福建省首例人感染H7N9禽流感病例实验室诊断和病毒序列分析

目的应用real-time RT-PCR和病毒序列测定等方法对福建省首例人感染H7N9禽流感病例开展实验室诊断。方法采集人感染H7N9禽流感病例呼吸道标本并提取RNA,分别采用甲乙型流感通用引物和探针、季节性流感(包括H3N2、H1N1、H1N1pdm)特异性引物和探针以及H7N9特异性引物和探针进行real-time RT-PCR检测。利用自行设计的引物扩增病毒基因组节段,测定并分析病毒基因序列。结果 real-time RT-PCR结果表明,应用甲型通用引物扩增结果阳性,乙型及季节性流感(包括H3N2、H1N1以及H1N1pdm)扩增结果均为阴性,特异性H7N9亚型流感病毒扩增结果阳性。序列测定获得的病毒4个节段的序列与已公布的人感染H7N9禽流感病毒序列高度一致。结论病例呼吸道标本中存在人感染H7N9禽流感病毒,病毒的基因与近期国内流行的人感染H7N9禽流感病毒高度类似。

福建省3例输入性白喉棒状杆菌感染病例流行病学和病原学分析

目的对福建省发现的3例输入性白喉病例进行流行病学和病原学分析。方法对3例疑似皮肤白喉患者进行流行病学调查,采集患者皮肤破损的分泌物样品,进行白喉棒状杆菌分离培养。对纯培养的疑似白喉棒状杆菌进行生化鉴定和质谱分析,检测白喉棒状杆菌(Diphtheria toxin repressor,dtxR)、(Toxin A,toxA)、(Toxin B,toxB)等毒力相关基因,进行MLST序列分型。结果3例病例有典型的皮肤白喉临床表现,皮肤破损部位均分离到白喉棒状杆菌。2例病例分离到的2株白喉棒状杆菌毒力基因检测结果为dtxR(+)、toxA(-)、toxB(-),MLST型别均为ST-703;1例病例分离的白喉棒状杆菌菌株毒力基因检测结果为dtxR(+)、toxA(+)、toxB(+),MLST型别为ST-248。结论福建省存在白喉输入性风险,非毒原菌亦可引起皮肤白喉。

福建省2008-2017年人间布鲁氏菌病流行特征及分离株MLVA分型研究

目的探讨福建省人间布鲁氏菌病流行特征,并对其分离株进行分子分型,为制定预防控制策略提供依据。方法收集中国疾病预防控制信息系统中2008-2017年福建省布鲁氏菌病报告数据,进行流行特征分析;采用传统生物学鉴定和BCSP31-PCR、AMOS-PCR、MLVA-16进行布鲁氏菌分离株分子鉴定和分型,并进行聚类分析。结果福建省2008-2017年布鲁氏菌病发病呈逐年上升趋势,年均发病率0.11/10万;疫情波及福建省80%的县区,呈高度散发态势;发病高峰为4-8月;40～64岁发病数占62.7%,60～64岁组发病率最高(0.27/10万);男女比为2.50∶1,农牧民占50.7%。40株布鲁氏菌分离株分子检测结果与传统分型基本相符,为2个种(羊种和猪种)和2个生物型(羊3型和猪3型),其中羊种布鲁氏菌占绝大多数(87.5%);MLVA-16分型将其分为羊种和猪种2个种群,35株羊种菌分为28种基因型,5株猪种菌分为4种基因型,其中26种基因型为单分离株,6种基因型为共享基因型(共14株,35.0%)。同国内147株布鲁氏菌进行聚类分析显示,福建省菌株与广东和内蒙古地区存在4种共享基因型,均为羊种菌,其他部分菌株与外省菌株存在着较近的遗传距离,主要集中在panel 2B上,仅存在1～3个位点的差异。结论福建省布鲁氏菌病流行强度逐年增高,建议相关部门加强传染源的管控、对疫情高发地区的重点人群采取必要防控措施,控制其发生与流行。福建省布鲁氏菌MLVA-16分型显示高度基因多态性,提示MLVA-16可用于遗传多样性分析和分子流行病学溯源调查,可以提高布鲁氏菌病监测能力。

