实时荧光RT-PCR一步法检测苹果茎沟病毒

根据苹果茎沟病毒(ASGV)各分离物外壳蛋白(CP)基因的保守序列,设计并合成1对特异性引物和1条TaqMan-MGB探针,建立了对ASGV的实时荧光RT-PCR检测方法。TaqMan-MGB探针3’端具有小沟结合分子(Minor groove binder, MGB),提高了探针的Tm值,缩短了探针长度,解决了病毒各分离物之间基因组变异较大、难以找到较长一致的序列来设计探针的困难。该方法的检测灵敏度比常规RT-PCR电泳检测高约10倍,对于ASGV等在果树体内含量较低的病毒尤为适用。此方法快速、灵敏,整个检测过程完全闭管,无需PCR后处理。

苹果茎沟病毒研究进展

苹果茎沟病毒在仁果类果树上的感染较普遍,且一般不产生明显症状,给生产带来严重损失。对于该病毒病害,较为可行的控制措施是实行检疫控制其扩展和培育与栽培无病毒苗木。较为系统地综述了国内外苹果茎沟病毒的分布与危害、生物学特性、基因组结构与序列分析及检测方法等方面的研究进展。

苹果茎沟病毒KRL-1分离物外壳蛋白基因序列测定

以KRL-1(库尔勒香梨分离物)总RNA为模板,采用RT-PCR技术,扩增外壳蛋白(CP)基因的cDNA片段,将其克隆到pMD18-T载体上。通过序列测定,分析结果表明:KRL-1CP基因由714个核苷酸组成,编码237个氨基酸。KRL-1与ASGV其它分离物CP基因的核苷酸同源性为90%-93%,氨基酸同源性为94%-98%。根据KRL-1与其他分离物CP基因序列和生物学症状上的差异,可推断KRL-1存在较大的分子变异。