上海地区乙型肝炎家庭聚集性危险因素的流行病学调查

目的:调查上海地区乙型肝炎(乙肝)家庭聚集性形成的危险因素。方法:设计调查表,调查先证者家庭成员乙肝感染相关行为危险因素,以乙肝聚集性家庭为病例,非聚集性家庭为对照进行危险因素的分析。结果:共调查298个家庭共870名家庭成员,经多因素Logistic回归模型分析发现:家中有肝硬化患者(OR=2.548,95%CI1.352～4.800;P=0.004)、共用搓澡巾(OR=1.864,95%CI1.125～3.089;P=0.016)是乙肝家庭聚集性形成的独立危险因素。结论:与乙肝相关肝硬化患者共同生活和共用搓澡巾是上海地区乙型肝炎家庭聚集性形成的危险因素。

网络辅助下的流行病学PBL教学探索

探索网络辅助下的以问题为基础的学习(PBL)在流行病学中的应用效果。将学生分为5-6人一组,课前构建网络学习资源,课堂上组织学生讨论发言,课后通过教学论坛等进行师生交流,学生通过网络在线自测,教师通过在线调查搜集信息,成绩考核包括40%课终考试、30%平时成绩、20%课件报告和10%实施建议及体会,在流行病学理论课教学全程使用PBL教学法。PBL教学法能增强学生学习主动性、自学能力、表达能力和团队协作能力,有效提高学生分析问题和解决问题等多方面的能力。

2009年新型甲型H1N1流感流行特征及防控措施

自2009年3月墨西哥发现首例甲型H1N1流感病例以来,截至2009年5月29日已有53个国家和地区正式报告15510例确诊病例,2009年4月29日,世界卫生组织(WHO)已将全球流感大流行警告级别从4级提升到5级,并且还有进一步升级的可能。引发此次疫情的病原体是一种之前从未在人和猪身上出现过的新型甲型H1N1流感病毒。该新病毒对奥司他韦(达菲)和扎那米韦较敏感,但对金刚烷胺和金刚乙胺具有抗药性。人群对该病毒普遍易感,经由人-人形式传播。甲型流感在潜伏期内有传播能力,因此必须对密切接触者进行严格检疫;民众应做到勤洗手,咳嗽、喷嚏、吐痰时使用纸巾掩住口鼻等预防措施以减少传播机会。公共场所良好的通风条件、个人良好的卫生习惯和健康状况是预防该病的关键。

PPP4R1基因与肿瘤相关性的生物信息学预测及在胃癌组织中的初步验证

目的:应用生物信息学分析方法预测基因PPP4R1与胃癌发生和转移的关系,并采用RT-PCR进行验证。方法:利用基因功能模块原理,通过IntNetDB找到基因PPP4R1的伙伴基因,应用CFinder工具找其社团基因,Chilibot在线工具分析社团基因与肿瘤的关系,继而推测PPP4R1与胃癌的联系。采用RT-PCR法检测18对分别来自同一患者的转移和原位肿瘤组织、12对分别来自同一患者的原位肿瘤和癌旁正常组织PPP4R1基因表达,对上述生物信息学分析的结果进行验证。结果:生物学分析结果表明,PPP4R1的社团基因有CTDSP2、PPP2R5E、CTDP1、CTDSP1、FLJ22405、MTMR4、PPP1CA、PPP1CB、PPP1CC、PPP2R2A、PPP2R5A、PPP2R5C、PPP3CC,其中与癌相关的基因有9个,与癌及转移相关的基因有2个。PCR验证结果表明:18例原位胃癌组织中有15例基因PPP4R1表达高于其对应的转移组织(P<0.01);12例正常组织有9例高于其对应的癌组织(P<0.01)。结论:基因PPP4R1可能与胃癌的发生和转移相关;生物信息学可能成为研究基因功能快速而有效的新方法。

