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基于加权基因共表达网络分析和机器学习筛选脓毒症免疫抑制特征基因及其靶向中药活性成分预测
1
作者
林文杰
吴慧萍
《创伤与急诊电子杂志》
2024年第1期40-52,共13页
目的本研究通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)和多种机器学习方法识别脓毒症免疫抑制特征基因,并预测其靶向中药活性成分。方法从美国国家生物技术信息中心基因表达综合数据库中下载GSE1...
目的本研究通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)和多种机器学习方法识别脓毒症免疫抑制特征基因,并预测其靶向中药活性成分。方法从美国国家生物技术信息中心基因表达综合数据库中下载GSE182522数据集,使用Bioconductor的“limma”软件包提取出差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),对DEGs进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopediaofgenesandgenomes,KEGG)通路和基因本体论(geneontology,GO)富集分析,同时采用WGCNA,以及最小绝对收缩和选择算子(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)回归、支持向量机递归特征消除(support vector machine-recursive feature elimination,SVM-RFE)、弹性网络回归分析3种机器学习法筛选出脓毒症免疫抑制特征基因。随后,构建受试者操作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC curve,简称ROC曲线)验证特征基因的诊断效能,并绘制箱线图展示特征基因的表达模式。选取SPF级BALB/c小鼠39只,采用随机数字表法将小鼠随机分为脓毒症免疫正常组(n=20)和脓毒症免疫抑制组(n=19)。盲肠结扎穿孔术构建脓毒症小鼠模型,在术后12h取脓毒症免疫正常组小鼠的外周血,术后24 h取脓毒症免疫抑制组小鼠的外周血。采用逆转录定量聚合酶链反应(reverse transcription quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)检测两组小鼠TRBV7-2的表达情况,验证TRBV7-2的诊断效能。最后,通过分子对接技术预测特征基因潜在靶点中药活性成分。结果共筛选出445个DEGs,其中上调基因173个,下调基因272个。DEGs主要富集于氮代谢、胆汁分泌、胃酸分泌3条信号通路,分子功能的正调控、细胞对含氧化合物的反应、细胞对含氮化合物的反应、对肽的响应、葡萄糖输入的调控等生物过程,质膜蛋白复合体、T细胞受体复合物、细胞侧膜等细胞组分,核苷三磷酸酶调节活性、GTPase激活剂活性、外源蛋白结合等分子功能。通过WGCNA共筛选出56个枢纽基因,3种机器学习交集得到1个特征基因:TRBV7-2。ROC曲线分析得出TRBV7-2的AUG=0.72,具有较高的临床诊断价值,其表达量在脓毒症免疫抑制患者样本中显著下调。RT-qPCR结果显示,脓毒症免疫抑制组小鼠血液中TRBV7-2基因表达低于脓毒症免疫正常组。通过分子对接技术得出小檗碱、黄芩苷、苍术素等10个潜在靶向中药活性成分。结论TRBV7-2可能作为脓毒症免疫抑制的诊断生物标志物,小檗碱等10味靶向中药活性成分可能成为降低脓毒症致死率的立足点。
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关键词
脓毒症
免疫抑制
加权基因共表达网络分析
机器学习
特征基因
靶向中药
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职称材料
普罗雌烯阴道胶丸联合保妇康栓对绝经后萎缩性阴道炎患者的临床治疗分析
被引量:
1
2
作者
余美芳
刘霞
《黑龙江中医药》
2023年第3期18-20,共3页
目的:探究普罗雌烯阴道胶丸联合保妇康栓在绝经后萎缩性阴道炎患者中的临床治疗效果。方法:选取2020年1月至2022年10月期间我院60例绝经后萎缩性阴道炎患者。按照随机分组原则,随机选取其中30例作为对照组,接受保妇康栓单药物治疗干预;...