福建省MSM人群中HIV-1感染者原发性耐药基因突变研究

目的研究我省男男性行为者(MSM)中未经抗病毒治疗的人类免疫缺陷病毒(HIV)感染者的原发性基因耐药性突变发生情况,为该人群的抗病毒治疗药物选择提供依据。方法采集福建省尚未接受抗病毒治疗的MSM HIV-1感染者的外周静脉抗凝全血,分离血浆,提取血浆中HIV RNA,用RT-PCR方法扩增HIV pol区蛋白酶基因全序列与部分逆转录酶序列。所得扩增片段进行序列测定后,数据运用Contig Express拼接编辑校正后上传至斯坦福大学HIV耐药数据库进行比对,同时运用Bio-Edit和Mega等软件进行系统发生分析。结果获得50份HIV-1分离株完整的PR和RT基因序列,其中60%(30/50)为01_AE重组亚型,18%(9/50)为B亚型,20%(10/50)为07_BC重组亚型,1例08_BC重组亚型。耐药分析显示,1例发生PI(蛋白酶抑制剂)药物的主要耐药突变M46I,造成对NFV中度耐药。10例样本出现NNRTIs和NRTIS的耐药相关突变,仅1例解释为对NNRTIs的潜在低水平耐药,由V179E引起。结论福建省MSM HIV-1感染者的原发性耐药突变发生率低,有利于今后该人群抗病毒治疗工作的开展,但需加强监控该人群耐药毒株的传播。

福建省MSM哨点监测HIV新近感染影响因素及分子流行特征研究

目的了解福建省MSM人群HIV新近感染状况,探讨其分子流行特征和相关影响因素,为制定艾滋病防治策略提供科学依据。方法对福建省2019年MSM哨点监测人群HIV抗体阳性样本采用HIV-1限制性抗原亲和力酶联免疫法(简称LAg-Avidity EIA)进行新近感染检测,用多因素Logistic回归分析其影响因素,通过RT-PCR扩增pol和gag区,利用系统进化树和HIV db Program软件对序列进行基因亚型和耐药突变分析。结果福建省2019年哨点监测MSM人群863人,其中总的HIV抗体阳性率为12.17%(105/863),HIV新近感染率为11.97%;Logistic回归分析显示,样本来源和最近6个月内同性肛交安全套使用频率是新近感染的影响因素;基因亚型以CRF07_BC(47.61%)和CRF01_AE(38.10%)为主,其次为CRF55-01B(9.52%)、B亚型(4.76%);HIV-1耐药率为6.67%(1/15),其中15例对蛋白酶类抑制剂、核苷类逆转录抑制剂均敏感;1例对非核苷类逆转录酶抑制剂efavirenz(EFV)和nevirapine(NVP)产生高度耐药,1例为潜在耐药。结论福建省2019年哨点监测MSM人群HIV新近感染率处于较高水平,多种亚型并存,发现原发耐药株传播,应加强对HIV新近感染者的分子流行特征变化趋势以及原发耐药传播的动态监测,及时调整防控策略,有效控制福建省艾滋病感染与传播。

福建省动物宿主感染巴贝虫调查研究

目的了解福建省动物宿主感染巴贝虫状况。方法 2014-2016年本中心在福建各地捕鼠,笼日法捕鼠,采集鼠心脏血,同时采集牛、羊和狗的血液样本,采用PCR扩增巴贝虫18SrRNA基因,感染率的比较采用χ2检验或Fisher’s确切概率法。结果调查共布放鼠笼5 917笼次,捕鼠381只,鼠密度为6.44%。全省鼠类巴贝虫的感染率7.61%。家栖鼠中仅3只感染巴贝虫,感染率为1.68%。野鼠中26只感染巴贝虫,感染率为12.87%。野鼠感染率远高于家鼠,差异存在统计学意义(P<0.05)。地区分布看,闽中地区感染率最高,其次为闽东,闽南地区感染率最低,差异存在统计学意义(P<0.05)。其他动物,牛的血样未检出巴贝虫,狗和羊的血样中各1只检出巴贝虫,感染率分别为1.79%和0.55%。鼠类的巴贝虫感染率高于其他动物的感染率,差异存在统计学意义(P<0.05)。序列分析显示鼠类感染的均为田鼠巴贝虫。而犬中检出的巴贝虫为犬巴贝虫。结论福建省巴贝虫宿主动物中鼠类尤其是野鼠,感染率最高,可能是我省巴贝虫最重要的宿主。

