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基于网络药理学的罗布麻叶抗败血症作用及其机制研究
被引量:
2
1
作者
欧阳远朔
王艳明
+5 位作者
秦叙青
蒋涵
刘鲁倩
何文君
李新芝
马克涛
《西安交通大学学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第3期484-490,共7页
目的采用网络药理学方法研究罗布麻叶防治败血症(sepsis)的作用机制,探讨新疆民族医药治疗感染性疾病的多维研究方法,并对临床用药提供科学理论依据。方法采用中药系统药理学数据库(TCMSP数据库)及文献挖掘筛选罗布麻叶主要活性成分,通...
目的采用网络药理学方法研究罗布麻叶防治败血症(sepsis)的作用机制,探讨新疆民族医药治疗感染性疾病的多维研究方法,并对临床用药提供科学理论依据。方法采用中药系统药理学数据库(TCMSP数据库)及文献挖掘筛选罗布麻叶主要活性成分,通过SwissTarget Prediction数据库进行靶点预测分析。通过Genecards疾病基因数据库筛选败血症相关靶点,Omicshare计算出交集靶点韦恩图,STRING蛋白相互作用数据库中构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图,Ensembl基因名称转换对存在交集的蛋白靶点进行名称转化,再输入omicshare服务器进行基因本体论(GO)功能和京都基因和基因组数据库(KEGG)通路的动态富集分析,最后采用Cytoscape 3.6.0软件构建“罗布麻叶-活性成分-靶点-GO-KEGG”网络,探索罗布麻抗败血症的作用机制。结果罗布麻叶中的山柰酚、木犀草素、原花青素B1和谷甾醇可能通过AKT1、VEGFA、MAPK3、EGFR、SRC、PTGS2这些预测性生物靶标控制信号转导、调节激素水平、抗感染,进而治疗败血症;可以通过VEGF、EGFR、ErbB、HIF-1、Ras等富集通路发挥重要作用。结论罗布麻叶的多个活性成分可以通过多靶点、多通路抗败血症。
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关键词
网络药理学
罗布麻叶
败血症
靶点预测
作用机制
下载PDF
职称材料
新疆哈萨克族原发性高血压患者外周血淋巴细胞微小RNA表达谱的生物信息学分析
2
作者
王彦
张亮
+5 位作者
杨瑞
单莉娅
王璐
张莹莹
李新芝
马克涛
《生理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第5期751-762,共12页
本研究旨在探讨新疆哈萨克族原发性高血压患者和健康者外周血淋巴细胞中微小RNA(microRNA,miRNA)差异表达谱,为高血压的发生机制研究提供理论基础。将2016年4月至2019年5月新疆石河子大学医学院第一附属医院心内科住院部及门诊就诊的30...
本研究旨在探讨新疆哈萨克族原发性高血压患者和健康者外周血淋巴细胞中微小RNA(microRNA,miRNA)差异表达谱,为高血压的发生机制研究提供理论基础。将2016年4月至2019年5月新疆石河子大学医学院第一附属医院心内科住院部及门诊就诊的30例哈萨克族原发性高血压患者作为高血压组,将30例哈萨克族健康者作为对照组。比较6个哈萨克族高血压患者与6个配对的正常血压者外周血淋巴细胞中miRNA表达谱,对差异表达的miRNA进行聚类、GSEA富集、靶基因预测和靶基因注释等生物信息学分析,并进行qRT-PCR验证。结果显示,与对照组相比,高血压组筛选出73个差异表达miRNA,其中39个miRNA表达上调,34个miRNA表达下调;通过GSEA富集分析共筛选出11个与高血压相关的miRNA,分别是hsamiR-100-5p、hsa-miR-150-5p、hsa-miR-299-5p、hsa-miR-299-3p、hsa-miR-296-5p、hsa-miR-196b-5p、hsa-miR-503-5p、hsamiR-628-5p、hsa-miR-874-3p、hsa-miR-543、hsa-miR-940。通过qRT-PCR检验发现,与对照组相比,高血压组hsa-miR-100-5p、hsa-miR-299-5p、hsa-miR-299-3p、hsa-miR-196b-5p、hsa-miR-503-5p、hsa-miR-628-5p、hsa-miR-543表达上调,hsamiR-150-5p、hsa-miR-296-5p、hsa-miR-874-3p、hsa-miR-940表达下调。