基于全基因组分析2017-2021年福建省猪繁殖与呼吸综合征病毒基因组特征

通过对福建地区规模化猪场猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)进行病毒分离及全基因组序列分析,从而了解PRRSV流行情况及基因组特征,为猪场防控PRRS提供理论基础。2017—2021年从福建地区规模化猪场采集疑似感染PRRSV的组织病料和血清,进行病毒分离鉴定,采用RT-PCR方法对PRRSV分离株进行全基因组序列扩增,应用DNAstar 7.0软件进行序列分析,使用MEGA 7.0软件邻近法进行遗传演化分析,并利用生物软件SimPlot 3.51和RDP4.10对PRRSV基因组序列进行重组分析。成功分离得到32株PRRSV-2,其全基因组大小为14938~15439 bp(不包括ployA),32株PRRSV之间基因组核苷酸相似性为82.4%~99.4%,与PRRSV-2代表毒株(VR-2332、JXA1、NADC30、QYYZ)和PRRSV-1代表毒株(LV)之间核苷酸相似性分别为81.4%~99%和59.8%~60.6%。分别基于PRRSV全基因组与ORF5基因构建的遗传进化树对32株PRRSV进行分型,结果显示福建省呈现多种谱系毒株并存,两种分型结果符合率为75%(24/32)。PRRSV基因组中Nsp2和ORF5的变异程度最大,Nsp2蛋白存在不同程度的氨基酸(1~155aa)缺失,GP5蛋白主要中和表位发生广泛的变异。32株PRRSV存在较高的重组概率(27/32)且重组模式复杂多样,重组模式有9种:L1+L8、L1+L3、L8+L5、L8+L3、L1(Sublineage1.8+Sublineage1.5)+L8、L1+L5+L8、L1+L3+L8、L1+L3+L5、L1+L3+L5+L8,其中19株以NADC30-like PRRSV为主要亲本,重组方式主要为L1+L8和L1+L8+L3,重组热点主要分布在Nsp1、Nsp2、Nsp9和ORF3基因。综上,福建省主要流行毒株为以NADC30-like PRRSV为主要亲本的重组毒株,对PRRSV进行分型应当以全基因组结果为准。

2018—2020年福建地区猪瘟病毒E0基因遗传变异分析

为了了解2018—2020年福建地区猪瘟病毒流行及遗传变异情况,收集福建省不同地区临床发病猪的血液和肺脏、脾脏、淋巴结等组织样本1464份,采用RT-nPCR的方法对样品进行CSFV检测,对部分CSFV阳性样品E0基因进行克隆测序。结果显示,CSFV总体阳性率为1.9%(29/1464),并获得13株CSFV E0基因序列。同源性分析发现所得13株CSFV E0基因之间的同源性在82.2%-99.7%,其中11株CSFV E0基因与1.1亚型代表毒株HCLV的核苷酸同源性为99.0%~99.9%,与Shimen株的核苷酸同源性94.1%~95.0%;1株与2.1c型参考毒株HNSD-2012核苷酸同源性为98.2%;1株与2.1d亚型毒株CSFV/JPN/2018核苷酸同源性为99.6%。遗传进化分析发现,10株CSFV与HCLV、C-ZJ-2008、Shimen和Brescia处于同一分支,属于1.1亚型;1株CSFV与HNSD-2012等位于同一分支,属于2.1c亚亚型;1株与CSFV/JPN/2018等位于同一分支,属于2.1d亚亚型。氨基酸序列分析发现,13株毒株与HCLV等代表毒株在重要的Rnase活性位点高度保守,其中2株2.1亚型毒株与HCLV毒株相比,其在第35位非关键氨基酸残基上发生由G→E的突变。结果表明福建地区CSFV流行情况趋向多样化,提示仍需加强对CSFV流行及遗传变异的持续监测,为猪瘟的诊断及有效防控奠定基础。

