CD44^+/CD44^-食管鳞癌细胞LncRNA表达谱差异分析

目的食管癌干细胞和长链非编码RNA(long noncoding RNA,LncRNA)均与食管癌放疗抵抗相关.本研究从食管癌干细胞入手,筛选出与食管癌干细胞放射敏感性相关LncRNA.方法对人食管鳞癌细胞株Eca109分别进行无血清和正常血清培养形成富集干细胞的悬浮细胞球(瘤球细胞组)和贴壁细胞(贴壁细胞组).通过流式细胞技术从瘤球细胞组和贴壁细胞组分选出CD44^+食管鳞癌干细胞和CD44^-食管鳞癌细胞,再利用LncRNA高通量测序分析2种细胞间Ln-cRNA差异表达谱,并应用实时荧光定量PCR方法验证前10位差异性表达最大的LncRNA.结果与CD44^-食管鳞癌细胞相比,CD44^+食管鳞癌干细胞组有2517个基因表达上调,2444个基因下调,其中mRNA有3174个(1479个上调,1695个下调),LncRNA有1832个(1038个上调,794个下调).食管鳞癌干细胞MSTRG.73085(t=9.919,P<0.001)表达下调,其相对比值平均数为1.7×10^-4,CH17-360D5.3(t=5.39,P=0.006)、CH17-360D5.2(t=9.192,P<0.001)、RP11-439E19.10(t=9.84,P<0.001)、MSTRG.424(t=4.391,P=0.012)、MSTRG.64087(t=6.591,P=0.003)和MSTRG.15903(t=11.71,P<0.001)表达上调,其相对比值平均数分别为335.3×10^-4、26.7×10^-4、8.6×10^-4、3.8×10^-4、5.1×10^-4和33.6×10^-4.结论瘤球细胞组中表达下调的MSTRG.73085,上调的CH17-360D5.2、CH17-360D5.3、RP11-439E19.10、MSTRG.424、MSTRG.64087和MSTRG.15903有可能与食管鳞癌干细胞的放射敏感性有关联.