基因芯片中的表达趋势和qRT-PCR验证结果一致。利用在线数据库对11个与高血压相关的miRNA进行预测,共预测出1647个靶基因;GO功能富集分析显示,在生物过程方面,高血压相关靶基因主要与神经系统发育、细胞定位、细胞代谢过程的调节、神经元的产生以及生物过程的正调控等方面相关;在细胞组成方面,主要与膜界细胞器、细胞质、细胞内膜结合的细胞器、突触部分、神经元部分、核质等相关;在分子功能方面,主要与蛋白质结合、转录调控区DNA结合、RNA聚合酶II调节区DNA结合、转录调节活性、离子结合等方面相关;KEGG富集分析显示p53信号通路、心肌细胞中的肾上腺素能信号、cAMP信号通路、内分泌和其他因子调节的钙重吸收、mTOR信号通路、醛固酮调节的钠重吸收、TGF-β信号通路可能与高血压的发生和发展相关。以上结果提示,哈萨克族原发性高血压患者与健康者外周血淋巴细胞中miRNA表达存在差异,筛选出的miRNA可能与哈萨克族原发性高血压的发生和发展相关,其在高血压中的作用机制有待进一步探索验证。
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关键词
高血压
哈萨克族
淋巴细胞
microRNA
表达谱
生物信息学分析
原文传递
题名
基于网络药理学的罗布麻叶抗败血症作用及其机制研究
被引量:
2
1
作者
欧阳远朔
王艳明
秦叙青
蒋涵
刘鲁倩
何文君
李新芝
马克涛
机构
石河子大学
医学院
新疆地方与民族
高
发病
教育部
重点
实验室
石河子大学医学院国家卫健委中亚高发病防治重点实验室
石河子大学
医学院
生理学教研室
石河子大学
医学院
病理生理学教研室
出处
《西安交通大学学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第3期484-490,共7页
基金
国家自然科学基金资助项目(No.81860286)
兵团国际合作项目(No.2020BC004)
中国医学科学院中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金资助(No.2020-PT330-003)。
文摘
目的采用网络药理学方法研究罗布麻叶防治败血症(sepsis)的作用机制,探讨新疆民族医药治疗感染性疾病的多维研究方法,并对临床用药提供科学理论依据。方法采用中药系统药理学数据库(TCMSP数据库)及文献挖掘筛选罗布麻叶主要活性成分,通过SwissTarget Prediction数据库进行靶点预测分析。通过Genecards疾病基因数据库筛选败血症相关靶点,Omicshare计算出交集靶点韦恩图,STRING蛋白相互作用数据库中构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图,Ensembl基因名称转换对存在交集的蛋白靶点进行名称转化,再输入omicshare服务器进行基因本体论(GO)功能和京都基因和基因组数据库(KEGG)通路的动态富集分析,最后采用Cytoscape 3.6.0软件构建“罗布麻叶-活性成分-靶点-GO-KEGG”网络,探索罗布麻抗败血症的作用机制。结果罗布麻叶中的山柰酚、木犀草素、原花青素B1和谷甾醇可能通过AKT1、VEGFA、MAPK3、EGFR、SRC、PTGS2这些预测性生物靶标控制信号转导、调节激素水平、抗感染,进而治疗败血症;可以通过VEGF、EGFR、ErbB、HIF-1、Ras等富集通路发挥重要作用。结论罗布麻叶的多个活性成分可以通过多靶点、多通路抗败血症。
关键词
网络药理学
罗布麻叶
败血症
靶点预测
作用机制
Keywords
Apocynum venetum leaf
sepsis
network pharmacology
target prediction
mechanism of action
分类号
R969 [医药卫生—药理学]
下载PDF
职称材料
题名
新疆哈萨克族原发性高血压患者外周血淋巴细胞微小RNA表达谱的生物信息学分析
2
作者
王彦
张亮
杨瑞
单莉娅
王璐
张莹莹
李新芝
马克涛
机构
石河子大学
医学院
新疆地方与民族
高
发病
教育部
重点
实验室
石河子大学医学院国家卫健委中亚高发病防治重点实验室
石河子大学
医学院
生理学教研室
石河子大学
医学院
病理生理学教研室
出处