2016年~2022年福建地区猪流行性腹泻病毒S基因的遗传变异分析

为了解2016年~2022年福建地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行现状及遗传变异情况,本研究对从福建地区采集的231份疑似猪流行性腹泻(PED)发病仔猪病料样品经RT-PCR进行PEDV的检测,选取不同地区22份PEDV阳性样品经PCR扩增S基因并测序,采用MegAlign分析PEDV S基因及其编码氨基酸序列的相似性,采用MEGA7.0软件构建其系统发育树,采用MegAlign分析S基因编码氨基酸序列的分子特征,分别利用RDP4、SimPlot、MEGA7.0软件进行S基因的重组分析,并利用BEAST软件进行该基因分歧时间估算。结果显示,福建地区PEDV总阳性率为51.51%(119/231),福建5个不同地区PEDV阳性率为40.00%~63.16%。从22份PEDV阳性样品中获得19条PEDV S基因序列,全长4149 bp~4161 bp,共编码1382 aa~1386 aa,19株PEDV S基因序列及其编码氨基酸序列之间相似性分别为94.4%~100%和93.8%~100%。19株PEDV S基因系统发育分析结果显示,其中18株PEDV属于GIIb亚型,1株属于GIb亚型。S蛋白氨基酸序列分析结果显示,与经典疫苗株CV777相比,18株GIIb亚型PEDV S蛋白的氨基酸序列在aa55~aa56、aa135~aa136和aa155~aa156处存在插入与缺失,具有典型的PEDV变异株的分子特征;其中14株还出现了独特的aa1193缺失。与GII型疫苗株AJ1102相比,19株PEDV S1区氨基酸突变率为60.00%~83.82%,其中18株GIIb亚型PEDV S1区氨基酸突变位点中有10个位于S蛋白重要结构域;基因重组分析结果显示,有3株PEDV S基因存在重组事件,其中FJLY01-2018株由GD-B株和CH-S株重组而来,FJLY02-2018株由CH/HNPJ/2017株和PEDV4-S-3株重组而来,FJLY03-2022株由PEDV-1931-1-Valladolid-Molpeceres株和HUA-M17株重组而来;S基因分歧时间估算结果显示,福建地区GIIa亚型、GIIb亚型、GIa亚型及GIb亚型PEDV的最早分歧时间约为1995年、2009年、2010年和2011年。上述结果表明福建地区PEDV流行率较高,田间流行株基因型具有多样性,且存在重组现象,临床上应予以高度重视。本研究为福建地区PED的流行病学调查及免疫防控提供了参考。

福建省新发猪圆环病毒3型流行病学调查及遗传变异分析

猪圆环病毒3型(PCV3)是新发现的一种猪圆环病毒,该病毒可以引起猪皮炎与肾病综合征(PDNS)、母猪繁殖障碍和全身多器官的炎症反应。为了解福建省PCV3流行株的现状、分子生物学特征和遗传演化规律,本研究采集福建地区规模化猪场120份临床表现繁殖障碍和呼吸道疾病的组织样品,采用PCR方法对其进行PCV3检测。结果显示福建省猪场PCV3的感染率为12.5%。对福建省5株PCV3全基因组进行序列分析,结果显示,5株PCV3间核苷酸同源性为98.2%~99.6%,与国内PCV3分离株的核苷酸同源性为97.6%~100%,与美国分离株(PCV3-US/MO2015、PCV3-US/MN2016、PCV3-US/SD2016、PCV3 2164和PCV3 29160)的核苷酸同源性为97.8%~99.3%,而与PCV2的核苷酸同源性为43.8%~44.1%,与我国蝙蝠圆环病毒的核苷酸同源性为49.2%~51.1%。PCV3系统进化树结果显示,福建省5株PCV3处于3大亚群,1株属于3a亚群,1株属于3b亚群,3株属于3c亚群。其氨基酸序列分析显示PCV3 Cap蛋白比较保守,仅存在个别位点的氨基酸突变。本研究为福建省PCV3的分子流行病学、疫苗研究和有效防控提供实验依据。

