功能性SNP的筛选方法及其在疾病易患性研究中的应用

单核苷酸多态性(SNP)是继微卫星后第三代DNA遗传标记。近年来已鉴别出大量疾病的易患基因与位点,然而由于传统统计学方法的不足,加大了假阳性结论产生的概率。为解决这一问题,研究者们应用质粒转染、电泳移动漂移实验以及染色质免疫沉淀等技术从大量潜在的易患位点中鉴别出许多真正具有功能的SNP位点。现以结构基因中SNP所在位置进行分类,从影响基因表达以及改变蛋白质功能等方面出发,对各SNP功能研究方法进行总结。

血管内皮生长因子基因3’非翻译区多态性在缺血性脑卒中的作用及其机制研究

目的探讨中国汉族人群血管内皮生长因子（VEGF）基因3’非翻译区（3’UTR）单核苷酸多态性与缺血性卒中（IS）的关系。方法采用聚合酶链反应-连接酶检测反应（PCR-LDR）对494例IS患者和330例正常对照者的VEGF基因3’UTR区＋936C〉T位点（rs3029039）进行基因分型。采用美国国立卫生研究院卒中量表（NIHSS）和改良Rankin量表（mRS）评估患者人院时和治疗后的神经功能缺损程度和恢复情况。采用双荧光报告基因方法检测微小RNA（miR）-199a与SNP位点的交互作用对VEGF基因表达的影响。结果IS组VEGF基因rs3025039位点TT基因型频率明显高于对照组（P〈0．05）。进一步比较IS患者的预后，携带TT基因型的个体发生预后不良的风险是CC基因型患者的1．61倍（P=0．005，OR=1．614，95％CI1．158—2．250）。分析rs3025039位点在我国人群中的连锁关系发现，无论在正常人群还是在IS患者中均与另一3’UTR位点＋1451C〉T（rs3025040）呈强连锁（r^2=1．0）。应用双荧光报告基因方法在ECV-304细胞中发现miR-199a可以明显抑制VEGF基因的表达，其中T基因型更为明显。结论VEGF基因rs3025039位点多态性与中国汉族人群IS易感性有关，且携带TT基因型的IS患者预后更差，可以作为预测中国汉族人群IS预后不良的生物学指标。

血管内皮生长因子基因3'UTR不同基因型载体的构建与鉴定

目的:构建含SNP位点的血管内皮生长因子(VEGF)基因3'UTR的荧光素酶报告基因载体,为进一步揭示VEGF基因3'UTR的单核苷酸多态性(SNP)影响肺癌发病风险的分子机制奠定基础。方法:以rs3025039和rs3025040两个位点均为C纯合子的非癌症病人血液DNA为模板,扩增出两位点为C/C单体型、长度为1448 bp的VEGF基因3'UTR目的片段,测序验证后将其克隆至pMIR-REPORT荧光素酶报告基因载体上,得到重组质粒pMIR-C/C。同时,我们以pMIR-C/C为模板定点突变两个SNP位点,得到具有T/T单体型的重组质粒pMIR-T/T。将各重组质粒转化大肠杆菌DH10B,筛选阳性克隆后提取质粒进行双酶切鉴定及DNA测序鉴定。结果:单菌落质粒测序验证显示带有C/C单体型的VEGF基因3'UTR重组质粒pMIR-C/C构建成功;经两次定点突变,成功将pMIR-C/C质粒转变为pMIR-T/T,经测序验证未引入任何其他突变。同时生物信息学预测还显示rs3025040位点位于miR-199a/b与VEGF基因mRNA的结合位置,其改变可以影响miRNA与mRNA的结合效率。结论:本研究成功构建了含有两个连锁SNP的VEGF基因3'UTR的荧光素酶报告基因载体,为今后VEGF基因3'UTR的功能研究奠定基础。