目的:探究普罗雌烯阴道胶丸联合保妇康栓在绝经后萎缩性阴道炎患者中的临床治疗效果。方法:选取2020年1月至2022年10月期间我院60例绝经后萎缩性阴道炎患者。按照随机分组原则,随机选取其中30例作为对照组,接受保妇康栓单药物治疗干预;其余30例作为试验组,接受普罗雌烯阴道胶丸联合保妇康栓治疗干预。结果:在安全性方面,试验组患者的血清性激素水平及子宫内膜均未发生明显变化,组间无统计学差异(P>0.05)。在症状评分方面,试验组患者的阴道健康评分显著高于对照组,阴道症状评分显著低于对照组,组间存在统计学差异(P<0.05)。最后,试验组患者的治疗有效率显著高于对照组,组间存在统计学差异(P<0.05)。结论:普罗雌烯阴道胶丸联合保妇康栓可能是一种有效且安全的治疗策略,可在绝经后萎缩性阴道炎患者中得到推广应用。
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关键词
普罗雌烯
保妇康栓
绝经后萎缩性阴道炎
治疗效果
安全性
原文传递
题名
基于加权基因共表达网络分析和机器学习筛选脓毒症免疫抑制特征基因及其靶向中药活性成分预测
1
作者
林文杰
吴慧萍
机构
福州市仓山区上渡街道社区卫生服务中心
福建师范大学数学与统计学院
出处
《创伤与急诊电子杂志》
2024年第1期40-52,共13页
文摘
目的本研究通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)和多种机器学习方法识别脓毒症免疫抑制特征基因,并预测其靶向中药活性成分。方法从美国国家生物技术信息中心基因表达综合数据库中下载GSE182522数据集,使用Bioconductor的“limma”软件包提取出差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),对DEGs进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopediaofgenesandgenomes,KEGG)通路和基因本体论(geneontology,GO)富集分析,同时采用WGCNA,以及最小绝对收缩和选择算子(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)回归、支持向量机递归特征消除(support vector machine-recursive feature elimination,SVM-RFE)、弹性网络回归分析3种机器学习法筛选出脓毒症免疫抑制特征基因。随后,构建受试者操作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC curve,简称ROC曲线)验证特征基因的诊断效能,并绘制箱线图展示特征基因的表达模式。选取SPF级BALB/c小鼠39只,采用随机数字表法将小鼠随机分为脓毒症免疫正常组(n=20)和脓毒症免疫抑制组(n=19)。盲肠结扎穿孔术构建脓毒症小鼠模型,在术后12h取脓毒症免疫正常组小鼠的外周血,术后24 h取脓毒症免疫抑制组小鼠的外周血。采用逆转录定量聚合酶链反应(reverse transcription quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)检测两组小鼠TRBV7-2的表达情况,验证TRBV7-2的诊断效能。最后,通过分子对接技术预测特征基因潜在靶点中药活性成分。结果共筛选出445个DEGs,其中上调基因173个,下调基因272个。DEGs主要富集于氮代谢、胆汁分泌、胃酸分泌3条信号通路,分子功能的正调控、细胞对含氧化合物的反应、细胞对含氮化合物的反应、对肽的响应、葡萄糖输入的调控等生物过程,质膜蛋白复合体、T细胞受体复合物、细胞侧膜等细胞组分,核苷三磷酸酶调节活性、GTPase激活剂活性、外源蛋白结合等分子功能。通过WGCNA共筛选出56个枢纽基因,3种机器学习交集得到1个特征基因:TRBV7-2。ROC曲线分析得出TRBV7-2的AUG=0.72,具有较高的临床诊断价值,其表达量在脓毒症免疫抑制患者样本中显著下调。RT-qPCR结果显示,脓毒症免疫抑制组小鼠血液中TRBV7-2基因表达低于脓毒症免疫正常组。通过分子对接技术得出小檗碱、黄芩苷、苍术素等10个潜在靶向中药活性成分。结论TRBV7-2可能作为脓毒症免疫抑制的诊断生物标志物,小檗碱等10味靶向中药活性成分可能成为降低脓毒症致死率的立足点。
关键词
脓毒症
免疫抑制
加权基因共表达网络分析
机器学习
特征基因
靶向中药
Keywords
Sepsis
Immunosuppression
Weighted gene co-expression network analysis
Machine learning
Signature gene
Targeted traditional Chinese medicine
分类号
R285 [医药卫生—中药学]
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职称材料
题名
普罗雌烯阴道胶丸联合保妇康栓对绝经后萎缩性阴道炎患者的临床治疗分析
被引量:
1
2
作者
余美芳
刘霞
机构
福州市仓山区上渡街道社区卫生服务中心
福州市
仓山区
妇幼保健院
出处
《黑龙江中医药》
2023年第3期18-20,共3页
文摘
目的:探究普罗雌烯阴道胶丸联合保妇康栓在绝经后萎缩性阴道炎患者中的临床治疗效果。方法:选取2020年1月至2022年10月期间我院60例绝经后萎缩性阴道炎患者。按照随机分组原则,随机选取其中30例作为对照组,接受保妇康栓单药物治疗干预;其余30例作为试验组,接受普罗雌烯阴道胶丸联合保妇康栓治疗干预。结果:在安全性方面,试验组患者的血清性激素水平及子宫内膜均未发生明显变化,组间无统计学差异(P>0.05)。在症状评分方面,试验组患者的阴道健康评分显著高于对照组,阴道症状评分显著低于对照组,组间存在统计学差异(P<0.05)。最后,试验组患者的治疗有效率显著高于对照组,组间存在统计学差异(P<0.05)。结论:普罗雌烯阴道胶丸联合保妇康栓可能是一种有效且安全的治疗策略,可在绝经后萎缩性阴道炎患者中得到推广应用。
关键词
普罗雌烯
保妇康栓
绝经后萎缩性阴道炎
治疗效果
安全性
分类号
R271.9 [医药卫生—中西医结合]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于加权基因共表达网络分析和机器学习筛选脓毒症免疫抑制特征基因及其靶向中药活性成分预测
林文杰
吴慧萍
《创伤与急诊电子杂志》
2024
0
下载PDF
职称材料
2
普罗雌烯阴道胶丸联合保妇康栓对绝经后萎缩性阴道炎患者的临床治疗分析
余美芳
刘霞
《黑龙江中医药》
2023
1
原文传递
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