基于SNP芯片猪早期选留的基因型填充效果研究

为探究基于SNP芯片猪早期选留基因型填充效果,本试验通过猪50K液相芯片对2 277头长白种猪进行检测,将2022年7月前出生的1 561头种猪作为50K液相芯片检测个体,从2022年7月及以后出生的716头种猪中筛选0%、5%、10%、15%、20%、30%、40%、50%、60%的种猪作为50K液相芯片检测个体,其余根据10K芯片位点信息抽取位点作为10K芯片检测个体。使用Beagle V5.4将10K芯片填充至50K芯片,重复10次。结果表明,与50K芯片相比,10K芯片各染色体标记数减少,平均间距增加,但各SNP间的连锁不平衡程度变化较小。将早期选留群体中的芯片检测比例从0%提升至60%的过程中,基因型一致性从0.942提升至0.986,相关系数从0.901提升至0.975。芯片检测比例从0%提升至5%时,基因型一致性与相关系数提升幅度最大。随着次等位基因频率(Minor Allele Frequencies,MAF)的提升,基因型一致性逐渐降低,同一MAF下不同检测比例基因型一致性变化逐渐增大。结果表明在早期选留阶段将基因芯片从10K填充至50K是可实施的,在早期选留群体中筛选部分个体进行高密度芯片检测有助于提升填充准确性。本研究可为猪早期选留10K芯片的应用及填充提供参考,降低猪早期选留芯片检测成本。

利用体细胞克隆技术扩繁超级公猪的应用价值分析

培育超级公猪用于生产优质商品猪是种猪育种企业的理想目标。常规育种技术选育种公猪时,受测定群体规模及选择强度的影响,仅能培育出少量的超级公猪。同时,少量的超级公猪受到时间、空间、公猪利用效率的限制,根本无法满足养猪业的巨大需求。利用体细胞克隆技术可以在不改变动物基因的前提下批量复制优秀个体。国内外多家单位通过体细胞克隆技术在地方猪遗传资源保护、猪育种新材料创制与新品种培育、人类疾病模型制备、人类异种器官移植、生物反应器等领域做了大量研究。本文对利用体细胞克隆技术扩繁超级公猪在养猪生产中的应用现状进行了综述,并分析和展望了其在养猪行业的巨大应用价值和广阔前景。

全自动核酸提取仪对不同类型ASFV、PEDV样品的提取效果

研究以非洲猪瘟病毒(ASFV)的各类型阳性样品以及流行性腹泻病毒(PEDV)阳性样品为检测对象,评测全自动核酸提取仪对DNA和RNA核酸的提取效果,旨在帮助动物疫病检测实验室了解如何评测全自动核酸提取仪是否满足检测需求。试验选用已经过检测结果为阳性的不同类型ASFV样本和PEDV阳性的粪便拭子样品,进行10倍梯度稀释并将检测结果与已知的检测原值进行对比。结果显示,试验使用的核酸提取仪的稳定性满足需求,但敏感性较差,可能存在环境、人员、车辆等病毒含量低的样品被漏检。在抗干扰方面,试验使用的核酸提取仪对咽喉拭子的核酸提取结果存在假阴性的情况;该仪器对肛门拭子和环境样品的抗干扰性不佳,也可能出现假阴性结果;该仪器不会受样品影响而检测出假阳性结果。

上杭槐猪繁殖性状全基因组关联分析

为鉴定与上杭槐猪总产仔数、产活仔数、产健仔数等繁殖性状相关的SNPs与候选基因,本试验通过中芯一号固相芯片与博瑞迪液相芯片对332头上杭槐猪进行了检测,并使用Beagle软件对合并后的基因型数据进行填充,使用R软件的SNPRelate包进行基因型数据质控,使用R软件的sommer包对总产仔数、产活仔数、产健仔数等繁殖性状进行校正,使用R软件的GAPIT包中的MLMM模型对上杭槐猪繁殖性状进行全基因组关联分析。研究发现,总产仔数有1个显著SNP位于16号染色体67735592 bp处;产活仔数有1个显著SNP位于16号染色体67735592 bp处;产健仔数共有2个显著SNPs位于2号染色体18510657 bp与16号染色体67735592bp处。在上述显著位点上下游200kb的区域内进行繁殖性状相关候选基因的挖掘,筛选到2号染色体上的HSD17B12基因与产健仔数有关,同时发现,在16号染色体67735592 bp处可能存在与上杭槐猪总产仔数、产活仔数、产健仔数等繁殖性状相关的潜在基因,有待进一步挖掘。本研究结果为后续通过分子育种手段加速上杭槐猪繁殖性能的选育提供了分子标记与技术支持。

某国家生猪核心育种场加系大白母猪繁殖性状遗传参数估计

为了对福建傲农生物科技集团股份有限公司某国家生猪核心育种场加系大白母猪繁殖性状进行遗传参数估计,为其繁殖性状选育提供遗传参数数据支撑。本研究采用单性状重复力模型与多性状重复力模型对2741头加系大白猪的9683窝的窝产仔数、窝产活仔数及初生窝重的遗传力及性状间的表型相关、遗传相关进行评估。结果表明:窝产仔数、窝产活仔数、初生窝重的遗传力分别为0.088、0.083、0.085;窝产仔数与窝产活仔数的表型相关和遗传相关分别为0.766、0.881,窝产仔数与初生窝重的表型相关和遗传相关分别为0.566、0.553,窝产活仔数与初生窝重的表型相关和遗传相关分别为0.831、0.572。本研究结果为加系大白母猪遗传选育提供了理论基础与参考。