顾颉刚的边疆史地研究:个人情爱与民族情感的交汇

九一八事变之后,顾颉刚的学术生涯出现了一个新的面向,从之前专注上古历史的考证、辨伪转而从事研究中国的历史疆域和边疆民族。1934年《禹贡半月刊》的出版和禹贡学会的成立,便是一个标志。顾颉刚本人指出此乃中日关系恶化、民族危机深重所致,但从他当时留下的日记和书信,又可以看出他之从事边疆史地的研究,与他长期爱慕谭慕愚(又名谭惕吾)有着密切的关系。谭慕愚的爱国热忱和行动是促使顾颉刚学术兴趣转向的重要契机,而且顾颉刚与谭慕愚的来往还间接地影响了顾颉刚的古史研究。探讨顾颉刚、谭慕愚及殷履安(顾颉刚妻子)之间的三角关系不仅呈现了顾颉刚学术生涯中民族情感和个人情爱的交互作用,而且有助于展现五四学人婚恋和情感生活的复杂和多面,为从情感史的角度考察中国近代学术变迁提供了一个实例。

历史和记忆的分与合:一个观念史的分析

随着记忆研究在近年的兴起,中文学界出现了“历史记忆”这一名称,含有将两者等同的意思。与之相对照,历史和记忆在西方学术中一直存在某种张力——史学在西方的诞生与对抗记忆的目的相关,之后历史和记忆长期处于一种分离的关系。以兰克为代表的近代科学史学,其理论前提是区别“过去”与“现在”,并从后者的立场考察、重构前者,而记忆则常常将两者混为一体。二战之后,兰克史学面临一系列挑战,记忆研究的兴盛便是其中之一。从莫里斯·阿布瓦赫写作《集体记忆》到皮埃尔·诺拉主编《记忆之场》,西方学者试图用记忆来补充和修正历史研究和书写的传统,改进和扩大历史学的方法和范围,促成其内容的更新和革新。但历史研究和记忆研究在近年的合流,仍没有改变两者之间的根本差异。

顾颉刚及其“疑古史学”再释——试从父子情感的角度分析

顾颉刚在1920年代发动“古史辨”的讨论,引发学术界轩然大波之后,留下不少自传体的文字,详细解释自己的成长道路。顾氏出身苏州书香之家,自小受到祖辈、父辈的严格教育。但在其6万余字的《〈古史辨〉自序》中,他却很少提及其父顾柏年(号子虬)。相反,他的自述、日记、书信等材料揭示,他们父子之间在求学、婚姻和人生态度等方面存在着矛盾与冲突——顾颉刚对其父亲抱有敬畏大于亲密的复杂情感,使得顾颉刚几次间接或直接地反抗父命。他们父子之间的矛盾冲突,与美国心理学家埃里克·埃里克森对马丁·路德违背其父亲的意志,进而发动宗教改革的精神分析,颇有可比之处。1918年,顾颉刚妻子吴徵兰去世,他又奉父命于次年再婚等事情,促使他反省封建父权,在《新潮》发表《关于旧家庭的感想》的长文。1920年秋他自北京大学毕业之后,一方面检讨古史的真伪,另一方面又与父亲产生激烈的冲突,最终使他在三年后与父亲分道扬镳。顾颉刚对其父的抗拒和反叛,为我们理解他之抨击古史的真伪,批判传统文化,提供了一个情感分析的视角和情感史研究的实例。

放眼全球、再现亚洲:全球史在东亚的兴起、演变和前景

19世纪以来,民族主义思潮在东亚盛行,历史书写的传统发生了明显的改变,其影响至今犹存。为了抵御西方强权,东亚各国的史家“开眼看世界”,开展了世界史的教学和研究,马克思主义史学成为其中重要的一支。二战结束之后,马克思主义史学在中国和日本都有了长足发展,进一步促进了世界史的发展,日本则还有其他学者、学派的介入。21世纪以来,全球史的兴起在东亚各国造成了很大的反响,促使世界史的研究进一步转型。全球史或全球史观为亚洲学者走向世界、呈现亚洲创造了一个契机。但全球史的盛行是否能改变民族主义的历史思维,仍然有待时日。

陳寅恪治學興趣和研究轉向再議:以20世紀二十、三十年代爲中心

近代學者陳寅恪以其史學名世,但他治學的方向,經歷了幾次明顯的轉變。陳寅恪自早年在海外求學開始,專注學習外國語言,以文字學(philology)的研究爲專攻,歷史學爲輔。1919年他在哈佛求學,與白璧德(Irving Babbitt)晤面,討論佛理,由此而專研亞洲文字,以漢朝以降的“殊族之文、塞外之史”爲對象,直至任教清華期間(1926—1937)。但抗戰的爆發,迫使他轉向隋唐史,基於通史類的著作,撰寫了《隋唐制度淵源略論稿》和《唐代政治史述論稿》二書,對隋唐史的演變,做出了宏觀、通貫的獨到解釋,確立了他在史學界的地位,其國際、國内影響延續至今。