我校实施信息化教学存在的问题

信息化教学模式具有开放性、交互性、共享性、协作性、自主性等特点。开展信息化教学可提高教学效率,培养创新型人才,但高校在实施信息化教学过程中仍存在教学理念没有更新、信息技术掌握不够、对信息化教学认识不准确、信息化建设投入不足和管理不规范等问题,影响了信息化教学的效果。

ERCC1、XPD和BRCA1基因多态与晚期非小细胞肺癌患者铂类药物化疗效果的相关性

目的探讨核苷酸切除修复系统(NER)的3个重要基因切除修复交叉互补基因1(ERCC1)、着色性干皮病基因D(XPD)和乳腺癌易感基因1(BRCA1)的单核苷酸多态性(SNPs)与晚期非小细胞肺癌(NSCLC)患者铂类药物化疗效果的相关性。方法对124例接受含铂类药物化疗的晚期NSCLC患者进行临床疗效评价。采用TaqMan探针法对ERCC1Asn118Asn(rs11615)、XPD Lys751Gln(rs13181)和BRCA1 Ser1613Gly(rs1799966)进行基因型分析。比较不同基因型与铂类药物化疗效果的关系。结果BRCA1 Ser1613Gly遗传多态与铂类药物化疗临床受益显著相关(P=0.014),携带Gly等位基因的患者临床受益率明显高于野生型患者(P=0.006)。没有发现ERCC1 Asn118Asn和XPD Lys751Gln与临床受益的相关性。这3个基因多态存在一定联合作用,携带变异等位基因(ERCC1 T,XPD Gln和BRCA1 Gly)的数目越多,化疗临床受益率越高(P=0.036)。结论NER系统中的BRCA1 Ser1613Gly遗传多态与晚期NSCLC患者铂类药物化疗临床受益相关,联合分析多个基因的SNPs可能对指导化疗药物的选择更有帮助。

2009年新型甲型H1N1流感病毒血凝素基因进化分析

目的:探讨2009年新型甲(A)型H1N1流感病毒血凝素(HA)基因与世界各地不同年代分离的A/H1N1代表株HA基因的进化关系。方法:从NCBI数据库下载2009年新型A/H1N1亚型流感病毒的HA基因序列以及以往流行的人、猪和禽的A/H1N1亚型流感病毒参考序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0(MEGA4.0)软件进行序列比对和构建系统进化树,并分别比较2009年新型甲型H1N1流感病毒HA基因与北美地区、欧洲地区、亚洲地区A/H1N1流感病毒HA基因编码蛋白的氨基酸序列。结果:不同时期人A/H1N1亚型流感病毒代表株HA基因进化分析显示:2009年新型A/H1N1流感病毒HA基因与1976～2007年北美地区分离的7株人A/H1N1亚型流感病毒具有较高的同源性,与欧洲和亚洲地区的同源性较低。不同种属间A/H1N1亚型流感病毒HA基因进化分析显示:2009年新型A/H1N1流感病毒HA基因与1998和2007年北美地区分离的A/H1N1猪流感病毒的HA基因进化关系较近,与欧洲及亚洲地区分离的A/H1N1猪流感病毒及A/H1N1禽流感病毒进化关系较远。氨基酸比对结果显示2009年新型A/H1N1流感病毒HA基因的重要抗原位点与北美地区分离的A/H1N1猪流感病毒相近,与欧洲和亚洲地区分离的A/H1N1猪流感病毒及人类流感病毒疫苗株相比变化较大。结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒HA基因可能是北美地区甲型H1N1猪流感病毒长期进化并与该地区人A/H1N1流感病毒部分基因片段重排的结果,对人H1N1甲型流感病毒疫苗可能并不敏感。

2009年新型甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因进化分析

目的:探讨2009年新型甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因的进化及NA基因编码蛋白抗原性、酶活性位点、糖基化位点变异情况。方法:从NCBI基因库检索获得43株不同年代不同地域甲型流感病毒NA基因序列,用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0(MEGA4.0)软件进行基因进化分析和氨基酸序列分析。结果:2009年新型甲型H1N1流感病毒与禽H5N1流感病毒NA基因的同源性达到85%,潜在抗原位点氨基酸分布相同;所有毒株的酶活性中心位点高度保守,但糖基化位点有变异。结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒的NA基因可能来源于禽H5N1流感病毒;神经氨酸酶抑制剂治疗有效。