地方高校校企合作共建实验室特征与功能探析——基于产教融合的背景

推进校企共建联合实验室是地方高校主动适应产教融合的教育体制改革的重要内容。国内外发展经验表明,校企共建联合实验室有着多种模式,高校应当根据转型发展与项目的具体要求选择适当的模式进行建设。同时,校企共建联合实验室有着与传统的校内实验室不同的特点,要求高校在实验建设与管理体制上进行创新,以使实验室能满足学校提高办学实力与服务社会能力、企业提高竞争力、帮助地方经济实现转型发展的功能。

供给侧改革背景下地方高校校企合作建设联合实验室探讨

产教融合是供给侧结构性改革背景下地方高校教育体制改革的主要方向,在这一背景下推进校企共建联合实验室,有利于高校提高服务地方能力,企业技术进步以及地方经济转型发展.国内外发展经验表明,校企共建实验室具有多种模式,也有着与传统实验室不同的特点.推进地方高校共建实验室的健康持续发展,应当根据地方经济发展的实际,针对实验室运行中出现的问题,从加强政府支持引导,构建合理运行机制,提高实验室的开放度等方面加以促进.

福建地区猪源大肠杆菌耐药基因oqxAB流行性分析

目的调查福建地区猪源大肠杆菌耐药基因oqxAB流行性及阳性菌中其重要耐药基因的流行情况,以期为本地区抗菌药的合理应用提供依据。方法采集腹泻仔猪肛门拭子分离大肠杆菌,通过琼脂二倍稀释法测定分离株的药物敏感性,并用PCR法检测PMQR(包括oqxAB)、ESBLs及其他耐药基因;对oqxAB阳性菌进行接合转移试验,测定接合子的药物敏感性变化;对阳性菌的种系发育及毒力基因分布进行测定。结果本研究共分离鉴定大肠杆菌133株,分离株对磺胺甲噁唑/甲氧苄啶的耐药率最高(90.2%),对多粘菌素的耐药率最低(24.8%),其余药物的耐药率在26.3%~85.7%;耐药基因检测结果显示,oqxAB基因检出率为29.3%(39/133),在oqxAB阳性菌中还检测出floR(76.9%)、qnrS(71.8%)、CTX-M-1G(59.0%)、mcr-1(56.4%)、fosA3(28.2%)和acc(6′)-Ib-cr(23.1%)等耐药基因,其中59.0%携带6种以上耐药基因,以oqxA+oqxB+qnrS+CTX-M-1G+mcr-1+floR基因型最为流行(38.5%);种系发育显示分离株主要分布在A组(46.2%),毒力基因主要分布在B2和D组,其毒力基因平均个数分别为3.43和2.64。69.2%(27/39)oqxAB阳性菌成功将耐药质粒传给受体菌(C600),其接合子的MIC值较受体菌均有不同程度的提高。结论福建地区猪源大肠杆菌中oqxAB耐药基因携带率较高,在oqxAB阳性菌中携带多种耐药基因,种系发育主要分布在共生型(A组),毒力基因主要分布在B2和D群;携带oqxAB基因的阳性质粒可通过接合转移的方式进行水平传播。

福建省某规模化猪场猪繁殖与呼吸综合征病毒多样性分析

为了解福建省某规模化猪场猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行情况和基因变异情况,从该猪场采集9份疑似感染PRRSV的猪病料进行病毒分离及分离毒株ORF5、ORF7基因扩增。结果显示,所测9个PRRSV中仅W9-2和W9-3等2株的ORF5、ORF7的核苷酸序列同源性均为100%,其他7个毒株(C1-3、C4-6、C7-9、C10-13、W7-2、W7-4和W10-1)的ORF5、ORF7核苷酸序列同源性分别为83.3%~99.2%和88.4%~100%,与参考毒株核苷酸同源性分别为78.3%~96.2%和87.9%~99.7%,表明规模化猪场至少存在8种毒株。基于ORF5和ORF7序列构建的遗传进化树显示,C1-3、C4-6、C7-9和C10-13等4个毒株为来源于NADC30-like PRRSV与HP-PRRSV的重组毒株,而W7-2、W7-4、W9-2、W9-3和W10-1等5个毒株属于NADC30-like PRRSV。说明该规模化猪场存在多种PRSSV毒株,给该猪场防控PRRS带来严峻挑战,研究结果可为PRRS的防控和新型疫苗的研究提供参考。