福建省北部地区鼠类钩端螺旋体感染状况及分离株分子特征研究

目的了解福建省北部地区鼠类钩端螺旋体(钩体)感染状况及分子特征。方法对捕获的鼠类进行信息登记,采集鼠肾进行PCR检测,确定其感染状况。EMJH培养基用于鼠肾标本的钩端螺旋体菌株分离。应用MAT方法对分离株进行血清群鉴定。分别采用16S rRNA、MLST和PFGE的方法对分离株进行分子分型。结果共捕获鼠类227只,检出感染钩端螺旋体的鼠类27只,检出率为11.89%,野栖鼠检出率高于家栖鼠,雄性鼠检出率高于雌性鼠。共分离到4株钩端螺旋体分离株,分离率为1.76%(4/227)。血清学分群显示4株分离株均为黄疸出血群。基因种分型显示4株分离株均为Leptospira interrogans。MLST分型将4株分离株分为2个ST型,PC29、PC30为ST1型,JY19、JY37为ST17型。4株分离株呈现2种PFGE带型,其中,PC29、PC30与黄疸出血群参考株带型一致,JY19、JY37与波摩那群带型具有较高相似度,聚类关系相对较近。结论福建省北部地区的鼠类中存在钩端螺旋体感染。黄疸出血群和Leptospira interrogans分别为福建省北部地区钩端螺旋体的优势血清群和优势基因种,具有不止一种的ST型和PFGE带型,且ST型与PFGE带型呈现地域差异。

福建省介水传染病发病短期定量预测研究

目的采用时间序列模型(ARIMA)对福建省介水传染病发病数进行短期定量预测,为风险评估提供数据。方法运用R 3.4.3软件基于ARIMA模型对福建省2004年1月-2018年4月介水传染病月发病数进行分析和建模,并对2018年5-12月进行短期预测。结果2004年1月-2018年4月福建省介水传染病报告发病数共409042例,呈上升趋势和周期性波动。季节效应比较明显,秋冬季节出现发病高峰,其中12月份较上月增长了29.31%。ARIMA(2,1,1)(2,1,2)12为最佳拟合模型,预测值和实际值吻合较好,准确度较高,各准确性度量值分别为:ME(-0.02)、RMSE(0.19),MAE(0.13)、MPE(-0.32%)、MAPE(1.70)、MASE(0.69)。2018年5-9月的实际发病数与预测值相比,绝对误差均值和相对误差分别为-203例和-8.62%。2018年10-12月预测值分别为2401例、2130例和3643例。结论ARIMA模型能够对福建省介水传染病发病数进行较准确的短期预测,可为风险评估和制定防控措施提供数据基础。

