分子分型及肠道病毒CVA6型VP1基因特征分析

目的了解2016年盐城地区手足口病非肠道病毒71型(enterovirus,EV71)非柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A16,CVA16)其他肠道病毒病原谱分布情况,并对鉴定为肠道病毒CVA6型VP1基因进行分子流行病学研究。方法对分子分型鉴定为CVA6型的肠道病毒,通过反转录聚合酶链式反应(reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)的方法扩增VP1基因全长编码区,扩增产物经纯化测序,采用相应的生物信息软件进行核苷酸及氨基酸序列比对及基因种系进化特征分析。结果 EV71、CVA16与非EV71非CVA16三者核酸阳性率差异有统计学意义(x^2=87.72,P<0.001)。非EV71非CVA16其他肠道病毒基因定型结果显示分属7个基因型CVA4、CVA6、CVA10、埃可病毒3(echovirus 3,E-3)、E-9、E-13、CVB4,分属肠道病毒A、B两组。遗传进化树分析显示,盐城56株CVA6型肠道病毒分属D大分支D3、D4进化分支。其中,54株毒株属D4分支,为国内主流优势流行分支,在D4分支内又聚类成众多细小分支,远离原型株Gdula。结论 2016年盐城市手足病流行的病原谱呈现多样性,有多种基因型的肠道病毒共同流行,CVA6是优势病原体,D4分支的毒株为优势进化分支,形成多条传播链。