福建省猪圆环病毒4型PCR检测及全基因组序列分析

为了解福建省猪圆环病毒4型(PCV4)流行株的现状和遗传演化,收集了2018年-2019年福建省规模化猪场200份疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)的猪组织病料或血清,通过荧光定量PCR方法进行PCV4的核酸检测。结果表明,200份检测样品中PCV4核酸阳性的有4份,检出率为2%(4/200),成功克隆了1个PCV4全基因组序列(FJ-PCV4)。FJ-PCV4的基因组全长为1 770 bp,与国内PCV4代表毒株(GenBank登录号MK948416和MK986820)核苷酸序列同源性为98.8%~99.2%,与PCV1、PCV2及PCV3代表毒株Eng-1970、AF055392、AF055394、DK1980PMWSfree、BDH、 MN2016和MO2015等的核苷酸同源性为43.3%~52.0%,而与水貂圆环病毒Mink circovirus strain SD16、Mink circovirus strain MiCV-DL13同源性为68.1%~68.2%,表明PCV4是一种不同于PCV1、PCV2和PCV3的新型圆环病毒。研究结果为PCV4的分子流行病学研究提供了基础资料。

福建省谱系3 PRRSV的分离及其ORF5基因序列分析

对福建省新流行谱系3的PRRSV进行分离,并对其分子生物学特性进行初步研究,为新流行毒株的防治提供依据和参考。分离的毒株通过RT-PCR和IFA对PRRSV分离毒株进行鉴定,并对其ORF5基因进行序列测定分析。结果显示,分离株能够在Marc-145细胞上增殖并产生典型的细胞病变,被抗PRRSV的特异性单克隆抗体所识别,具有特异性免疫荧光,其TCID50为105.3,将其命名为FJFQ1805。分离株ORF5基因与北美型PRRSV参考株核苷酸同源性为83.9%~92.2%,与谱系3病毒株QYYZ的同源性最高,为92.2%。系统进化树分析表明,该分离株属于北美型,与QYYZ、GM2和FJFS等谱系3的病毒株属于同一分支。综上,所分离的FJFQ1805毒株为谱系3的病毒株。

福建省14株PRRSV-2全基因组特性分析

为了解福建省PRRSV的流行情况及分子特征,本研究选取14株不同年份不同谱系的PRRSV-2(lineage 3、lineage 8.7、lineage 5.1和lineage 1)进行全基因组扩增并测序分析。结果显示,福建省14株PRRSV-2基因组全长为15 016 bp^15 407 bp,与VR-2332、CH-1a、JXA1和NADC30的核苷酸序列同源性为82.9%~99.4%,14株PRRSV-2之间核苷酸序列同源性为82.1%~99.3%,差异较大。分离株FJCH、FJZH与JXA1-R疫苗株高度同源(99.5%~99.6%),且处于同一进化分支,推测其可能来源于疫苗株。重组分析显示14株PRRSV-2存在较高的重组概率(3/14),均发生在lineage 8.7和lineage 1之间。本研究为科学防控福建地区PRRS提供了参考数据。

一例猪蓝耳病与猪圆环病毒病及多重细菌共感染的实验室诊断

为了确诊2021年10月在福建龙岩地区某规模猪场发生的一起仔猪体温升高、呼吸困难、消瘦的病例,分别设计PRRSV、PCV2特异性扩增引物进行PCR检测及阳性样品基因克隆与序列分析。结果表明,送检病例检出PRRSV和PCV2型,PRRSV ORF5序列分析发现所得毒株为高致病性毒株,PCV2全长基因的序列分析为PCV2a亚型;同时从肺脏和肝脏分离所得细菌的16S rRNA进行鉴定与测序,结果发现分离菌为猪链球菌、肺炎克雷伯菌、O157:H7血清型大肠杆菌。说明该猪场疫情主要由高致性PRRSV与PCV2共感染,同时并发多重细菌感染引起。通过对该病例的诊断和疫情分析提出针对性防控措施,为养猪生产实践中的疫病防控提供参考。