福建省新型冠状病毒肺炎流行病学特征分析

目的描述和分析福建省新型冠状病毒肺炎病例的流行病学特征,为防控提供依据。方法选取经中国疾病预防控制信息系统网络直报的福建省新型冠状病毒肺炎病例,回顾性描述该省疫情概况、疾病的三间分布以及聚集性疫情特征。结果截至2020年2月21日24时,累计报告病例298例,死亡1例,病死率0.3%。其中确诊病例293例(98.3%),现有疑似病例2例(0.7%),无症状感染者3例(1.0%)。确诊病例中,病情严重程度以普通型肺炎为主199例(67.9%),男女比例1.22∶1,年龄以25~54岁居多(199例,67.9%)。流行曲线表现为单峰流行,确诊病例最早发病时间为1月2日,61.8%病例集中在1月21日-30日间发病。除平潭综合实验区外,其余9个设区市均报告确诊病例,主要分布在福州(71例,24.2%)、莆田(55例,18.8%)、泉州(46例,15.7%)。27个(30.7%)县(市、区)无确诊病例报告。累计报告聚集性疫情50起,涉及病例177例。结论福建省新冠肺炎病例主要为输入性病例,输入性病例以中青年为主,而本地病例则以中老年为主,除平潭外的各地市均有确诊病例报告。输入性病例流行曲线与人员返闽等相吻合,本地病例流行较输入病例晚一周。各设区市均报告聚集性疫情,以家庭性聚集为主。

2012-2017年福建省人间布鲁氏菌病血清学监测结果分析

目的分析福建省人间布鲁氏菌病流行趋势,为制定有效科学的防控措施提供依据。方法根据《全国布鲁氏菌病监测工作方案》和《福建省布鲁氏菌病防控项目实施方案》的要求,在福建省布病重点地区开展监测,对各年度上报数据进行汇总与分析。结果 2012-2017年间,在福建省8个设区市22个监测点共检测布病高危人群血清标本6 713份,检出阳性64份(SAT法),阳性率为0.95%;各类布病职业人群中,以肉类加工和饲养放牧人员阳性率最高,但差异无统计学意义(χ^2=9.972, P>0.05);年龄分布看,30~50年龄组检出最多,但差异无统计学意义(χ^2=11.033, P>0.05);性别分布看,男女性别比为1.66∶1,差异无统计学意义(χ^2=0.642, P>0.05)。在哨点医院开展主动搜索,共检测人群血清1 815份,发现病例62例,阳性率为3.42%。结论 2012-2017年间,福建省闽南沿海地区疫情较重,并有向内陆闽北山区扩散趋势。

福建省2009-2014年登革热流行特征分析

目的了解福建省登革热流行特征,为制定防治对策提供依据。方法收集2009—2014年福建省登革热病例资料,建立数据库并分析。结果 2009-2014年福建省共报告登革热病例477例,其中输入性病例200例,本地病例277例,输入性病例全年均有报告,主要集中在6-10月份;年龄以20~49岁为主,男女比例为1.78∶1,病例主要分布于泉州（63/200）、福州（57/200）、莆田（39/200）。输入来源地遍布东南亚、南亚、非洲、大洋洲、南美洲、拉丁美洲等地区,其中以东南亚地区为主要来源,国内输入地包括广东省、云南省和海南省。本地病例发病主要集中于莆田和南平市（269/277）,发病时间集中在9-10月份,10~69岁间各年龄组之间差距不大,男女比例为0.71∶1。所有病例职业分布以商业服务、家务及待业、农民、学生为主。结论福建省登革热流行仍以输入性病例为主,但输入引起本地暴发的风险较高,需重点加强入境旅客的登革热检疫工作。应加强全省登革热的监测和防蚊、灭蚊工作,防止登革热疫情的暴发。

COI基因DNA条形码技术在福建省蜱类鉴定中的应用

目的探讨基于线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(COI)基因的DNA条形码技术应用于福建省蜱类鉴定的可行性。方法蜱标本经形态学鉴定后提取基因组DNA,PCR扩增COI基因片段,并进行测序和比对,用Kimura-2-parameter模型计算种内及种间遗传距离,以邻接法构建系统发育树。结果经形态学鉴定,97只蜱隶属于5属12种,遗传距离计算结果显示,种间遗传距离(14.65%~26.79%)显著大于种内遗传距离(0~7.14%);BLAST同源性比对发现GenBank数据库中尚无越原血蜱(Haemophysalis Yeni)与基刺硬蜱(Ixodes spinicoxalis)的COI基因序列,褐黄血蜱(H.flava)、台岛血蜱(H.formosensis)、豪猪血蜱(H.hystricis)、粒形硬蜱(I.granulatus)、微小扇头蜱(Rhipicephalus microplus)与血红扇头蜱(R.sanguineus)的形态学鉴定与DNA条形码鉴定结果一致,但是,龟形花蜱(Amblyomma testudinarium)、台湾革蜱(Dermacentor taiwanensis)、中华硬蜱(I.sinensis)的形态学鉴定与COI基因DNA条形码鉴定结果不一致;系统发育树显示,同一物种的不同个体均形成高支持率的单系,种间分支很明显。结论COI基因DNA条形码测定是一种快速准确的蜱类鉴定新兴技术,但现阶段,COI基因DNA条形码技术尚不能完全脱离传统的形态学鉴定而独立进行,两者应有机结合。