基于炎症反应的阿尔茨海默症基因通路研究

目的融合基因表达数据和蛋白质交互作用数据(PPI),同时考虑到炎症反应是阿尔茨海默症(AD)核心病理机制之一,构建基于炎症因子核因子-κB(NF-κB)的AD相关信号传导通路。方法首先,使用线性回归模型进行显著基因提取;然后,使用整数线性规划方法(ILP)融合基因表达数据和PPI数据,构建信号传导通路。结果得到以NF-κB为起点的预测通路,通路中包含6个已确定的AD致病基因,并探寻出与AD密切相关的T/B细胞受体信号通路,发现多个与炎症相关的基因。结论证明炎症反应是AD产生和发展的重要因素之一。

基于改进稀疏非负矩阵分解方法的乳腺癌微阵列表达数据分析

目的利用改进稀疏非负矩阵分解技术对乳腺癌基因表达谱数据进行双向聚类,挖掘与乳腺癌发病密切相关的基因及其生物过程。方法用小波对22 283个基因的人乳腺癌基因表达数据进行去噪,然后通过T统计初步筛选出5 067个基因作为改进稀疏非负矩阵的输入矩阵,进行双向聚类进一步筛选出81个与乳腺癌密切相关的显著基因,最后通过cytoscape对81个与乳腺癌密切相关的显著基因构建生物过程结构图。结果筛选出与乳腺癌相关的基因、可能相关的基因以及这些基因参与的生物过程之间的关系。结论改进稀疏非负矩阵分解与现存的其他非负矩阵分解算法相比具有聚类效果好、稳定性强且迭代次数少的优点,适合于乳腺癌差异表达基因的提取。

乳腺癌组织学分级下目标基因提取及转录调控网络构建

目的乳腺癌类型和分级多样性导致其预后差别显著,探寻乳腺癌不同分级情况下的基因表达差异及调控关系能够为乳腺癌致病机制的发现提供重要依据。方法对不同分级下的乳腺癌基因表达数据利用快速独立成分分析(FastICA)方法提取特征基因,并结合人类蛋白质相互作用(PPI)数据选取目标基因。在此基础上,结合转录因子对靶基因调控的先验信息,利用网络成分分析(NCA)方法对与乳腺癌发病有密切关系的转录因子及其靶基因构建转录调控网络。结果筛选出的基因经过数据库验证与乳腺癌相关的占48.15%,构建的调控网络发现了多个转录因子及靶基因在不同分级情况下的活性变化趋势。结论 FastICA算法结合PPI数据提取目标基因的方法较为有效,通过NCA算法构建的转录调控网络为研究乳腺癌发生发展机制提供了新的方法。

基于互信息研究的乳腺癌与阿尔茨海默症的免疫系统发病机理探寻

近年来,越来越多的流行病学研究显示多种癌症与阿尔茨海默症(AD)呈现负相关,但分子生物学机制尚不明确。从基因信号传导及调控网络构建方面研究这种负相关,将对两种疾病致病机理的探寻起重要作用。选取乳腺癌(BC)与AD进行对比研究。考虑到传统特征基因提取方法注重单个基因在不同样本中的表达差异而忽视基因之间的关联性,从基因之间的关联性出发,利用互信息(MI)首先提取两种疾病中共有的差异表达基因作为特征基因。在此基础上,鉴于网络成分分析(NCA)约束条件较强、运行时间过长等局限性,采用快速网络成分分析算法(Fast NCA),推演出特征基因中转录因子的表达活性及其对靶基因的调控强度,并分别构建两种疾病的转录调控网络。实验结果表明,转录因子POLR2E、RFC5、THOC4、FBXO22、KPNA1、MYST3、PTBP1等在两种疾病中表达活性及调控作用相反,如转录因子RFC5的表达活性从健康到BC患病过程中由0.269降低至0.077,而从健康到AD患病过程中则由-0.430升高至0.307。通过分子生物学分析可知,它们所影响的调控关系及生物过程对BC及AD的致病起着关键作用,对两种疾病之间呈现负相关性机制的探寻具有重要意义。

中国史学的元叙述:以“文化中国”说考察正统论之意涵

杜维明教授在1991年提出"文化中国说"。这一学说和其他当代新儒家的理论,与宋代士人的"中国"观有不少可比之处。其中一个关键问题就是,在汉朝灭亡之后,如何定义"中国"及其延续和变化。魏晋时期中国史学开始出现"正统论"讨论,即是其中一种重要的表现。通过梳理"正统论"的起源、发展,特别考虑宋代士人欧阳修、司马光和朱熹等人的观点,作者指出,至南宋,理学家强调从文化继承上来论证王朝的正统性。朱熹及其追随者的立场其实表现出对中国历史发展的一种哲学思考,指出了历史演化有"应然"和"已然"之分,进而构成了中国史学的一种"元叙述"。