福建省一株猪瘟病毒流行毒株全基因组序列测定与分析

根据GenBank公布的猪瘟病毒(CSFV)标准参考毒株全基因组序列,设计11对引物,应用RTPCR方法分别对11个片段进行福建流行毒株CN-FJLY的全基因组扩增,与参考毒株进行序列分析比较。结果表明,福建流行毒株CN-FJLY基因组全长为12 296bp,与参考毒株SXCDK、HEBZ、GXWZ02、HNLY-2011和Zj0801的全基因组核苷酸同源性为93.0%～97.0%,而与1.1亚群的中国强毒Shimen、疫苗株HCLV全基因组核苷酸同源性为84.4%～85.3%。基于全基因组及E2基因构建的遗传进化树分析结果表明福建流行毒株CN-FJLY属于2.1b亚群,与Shimen株、HCLV疫苗株亲缘关系较远。与HCLV相比较CN-FJLY基因组变异较大的是5′UTR、Ems、E2、p7、NS2、NS5A、NS5B和3′UTR。综上说明福建省猪瘟病毒流行毒株正在向远离疫苗株的方向变异。

福建省某规模化猪场种公猪精液PRRSV检测及ORF7基因序列分析

为了解福建省某规模化猪场种公猪猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行情况和流行特点。按照10%比例随机采集该场种公猪精液样本17份,通过RT-PCR方法对其进行PRRSV检测及ORF 7基因序列分析。结果表明,9份精液PRRSV呈阳性,样品阳性率为52.7%;遗传进化树分析表明,该猪场PRRSV ORF 7基因与QYYZ、GM2、FJFS等谱系3毒株亲缘关系较近,处于同一进化分支,而与VR2332、CH-1a、NADC30、JXA1和HuN4等亲缘关系较远,处于不同的进化分支,表明该毒株为近期新流行的谱系3的毒株。

福建NADC30-like PRRSV FJLY01株的全基因组分子特征分析

【目的】了解福建省NADC30-like PRRSV FJLY01株的分子生物学特征和遗传演化规律,为PRRSV的防控提供参考。【方法】对采自福建省规模化猪场的疑似病料进行PRRSV分离鉴定,以NADC30PRRSV毒株基因序列为参考设计并合成9对引物,分别对分离株序列进行分段PCR扩增,经克隆测序后进行序列拼接,采用MEGA 6.0软件进行核苷酸及氨基酸同源性比对,并绘制其与其他35株毒株的系统遗传进化树。【结果】FJLY01株基因组全长为15 016bp(不包含polyA),包含10个开放阅读框,5′-UTR长190bp,3′-UTR长148bp,Nsp2基因缺失393bp。Nsp2蛋白存在类似PRRSV MN184和NADC30株的131个氨基酸的缺失。核苷酸比对结果表明,FJLY01株与VR-2332、MLV RespPRRS/Repro、CH-1a和BJ-4株核苷酸的同源性为85.2%~86.3%,与JXA1、HuN4等HP-PRRSV株核苷酸的同源性为83.7%~84.1%,与MN184A、MN184B株核苷酸的同源性为87.9%~88.2%,与NADC30株核苷酸的同源性最高,为97.1%。系统进化树分析表明,该毒株属于NADC30-like毒株,与JXA1、VR2332和CH-1a的亲缘关系较远。【结论】福建省存在NADC30-like毒株,应该加强PRRSV的监测。