福建省鼠类感染巴尔通体调查及序列分析

目的了解福建省鼠类中巴尔通体(Bartonellaspp.)的感染状况和基因特征。方法 2014-2016年采用笼日法在福建省闽东、闽西、闽南、闽北和闽中捕鼠,现场鉴定并记录捕获鼠类的釆集时间、地点、鼠种、性别、鼠龄等资料。采集鼠心脏血,PCR扩增巴尔通体的gltA和16S^23SrRNA基因,阳性PCR产物送测序并进行序列比对分析,构建系统进化树。感染率间的比较采用χ~2检验或Fisher精确检验法。结果调查共布放鼠笼5 917笼次,捕鼠381只,鼠密度为6.44%。巴尔通体感染率为12.34%。家鼠的巴尔通体感染率为10.61%,褐家鼠(Rattus norvebicus)和黄胸鼠(Rattus flavipectus)感染率分别为11.30%和10.00%;野鼠的感染率为13.86%,黄毛鼠(Rattus losea)和针毛鼠(Rattus fulvescens)感染率分别为22.86%和18.00%,野鼠的巴尔通体感染率高于家鼠的感染率,但无统计学意义。从地区分布看,闽西、闽北一带的感染率较高,分别为20.00%和25.33%。闽南一带感染率最低,为0。各地区感染率存在统计学意义(P<0.05)。不同性别、鼠龄的巴尔通体感染率差异无统计学意义,而不同的生境下的感染率存在统计学差异(P<0.05)。阳性样本测序分析显示,福建省鼠类感染的巴尔通体序列与B.tribocorum、B.elizabethae和B.grahamii序列最接近。结论福建省鼠类存在巴尔通体感染,存在对人群致病的风险。

福建省人体肠道原虫病调查分析

目的了解福建省人体肠道原虫病流行现状。方法按全国统一调查方案,以分层整群随机抽样方法,抽取15个调查县(市、区),每个县(市、区)调查5个点,每个调查点调查人数不少于250人。每份标本采用卢戈氏碘液涂片法与生理盐水直接涂片法检查肠道原虫包囊或滋养体。结果共调查15县(市、区)75个点(村)10 652人,阳性者222人,各种肠道原虫总感染率为2.08%。检出6种肠道原虫,即人芽囊原虫、微小内蜒阿米巴、结肠内阿米巴、哈门氏内阿米巴、波列基内阿米巴及蓝氏贾第鞭毛虫,其感染率分别为0.79%、0.58%、0.41%、0.18%、0.09%与0.02%。男性感染率为0.84%,女性为1.25%,女性高于男性(χ~2=8.8126,P<0.05)。感染者最大年龄86岁,最小3岁,以高年龄组(56岁以上)为主,占38.3%。感染者分布于多种职业,其中农民占77.9%,其次为学生占14.4%。调查地区感染率以平潭为最高7.04%,其次为漳浦4.62%与周宁3.92%。浙闽山地丘陵生态功能区感染率为1.52%(83/5469),滇桂粤中部闽南山地丘陵生态功能区为2.68%(139/5183),两者差异具有统计学意义(χ~2=17.674,P<0.01)。结论本次调查的人群原虫总感染率大幅降低,感染虫种明显减少,并以人芽囊原虫为常见的肠道原虫,应列为今后防制重点。