2009年新型甲型H1N1流感病毒全基因组序列重组分析

目的:分析2009年流行的新型甲型流感病毒(A/H1N1)全序列的基因重组现象。方法:从NCBI基因数据库下载2009年新型甲型流感病毒(A/H1N1)全基因组序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0(MEGA4.0)软件对8条基因序列进行拼接和比对,分析2009年爆发株与历史流行株序列间的同源性;同时采用Simplot3.5.1软件分析新型流感病毒A/H1N1基因重组现象。结果:2009年3月以来爆发的新型A/H1N1病毒株聚合酶B1(polymerase B1,PB1)基因来自于人H3N2,其同源性为93.7%;聚合酶B2(polymerase B2,PB2)和聚合酶A(polymerase A,PA)与禽H5N1同源性较高,同源性分别为89.0%、89.9%;血凝素(hemagglutinin,HA)、核蛋白(nucleoprotein,NP)和非结构蛋白(non-structural protein,NS)与北美地区猪H1N1同源性较高,同源性分别为91.7%、93.1%和93.1%;神经氨酸酶(neuraminidase,NA)和基质蛋白(matrixprotein,MP)与欧洲地区猪H1N1同源性较高,同源性分别为90.5%、95.5%。全基因序列同源性分析发现2009年新型A/H1N1病毒与北美地区猪H1N1病毒同源性最高,为83.9%。结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒可能是人H3N2、北美地区猪H1N1、欧洲地区猪H1N1、禽H5N1的基因重排病毒。

2009年新型甲型H1N1流感病毒基质蛋白及核蛋白基因进化分析

目的:探讨2009年新型甲型流感病毒(A/H1N1)基质蛋白(M)及核蛋白(NP)基因的进化规律。方法:从NCBI数据库下载147条甲型H1N1流感病毒M基因及NP基因序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0(MEGA4.0)软件对M基因和NP基因序列进行比对,并用NJ法构建进化树,同时采用EpiInfo软件分析1918～2009年人H1N1病毒的M基因和NP基因序列进化距离的线性趋势。采用MEGA4.0软件对M2蛋白氨基酸序列进行比对。结果:不同地区的2009年新型甲型H1N1流感病毒M基因、NP基因同源性高,但与历史上流行的H1N1流感病毒M基因、NP基因差异较大,且M基因进化距离随分离年限变化的趋势性检验结果有统计学意义(Ptrend=0.001)。2009年新型甲型A/H1N1流感病毒M2蛋白与1918～2008年人A/H1N1病毒M2蛋白氨基酸序列进行比对,结果显示在第11、43、54、57、77、78氨基酸位点发生了改变;与猪、禽A/H1N1的M2蛋白氨基酸序列进行比对,结果显示仅在第43、77位氨基酸位点发生改变。结论:2009年新型甲型A/H1N1流感病毒NP基因片段较以往流行的人H1N1流感病毒NP基因发生了改变;M2蛋白位于胞外编码区的第11位氨基酸、位于TM结构域的第43位氨基酸突变可能导致了新型甲型A/H1N1流感病毒对金刚烷胺类特异性抗病毒药物产生耐药。