《生理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第5期751-762,共12页
基金
supported by the National Natural Science Foundation of China(No.81860085,81860286)
the International Cooperation Project of Xinjiang Production and Construction Corps,China(No.2020BC004)。
文摘
本研究旨在探讨新疆哈萨克族原发性高血压患者和健康者外周血淋巴细胞中微小RNA(microRNA,miRNA)差异表达谱,为高血压的发生机制研究提供理论基础。将2016年4月至2019年5月新疆石河子大学医学院第一附属医院心内科住院部及门诊就诊的30例哈萨克族原发性高血压患者作为高血压组,将30例哈萨克族健康者作为对照组。比较6个哈萨克族高血压患者与6个配对的正常血压者外周血淋巴细胞中miRNA表达谱,对差异表达的miRNA进行聚类、GSEA富集、靶基因预测和靶基因注释等生物信息学分析,并进行qRT-PCR验证。结果显示,与对照组相比,高血压组筛选出73个差异表达miRNA,其中39个miRNA表达上调,34个miRNA表达下调;通过GSEA富集分析共筛选出11个与高血压相关的miRNA,分别是hsamiR-100-5p、hsa-miR-150-5p、hsa-miR-299-5p、hsa-miR-299-3p、hsa-miR-296-5p、hsa-miR-196b-5p、hsa-miR-503-5p、hsamiR-628-5p、hsa-miR-874-3p、hsa-miR-543、hsa-miR-940。通过qRT-PCR检验发现,与对照组相比,高血压组hsa-miR-100-5p、hsa-miR-299-5p、hsa-miR-299-3p、hsa-miR-196b-5p、hsa-miR-503-5p、hsa-miR-628-5p、hsa-miR-543表达上调,hsamiR-150-5p、hsa-miR-296-5p、hsa-miR-874-3p、hsa-miR-940表达下调。基因芯片中的表达趋势和qRT-PCR验证结果一致。利用在线数据库对11个与高血压相关的miRNA进行预测,共预测出1647个靶基因;GO功能富集分析显示,在生物过程方面,高血压相关靶基因主要与神经系统发育、细胞定位、细胞代谢过程的调节、神经元的产生以及生物过程的正调控等方面相关;在细胞组成方面,主要与膜界细胞器、细胞质、细胞内膜结合的细胞器、突触部分、神经元部分、核质等相关;在分子功能方面,主要与蛋白质结合、转录调控区DNA结合、RNA聚合酶II调节区DNA结合、转录调节活性、离子结合等方面相关;KEGG富集分析显示p53信号通路、心肌细胞中的肾上腺素能信号、cAMP信号通路、内分泌和其他因子调节的钙重吸收、mTOR信号通路、醛固酮调节的钠重吸收、TGF-β信号通路可能与高血压的发生和发展相关。以上结果提示,哈萨克族原发性高血压患者与健康者外周血淋巴细胞中miRNA表达存在差异,筛选出的miRNA可能与哈萨克族原发性高血压的发生和发展相关,其在高血压中的作用机制有待进一步探索验证。
关键词
高血压
哈萨克族
淋巴细胞
microRNA
表达谱
生物信息学分析
Keywords
hypertension
Kazakh
lymphocytes
microRNA
expression profile
bioinformatics analysis
分类号
R544.11 [医药卫生—心血管疾病]
Q811.4 [生物学—生物工程]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于网络药理学的罗布麻叶抗败血症作用及其机制研究
欧阳远朔
王艳明
秦叙青
蒋涵
刘鲁倩
何文君
李新芝
马克涛
《西安交通大学学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2021
2
下载PDF
职称材料
2
新疆哈萨克族原发性高血压患者外周血淋巴细胞微小RNA表达谱的生物信息学分析
王彦
张亮
杨瑞
单莉娅
王璐
张莹莹
李新芝
马克涛
《生理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
0
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