基于非负矩阵分解的大脑不同区域基因表达数据分析

基因之间存在多种多样的表达调控活动,一般认为这些调控关系隐含在基因表达谱中。针对阿尔茨海默症(AD)起病隐匿、诊断难、发病机理复杂以及基因信号传导通路和调控关系难以重建等特征,利用非平滑非负矩阵分解(nsNMF)方法提取AD致病基因,聚类过程中利用共表型相关性系数(CCC)选取聚类数k的值,得到最优的聚类数目。针对基因表达数据噪声高、信息变量隐藏难分析的困难,考虑AD的发生发展与许多大脑功能区域密切相关的特性,提出将nsNMF分别应用于AD患者的大脑海马区、内嗅区皮质、颞中回及视觉皮层区的基因表达数据中,共提取3 800个显著基因,其中包括确定与AD致病机理有关联的10个致病基因,并进行了生物学分析,得到了AD相关的细胞凋亡、代谢及炎症反应等生物过程,显示nsNMF方法及大脑多区域数据集的联合分析能更全面地探寻AD信号传导关系及基因调控方式。

米歇尔·福柯与现代史学思潮变化之渊源

在现代世界,法国思想家米歇尔·福柯(Michel Foucault,1926—1984)对当代史学的主导观念、书写内容和研究方法均有重要的影响。首先,福柯改变了近代历史学的主旨,摒弃了启蒙运动思想家希图探究历史规律的所谓"大写的历史"。其次,福柯为"它者"写史,将历史研究的对象从中心转移到了边缘,譬如疯狂、疾病、身体、性等,引发了史学界的诸多新潮——医疗史、性别史、身体史、儿童史、情感史等等。再次,福柯改造了历史研究的方法,指出史家不能仅仅依赖文献,而需要扩大史料的范围,将建筑、机构、规则、技术、物品、习俗等能承载记忆的东西都包含进来。复次,福柯提倡用话语取代语言,提出"考古学"和"系谱学"的概念来考察话语的构成和网络,直接导致了历史学中的"语言学转向"。最后,福柯指出了知识与权力的关系,揭橥了近代理性主义、科学主义所建构的知识体系背后的权力架构和网络。

历史的终结还是目标:作为历史哲学家的弗朗西斯·福山

美国学者弗朗西斯·福山在冷战结束之后,因出版《历史的终结及最后之人》,成为当今世界引人注目的战略思想家。自此之后,福山继续对世界局势的现状及其未来走向,做出种种分析和展望。福山的这些论著,展现了当代的一种思辨历史哲学。在过去的三十年中,鉴于世界局势的不断变化,福山也补充、修正着自己的立场。不过从其2018年出版的《认同:追求尊重和仇恨政治》来看,福山的历史观基本未变,仍然从唯心主义的视角探究历史的演化。他始终认为世界历史发展尽管多有曲折,但将沿着一个方向走向大同:人类历史不是走向终结,而是发现了一个共同的目标。

新文化史与社会文化史研究的新趋向(专题讨论)——新文化史的兴起与史学的转向

1980年代以后，国际史学界发生了重大转变，新文化史应运而生。几乎与此同时，伴随着社会史与文化史在改革开放后的中国史学界相继复兴，社会文化史作为一种新兴学科和新的研究视角勃然兴起，与国际学术界兴起的新文化史遥相呼应。目前中国的社会文化史研究取得了丰硕成果，呈现良好发展势头。但不可否认的事实是：目前的社会文化史研究缺乏必要的研究理论和方法，缺乏深入专精的高水平著作（典范之作），且面临发展“瓶颈”问题。尤其值得注意的是，社会文化史研究大多尚停留在对社会生活现象的低层叙述和浅层描述层面，缺乏必要的研究深度。

超越东西:博古学、考据学以及近代早期历史学发展的全球性

从比较的角度考察了18世纪清代考据学的兴起历程及其对近代中国思想发展的深远影响。与欧洲近代早期的人文主义者和博古学者相似的是,清代中后期的考据学者对儒学要义的探寻也有着复古主义的兴趣。他们通过综合运用文字学、音韵学、训诂学从而完善考证的方法,以期将儒家经典恢复到在他们看来更为准确可信的早期版本。正如他们的欧洲同行在推进人文主义和博古学研究时所形成的文人圈一样,这些考据学者为了共同的学术兴趣组成了一个活跃的学术团体,交流研究心得并相互切磋。在对儒家经典产生的历史语境进行重构的过程中,他们也认识到历史学与金石学的重要性,并以历史学的取径诠释经典。在二十世纪初中国近代史学家将历史学研究塑造成现代学科的努力中,清代考据学的学术遗产留下了深刻的印记。考据学的遗产表明,那些在塑造欧洲现代历史学科的过程中通常被认为是独一无二的先例也存在于东亚,很可能也存在于世界的其他地方。我们应当将历史观念以及史学研究的方法论作为一种全球现象加以分析与看待,从而超越东西方二元的方法论。