2009年新型甲型H1N1流感病毒聚合酶编码基因进化分析

目的:探讨2009年新型甲型流感病毒(A/H1N1)聚合酶PA、PB1和PB2编码基因的进化规律。方法:从NCBI流感病毒基因数据库下载2009年新型甲型H1N1流行株的PA、PB1和PB2聚合酶编码基因序列以及人、猪和禽流感病毒相应的参考序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0(MEGA4.0)软件比对和修剪此次流行株的代表序列及所有参考株序列并构建系统树,再比对和修剪此次流行株的代表序列及人A/H1N1病毒各年代(1918～2008年)参考序列并构建系统树,同时比对此次流行株的代表序列及人A/H1N1各年代(1918～2008年)参考序列编码PB2蛋白的氨基酸序列。结果:不同地区分离的2009年新型甲型H1N1流感病毒的聚合酶PA、PB1和PB2编码基因均具有高度同源性,并聚集在一个独特的进化支上,与猪流感病毒对应基因接近。三者均与2005年美国爱荷华州分离的人A/H1N1病毒基因(A/Iowa/CEID23/2005/H1N1)具有高度的相似性。2009年新型甲型H1N1流感病毒、2005年美国爱荷华州流行的H1N1(DQ889682)病毒PB2蛋白第627位氨基酸与禽类流感病毒相同,均为谷氨酸,而与其他人A/H1N1(1918～2008年)病毒的赖氨酸不同。结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒聚合酶基因可能来源于2005年美国爱荷华州分离的人A/H1N1病毒,禽流感病毒可能参与了聚合酶基因的重排过程。

2009年新型甲型H1N1流感病毒进化过程中猪作为宿主及“混合器”的作用

不同种属流感病毒通过基因重排产生变异病毒导致了多次周期性全球流感大流行。2009年爆发流行的新型甲型H1N1流感病毒是猪H1N1流感病毒、禽H5N1流感病毒和人H1N1流感病毒的基因重排病毒,其8条基因片段均有自己的进化特点。禽类流感病毒是导致人类流感流行的流感病毒的起源,其常在猪体内进行基因重排进化为人类流感病毒。猪是流感病毒的中间宿主,也是不同种属流感病毒基因重排的"混合器",在2009年新型甲型H1N1流感病毒进化过程中起重要作用,是未来流感防制的重要环节。

2009年新型甲型H1N1流感病毒非结构蛋白基因进化分析

目的:探讨2009年新型甲型H1N1流感病毒的非结构蛋白(NS)基因进化规律。方法:从NCBI下载2009年新型甲型H1N1流感病毒以及北美、欧洲、亚洲地区以往流行的甲型H1N1流感病毒NS基因序列,利用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0(MEGA4.0)软件对所选序列进行基因进化分析,并用NJ法构建进化树;对2009年新型甲型H1N1流感病毒NS基因核苷酸序列同源性及编码蛋白氨基酸序列进行分析。结果:2009年新型甲型H1N1流感病毒NS基因来源于猪A/H1N1流感病毒,与2005～2007年猪A/H1N1流感病毒具有较高的同源性(97.5%～97.6%),与1930～2007年猪A/H1N1流感病毒具有明显的时间进化关系;其重要抗原及拮抗宿主抗病毒能力的氨基酸位点基本没有变异。结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒NS基因来源于猪A/H1N1流感病毒,NS基因编码蛋白拮抗宿主抗病毒能力并没有改变。

肾透明细胞癌CD133的表达及其体外对α-干扰素和5-氟尿嘧啶处理效果的影响

目的:观察肾透明细胞癌中是否存在类似肿瘤干细胞(TSC)特性的细胞,并探讨这部分细胞对干扰素及化学治疗肾透明细胞癌疗效的影响。方法:选用高转移性肾透明细胞癌细胞株RCC05-TXJ、低转移性肾透明细胞癌细胞株RCC05-ZYJ、临床原位肿瘤样本培养的低代数非转移性肾透明细胞癌细胞(来自男、女性患者各1例)。采用流式细胞术及免疫组化法检测上述4种细胞干细胞标志物CD133的表达情况;采用α-干扰素、5-FU分别处理4种细胞,用MTT法检测药物处理前后细胞存活率。结果:流式细胞术检测结果发现转移性的RCC05-TXJ及RCC05-ZYJ细胞有CD133表达,男、女性原位癌细胞CD133几乎不表达;免疫组化结果显示RCC05-TXJ及RCC05-ZYJ在细胞膜上局部表达CD133,男、女性肾透明细胞癌细胞几乎不表达CD133;化疗药和干扰素干预组RCC05-TXJ、RCC05-ZYJ均出现撤药后24h细胞存活率明显反弹现象,而男、女性原位癌细胞在撤药后细胞存活率持续降低。结论:肾透明细胞癌中存在少数CD133阳性具TSC特性的细胞,这些细胞可能是影响干扰素及化疗效果的原因之一;针对这部分细胞的治疗有望成为今后临床药物治疗的新方向。