福建省鼠感染钩端螺旋体调查和分离株基因种的鉴定

目的了解福建省鼠感染钩端螺旋体(钩体)现状及分离株基因种的特征,为钩体病防控提供科学依据。方法2015-2019年根据疫情选取14个调查点,采用笼夜法捕鼠并采集心血或肾脏标本进行钩体培养,测定血清抗体;对鼠中分离保存的23株钩体菌株提取DNA,PCR扩增16S rRNA基因、PCR产物纯化测序,与GenBank数据库收录的钩体17种基因型进行比对确定基因种,并用Mega 6.0软件构建系统进化树并进行序列分析。结果福建省鼠种以黄毛鼠为主要优势鼠种,占40.87%(499/1221)、其次依次是黄胸鼠19.57%(239/1221)、针毛鼠16.79%(205/1221)和褐家鼠8.85%(108/1221),钩体血清抗体阳性率为29.32%(207/706),以黄毛鼠最高,为42.16%(121/287),不同地区鼠种构成及鼠钩体感染率不同。23株菌株均扩增出16S rRNA基因的目标条带1484 bp,测序及序列分析属于致病性的基因种有13株,其中L.borgpetersenii(伯氏)占8株,L.interrogans(问号)占5株,属于非致病的基因种10株。钩体菌株分离自福建省的优势鼠种(黄毛鼠、黄胸鼠、针毛鼠)及不同地区(闽东、闽南、闽西和闽北)。结论福建省鼠类感染钩体普遍,以致病性基因种(L.borgpetersenii和L.interrogans)为主,也携带非致病性基因种,需加强钩体病传染源啮齿动物的监测工作。

2014年福建省南平市登革病毒E基因序列分析

目的测定2014年南平市登革暴发相关登革病毒E基因序列,探讨其输入来源及基因型别。方法将患者急性期血清接种C6/36细胞,分离登革病毒,通过RT-PCR进行血清型鉴定,扩增全长E基因,测定序列并绘制系统进化树。结果共分离到4株DENV-1,2株DENV-2,扩增并测序获得E基因全长序列,4株南平地区DENV-1型分离株之间同源性为100%,与D13459(Donguang)分离株同源性也高达99.7%;2株DENV-2型分离株与DENV2/CN/GZ05/2014分离株的同源性均达100%。系统进化分析发现,4株DENV-1病毒株与来自广东及印度的毒株处于同一进化树分支,均为基因Ⅴ型;2株DENV-2病毒株与来自广东及新加坡的毒株处于同一进化树分支,均为基因Ⅳ型。结论福建省南平市本次登革热本地病例暴发可能是由广东或者东南亚地区的登革热输入病例引起的。

2010年福建省肠道病毒71型血清流行病学调查

目的了解经过2008及2009年手足口病流行之后,福建省普通人群血清肠道病毒71型的抗体水平。方法采集2010年福建省390名普通人群的血清标本,采用中和试验检测血清EV71中和抗体。结果 390名普通人群中和抗体阳性186人,阳性率47.69%。男女性别之间中和抗体阳性率及抗体滴度均没有统计学差异（χ2=0.42,P=0.52〉0.05;U=-0.24,P=0.81〉0.05）。各个年龄组之间的抗体阳性率及抗体滴度均有统计学差异（χ2=55.69,P=0.00〈0.05;HC=50.36,P=0.00〈0.05）,抗体阳性率最低的为0~岁年龄组,为16.67%,抗体阳性率随年龄增大而增高。0~4岁年龄组的抗体阳性率为25.33%,5~年龄组的抗体阳性率为61.67%,两者之间的抗体阳性率及抗体滴度均有统计学差异（χ2=48.85,P=0.00〈0.05;U=-6.39,P=0.00〈0.05）。结论经过2008及2009年手足口病流行之后,福建省普通人群血清肠道病毒71型的抗体水平仍较低,特别是0~4岁年龄组的儿童。今后福建省仍会出现EV71作为主要病原体之一引起的手足口病疫情,易感人群仍为5岁组以下儿童,应继续加强监测和防控。