华南虎源禽致病性大肠杆菌的分离鉴定及其生物学特性研究

【目的】对福建梅花山华南虎繁育研究所一例华南虎幼虎急性死亡病例的致病菌进行分离鉴定及生物学特性研究,为圈养华南虎疫病防控提供科学依据。【方法】无菌采取死亡幼虎的肺、肝、脾、肠道等组织病料,进行细菌分离培养,根据形态特征、培养特性、生化试验、16SrRNA PCR扩增结果进行病菌鉴定;并对该分离菌进行16S rRNA系统进化分析、禽致病性大肠杆菌PCR鉴定、药敏试验、动物致病性试验和毒力基因检测。【结果】从幼虎肝脏及肠道组织中分离得到1株大肠杆菌(E.coli),命名为FJ/Tiger2016。16SrRNA系统进化分析显示,该分离菌与大肠杆菌人源分离株(NZCP016497)、鼠源分离株(NZMBNX01000003)、鸭源分离株(EF620926)及禽源分离株(AB272358)的遗传距离较近,形成一个相对独立的小遗传分支,其中与禽源分离株(AB272358)的同源性高达99.7%。PCR鉴定及药敏试验结果表明,该分离菌为禽致病性大肠杆菌(APEC),对选用的15种抗菌药均表现敏感。动物致病性试验结果显示,经腹腔接种时该菌株对试验小鼠具有较强的致病力,小鼠攻毒后5h内全部死亡。病理剖检及组织病理切片观察结果表明,该菌株对死亡小鼠的心脏、肝脏和脾脏等多个重要组织器官均造成了较为严重的病理损伤,而经灌胃接种时试验小鼠均未出现明显的临床症状。毒力基因检测结果显示,该菌株含有10种毒力基因,暗示其可能具有很强的致病性。【结论】从死亡幼虎肝脏及肠道组织中分离到1株具有较强致病力、肠道外致病的禽致病性大肠杆菌,表明禽致病性大肠杆菌已对我国圈养华南虎造成了一定威胁,应引起重视。

红嘴鸥TLR7基因克隆与生物信息学分析

【目的】克隆野生鸟类红嘴鸥Toll样受体7(TLR7)基因,并对其编码蛋白进行生物信息学分析,为后期TLR7蛋白的抗病毒活性研究做准备。【方法】采用cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends,RACE)扩增红嘴鸥TLR7基因全序列,通过生物信息学软件分析TLR7基因序列、稀有密码子、相似性及其编码蛋白的理化性质、跨膜区域、信号肽、N-糖基化位点、磷酸化位点和亚细胞定位,分别利用SOPMA和SWISS-MODEL软件预测TLR7蛋白的二级结构和三级结构。【结果】试验成功克隆红嘴鸥TLR7基因(GenBank登录号:MZ668652),全长1720 bp,开放阅读框(ORF)大小为1182 bp,存在39个稀有密码子,其中含8个连续稀有密码子,编码393个氨基酸;红嘴鸥TLR7基因与GenBank中原鸡、红腹角雉、鹌鹑、绿头鸭、黑天鹅、山雀、白鹭、帝企鹅、红喉潜鸟和巴布亚企鹅的TLR7基因相似性分别为85.7%、84.9%、85.4%、87.0%、87.8%、86.8%、91.0%、93.1%、93.1%和93.1%。系统进化树结果显示,其与白鹭的亲缘关系最近。TLR7蛋白分子式为C_(2080)H_(3256)N_(556)O_(567)S_(19),分子质量约为63 ku,理论等电点为9.25;该蛋白不存在跨膜结构和信号肽,含有6个N-糖基化位点和33个磷酸化位点,是疏水性蛋白,主要存在于细胞质中;TLR7蛋白二级结构主要以α-螺旋为主,约占48.09%,其次为无规则卷曲(32.06%)、延伸链(13.23%)和β-转角(6.62%),TLR7蛋白的三级结构与二级结构一致,且与模型蛋白人TLR7蛋白相似性为68.78%。【结论】红嘴鸥TLR7基因与白鹭进化关系较近,含有8个连续稀有密码子,体外表达较难,研究为进一步探索红嘴鸥TLR7蛋白抗病毒免疫机制提供重要参考。