NF-κB1和NF-κBIα基因多态性与HBsAg阳性原发性肝癌易患性的关系

目的:探讨NF-κB1和NF-κBIα基因多态性与乙肝表面抗原(HBsAg)阳性原发性肝细胞癌(hepatocellular carcino-ma,HCC)易患性之间的关系。方法:采用限制性片段长度多态性-聚合酶链反应(RFLP-PCR)方法检测乙肝表抗阳性HCC患者、慢性肝炎患者(CHB)、健康对照组的NF-κB1和NF-κBIα基因多态性。应用多因素Logistic回归综合分析年龄、性别、吸烟、饮酒及各位点基因型与肝癌易感性之间的关系。结果:HCC组中NF-κB1 ATTG2/ATTG2基因型频率明显高于健康对照组(OR=2.21,95%CI 1.25～3.88);以同时携带各位点野生型携带者为参照,健康对照组中同时携带NF-κB1 ATTG2/AT-TG2基因型和NF-κBIαGG基因型的个体患肝癌的危险性明显增高(OR=2.94,95%CI 1.03～8.44);携带NF-κB1 ATTG2/ATTG2基因型的肝炎患者患肝癌的危险性增高(OR=2.31,95%CI 1.22～4.38);多因素分析结果显示:男性患肝癌的危险性是女性的2.01倍(95%CI 1.19～3.41);吸烟者患肝癌的危险性是不吸烟者的1.79倍(95%CI 1.04～3.07);饮酒者患肝癌的危险性是不饮酒者的2.58倍(95%CI 1.50～4.43);NF-κB1 ATTG2/ATTG2基因型携带者患肝癌的危险性是野生型NF-κB1 ATTG1/ATTG1携带者的2.17倍(95%CI 1.23～3.85)。结论:NF-κB1 ATTG2/ATTG2基因型是原发性肝癌的危险因素,与NF-κBIα的GG基因型之间存在交互作用;性别、吸烟、饮酒也是肝癌的危险因素。

地理信息系统(GIS)在医疗和公共卫生领域的应用

地理信息系统(GIS)是为地理研究、综合评价、管理、定量分析、决策而建立的计算机应用系统。GIS已被广泛应用于医疗和公共卫生领域,为疾病监测、环境健康和危险因素分析、公共卫生资源计划和配置以及社区医疗保健控制等方面服务。本文综述GIS研究进展及其在医疗和公共卫生领域中的应用。

GSTP1和RASSF1A基因多态性和环境因素与前列腺癌的相关性分析

目的探讨GSTP1和RASSF1A基因多态性及环境因素和前列腺癌易感性之间的关系。方法采用TaqMan/MGB探针基因分型方法对103例前列腺癌患者和103例正常对照的中国汉族人群基因组DNA进行GSTP1和RASSF1A基因多态性检测,并结合环境因素应用多因素Logistic回归分析吸烟、饮酒、饮茶、猪肉和牛肉每周实际摄入量及各位点基因型与前列腺癌易感性之间的关系。结果GSTP1基因型AA、AG、GG在前列腺癌和对照人群中的比例分别为66.02%、22.33%、11.65%和67.96%、29.13%、2.91%,有统计学差异(χ2=6.35,P=0.04);RASSF1A基因型CC、CA、AA在前列腺癌和对照人群中的比例分别为88.34%,5.83%,5.83%和85.44%,12.62%,1.94%,无统计学差异(χ2=4.63,P=0.10)。多因素Logistic回归分析显示,饮茶者患前列腺癌的危险性是不饮茶者的0.40倍(95%CI,0.19～0.82),吸烟者患前列腺癌的危险性是不吸烟者的3.02倍(95%CI,1.44～6.32)。结论GSTP1和RASSF1A的基因多态性和中国汉族人群前列腺癌的发生无相关性;吸烟是前列腺癌的危险因素,饮茶是保护因素。