福建省部分地区野栖鼠体表寄生恙螨的物种多样性调查

目的调查福建省部分地区野栖鼠体表寄生恙螨的分布情况及物种多样性,为恙虫病防制提供参考依据。方法笼日法捕鼠,检获鼠体恙螨,对其鉴定、计数。用带螨率、带螨指数及优势种反映恙螨的种群构成及密度;采用丰富度、Shannon-Wiener多样性指数、Pielou均匀度指数及Simpson优势度指数分析恙螨的物种多样性。结果在野栖鼠体表共检获恙螨2亚科7属27种10832只。其中,鼠耳表面共检获2亚科6属23种9936只,带螨率为33.27%,带螨指数为17.68,恙螨的多样性指数为1.48,优势种为地理纤恙螨(59.60%);鼻腔内共检获1属4种896只,带螨率为15.11%,带螨指数为4.06,恙螨的多样性指数为1.12,优势种为中华珠恙螨(48.33%)。不同寄生部位、不同宿主、不同生境、不同季节、不同区划鼠体带螨率、带螨指数、恙螨的物种多样性及优势种均不同。恙螨物种多样性指数趋势依次为:耳>鼻腔;白腹巨鼠>针毛鼠>社鼠>黄毛鼠>黑线姬鼠>青毛鼠>板齿鼠(耳);青毛鼠>针毛鼠>黄毛鼠(鼻腔);山地>田地>果园;春季>秋季>夏季;东部丘陵平原亚区>闽广沿海亚区。结论福建省野栖鼠体表寄生恙螨种类丰富,其种群构成、密度及物种多样性受宿主、寄生部位、生境、气候等因素的影响。

福建省新型冠状病毒的分离和全基因组特征分析

目的从福建省早期新型冠状病毒肺炎(COVID-19)病例中分离新型冠状病毒(2019-nCoV)并了解病毒基因组特征。方法将福建省早期COVID-19患者的咽拭子样本接种至Vero-E6细胞,培养上清提取核酸,经real-time RT-PCR法验证后,利用Ion Torrent S5深度测序仪做全基因组测序,分析病毒株全基因组序列与参考序列的一致性和进化情况。结果12份咽拭子样本经培养后有2份样本病毒滴度明显上升,表明分离到2株2019-nCoV,其全基因组结构蛋白与Wuhan-Hu-1株的一致性超过99.9%。结论成功自福建省早期COVID-19病例中分离到2019-nCoV,病毒分离株的基因序列与湖北武汉流行的2019-nCoV高度同源,提示病毒尚未发生明显变异。

福建省1例不明原因肺炎病例中甲型H1N1流感病毒的全基因组特征分析

目的了解1例不明原因肺炎病例中甲型H1N1流感病毒的生物学特性和变异情况,为临床治疗与疫情防控提供依据。方法利用MDCK细胞分离不明原因肺炎病例中的甲型H1N1流感病毒,分离的毒株经全基因组测序后分析其抗原性、致病性和耐药性等特征。结果从该病例的咽拭子标本中分离得到1株甲型H1N1流感病毒并命名为A/FujianGulou/SWL64/2016(H1N1),其8个节段的核苷酸和氨基酸序列与A/California/07/2009(H1N1)疫苗株的相似性分别为96.9%~98.9%和96.7%~99.5%。氨基酸序列分析显示HA蛋白共有18个位点发生突变,其中K163Q、S185T、S203T和D222N变异涉及到3个不同的抗原位点,提示病毒发生抗原漂移;与受体结合位点相关的D222N突变还提示病毒感染下呼吸道的能力增强。耐药性分析显示该病毒对金刚烷胺耐药,对达菲仍然敏感。结论本次研究的甲型H1N1流感病毒具有抗原漂移现象,且具备引发重症肺炎的分子特征,应进一步加强监测,为疫情防控奠定基础。