猪细小病毒7型荧光定量PCR检测方法的建立与应用

猪细小病毒7型(PPV7)是近年来新发现的一种新型PPV。目前,缺乏更为高效的针对PPV7的检测方法,为了建立能够快速检测PPV7的方法,本研究根据PPV7 NS1基因的保守区序列,设计1对特异性引物及TaqMan探针。经过各反应条件的优化,初步建立了一种便捷、灵敏、能够快速准确检测PPV7的荧光定量PCR(qPCR)方法,并对其特异性、敏感性、稳定性以及与SYBR GreenⅠqPCR检测方法的符合率进行检测与对比。结果显示,该方法除对PPV7的基因组DNA有特异性扩增,对猪伪狂犬病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪流行性腹泻病毒、猪轮状病毒、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、日本乙型脑炎病毒及PPV1核酸均无交叉反应,特异性较强。该方法对重组质粒标准品检测限为1.76拷贝/μL,而常规PCR方法检测限为1.76×10^(2)拷贝/μL,表明本研究建立的方法敏感性较高。该方法对不同浓度质粒标准品的组内和组间重复性试验变异系数均小于1.7%,重复性较好。利用本研究建立的qPCR方法和SYBR GreenⅠqPCR方法对采自福建地区的150份样品进行检测,结果显示,两种检测方法的阳性率分别为24.67%(37/150)和6.67%(10/150),二者的总符合率为80.67%(121/150)。表明本研究建立的qPCR方法可以用于临床样品的检测。本研究建立的qPCR检测方法特异性强、敏感性高、重复性稳定性好,为PPV7的流行病学调查及检测提供了新的技术支撑。

福建梅花山圈养华南虎幼虎与成年虎肠道菌群结构的比较研究

通过对华南虎3只幼虎和5只成年虎粪便微生物16S rRNA基因V4区域进行高通量测序,分析华南虎幼虎和成年虎肠道菌群组成和差异。结果表明,8份样品共检测到501个OTUs,包含17个门和176个属。华南虎幼虎肠道细菌物种Beta多样性显著高于成年虎(P<0.05)。幼虎肠道梭菌纲(Clostridia)、梭菌目(Clostridiales)、梭菌科(Clostridiales)、梭菌属(Clostridiales)、消化链球菌科(Peptostreptococcaceae)以及Lachnoclostridium属细菌丰度显著低于成年虎(P<0.05)。华南虎幼虎与成年虎肠道细菌组成上在纲、目、科、属水平上存在差异显著物种(LDA score>4)。幼虎与成年虎肠道菌群组成的多样性与差异,可为不同年龄阶段华南虎的食物选择提供理论依据。

2020—2022年闽粤赣地区PRRSV ORF5基因的分子流行病学调查

【目的】了解闽粤赣地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的分子流行动态,为该疫病的科学防控提供参考。【方法】采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法对2020—2022年闽粤赣地区1475份临床猪组织和血清样品进行检测,对PRRSV阳性样品进行ORF5基因扩增和测序,并对ORF5基因的序列进行系统发育分析。【结果】2020、2021、2022年闽粤赣地区发病猪PRRSV的阳性率分别为24.23%(95/392)、27.69%(162/585)、18.07%(90/498),2020—2022年福建、广东、江西地区PRRSV的阳性率分别为23.20%(272/1172)、23.96%(52/217)、26.44%(23/87)。挑选来自不同猪场的86份阳性样品进行PCR扩增,成功获得62株PRRSV ORF5基因序列,并下载GenBank已发布的18株2020—2022年闽粤赣地区PRRSV的ORF5基因序列,与127株PRRSV国内外参考株ORF5基因序列构建系统发育树。系统发育树显示,80株闽粤赣PRRSV分离株均属美洲株。其中,40株分布在谱系1(NADC30-like株、NADC34-like株)上,12株分布在谱系3(GM2-like株、QYYZ-like株)上,7株分布在谱系5(VR2332-like株、BJ-4-like株)上,21株分布在谱系8(JXA1-like株、CH-1a-like株)上。对核苷酸和氨基酸序列的同源性进行分析,结果显示,80株PRRSV ORF5基因编码的核苷酸序列同源性为81.2%~100%,氨基酸序列同源性为78.6%~100%。33株PRRSV ORF5基因编码的GP5蛋白氨基酸序列在中和表位区第39氨基酸残基处存在变异。【结论】2020—2022年闽粤赣地区PRRSV流行株以谱系1为主(50.00%),并存在谱系1、3、5、8的混合流行。