应用单管巢式多重PCR技术检测登革病毒及分型

目的建立一种单管巢式多重RT-PCR方法,以用于临床对于不同型别登革病毒混合感染的检测并分型。方法将1-4型登革病毒RNA混合,首先用1-4型病毒通用外引物进行一步法RT-PCR,然后以混合病毒RT-PCR产物为模板,在同一反应管内同时加入4对（5条）型特异性引物进行巢式多重PCR,结果用EB染色的3%琼脂糖凝胶电泳观察;并将其检测敏感性和特异性与该方法的单一病毒模板RNA扩增进行比较。结果经反应条件的优化,混合病毒模板单管巢式多重PCR可以在同一反应管内同时扩增出4条病毒特异性目的条带,分别为482、119、290、389 bp。其敏感性和特异性与单一病毒RNA的扩增相当,对模板RNA检测的敏感性可以达到66.068 copies/μl。结论该方法简便、快速、敏感、特异,可以根据扩增目的片段的大小进行诊断和分型,对于临床登革病毒混合感染病例的诊断和快速分型有应用价值。

肾透明细胞癌转移相关的CD99选择性剪接异构体的筛选

目的:寻找人肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)中CD99转移相关选择性剪接异构体,探讨CD99选择性剪接异构体表达与ccRCC转移的关系。方法:通过选择性剪接数据库(alternative splicing database,ASD)对CD99基因可能存在的选择性剪接异构体进行预测。运用自行设计的5对特异性引物,采用RT-PCR技术,在转移组织、发生及未发生转移的癌组织、癌旁组织的各混合样本中检测6种预测异构体的表达,再对电泳所获条带进行克隆、测序。在各个组织样本中检测CD99Ⅰ、CD99Ⅱ和新型CD99选择性剪接异构体(CD99-Ⅲ)的表达。结果:从6种预测异构体中筛选出一种新型异构体(CD99-Ⅲ)。该异构体在转移组织中表达率(8/9)高于未发生转移的原发癌组织(10/21,P<0.05)。CD99Ⅰ型在样本中均表达,CD99Ⅱ型在发生转移的原位癌组织中表达率(6/9)远高于未转移的原发癌组织(3/21,P=0.008)。结论:CD99-Ⅲ为一种新型选择性剪接异构体,且CD99Ⅱ型、CD99-Ⅲ的表达可能与ccRCC的转移进展有关。

利用环介导等温扩增技术检测西尼罗病毒

目的建立一种早期快速检测西尼罗病毒的方法。方法以人工合成西尼罗病毒基因(1021～1240,NY99)作为模板,利用环介导等温扩增技术(LAMP)原理,设计合成3套6对引物,特异性识别人工合成西尼罗病毒基因的8个位点,在恒温63℃60min条件下扩增,80℃2min终止反应,通过real-timePCR仪实时监测反应过程,最终产物经凝胶电泳观察。同时将该方法的灵敏度及特异性与常规PCR进行比较。结果 LAMP反应在20min内即可完成,最终产物经电泳观察可见大小片段不等的呈梯度扩增条带,而同为黄病毒属的登革热病毒、流行性乙型脑炎病毒及阴性对照等均无扩增。灵敏性是常规PCR的10倍,可以检测到9.23copies/μl的病毒。结论该方法具有灵敏、特异、快速、简便、成本低等优点,适合基层和现场检测使用,对西尼罗病的早期诊断和流行病学筛查具有重要意义。