史学史研究的性质、演变和未来:一个全球的视角

史学史的研究对象是历史学家的过去,其内涵在于研究历代史学家所发展和实践的著史观念与方法。史学史的早期发展包括各种形式的关于过去人物和事件的叙述。这些叙述虽然形式各异,但往往按照一定的时间顺序来编写。史学史成为一个研究领域是19世纪历史学走向职业化的一个结果,其发展成为一个成熟的领域则以20世纪初《近现代史学史》《十九世纪的历史学和历史学家》等奠基型著作的问世为标志。其后,在新的环境下,史家对历史的性质、范围和方法论有了与前代人截然不同的新理解,即史家们摒弃了启蒙运动关于人类历史单线进步的观念,倾向于将世界历史视为一个多中心、多方向的过程,近年来全球史和环境史的遍地开花就是明证。21世纪初也有一些新的著作出版,有助于读者预测这个领域未来的发展方向:一是尝试用全球的和跨文化的视角来考察世界各地历史实践的传统与变革;二是许多从业者正在将自己的研究范围扩大到史家的作品之外;三是人们开始分析未来科学技术新进展对人们认识和表述历史的影响。这三种发展趋势敦促历史学从业者:超越欧洲中心主义,落实全球化的视野;将关注的焦点从史家的论著扩展到整个有关过去的知识;检讨和应对科学技术的新进展对未来历史书写的潜在和重大的影响。

基于大脑不同区域的阿尔茨海默症基因表达数据分析

提出了采用Tukey双权函数作为FastICA(Fast Independent Component Analysis)方法的非线性函数,对阿尔茨海默症(Alzheimer’s disease,AD)多个脑区域基因表达数据进行显著基因提取,揭示其基因表达调控关系.针对传统聚类方法基于全局聚类且只能将某个基因聚类到某一类的缺陷,改进的FastICA方法能够对基因表达数据进行快速有效的双向聚类,能够满足同一个基因可能参与不同信号传导通路的生物特性.同时考虑到人脑中海马区、内嗅皮质区、颞中回及视觉皮层区均与学习与记忆功能密切相关,将算法对多个脑区域进行基因表达调控综合分析.结果表明,大量炎症反应是AD致病的重要因素之一.

历史哲学和历史中的哲学——简论昆廷·斯金纳对史学理论的贡献

英国史家昆廷·斯金纳闻名遐迩,是当代世界思想界的重量级人物,斯金纳的学术以两卷本的《近代政治思想的基础》一书而闻名于世。他以文艺复兴和宗教改革时期欧洲著名思想家为对象,研究他们的论著如何形塑了近代国家的政治和社会。从早年起,斯金纳便在研究政治思想史的同时,积极探讨史学理论和方法的创新。他在20世纪60和70年代出版的数篇论文,就已经反映了这一思考路径及其演变。斯金纳对近代史学的实证主义传统,持有批判的立场。他通过借鉴约翰·奥斯汀等语言哲学家的著作,探究语言和观念所隐含的“言外之意”如何需要通过阅读同时代的著作,了解当时的语言习惯来获取对其真切的理解。斯金纳的探索有助推广学术界的“语言学转向”,但他又并非是一个后结构主义者和后现代主义者。他对历史研究的理论和方法—“历史中的哲学”—做出了别具一格的贡献,而其学术兴趣,则依旧受制于“西方中心论”的传统,与现代史学的基本走向没有形成积极的互动。

美德、角色、风气:清末到五四学术思想变迁的一个新视角

从清末到五四,中国的学术思潮产生了一个明显的变化。这一变化首先表现在学术领袖的变更:留美归国的胡适等人迅速崛起,取代了尚处盛年的严复、梁启超等人。胡适主张考订史料、“小心求证”,代表了一种新的“学术美德”,与近代欧美史学强调“如实直书”、科学治史的发展相类,同时又衔接和重振了乾嘉学术“辨章学术、考镜源流”的传统。由是五四注重“考订”的学风取代了清末热衷“通论”的风气。五四时期学者之治学生涯,受此学术风气之影响。他们向这一风气看齐,展现为人所认可的“学术美德”,扮演合乎期望的“学者角色”。但“学者角色”有内外两个方面:一个学者之内在性格,与人所期望的角色并不一定符合,学者的学术生涯由此会产生明显的变更。晚清、五四学人处于中国学术的成长期,他们所展现的“学术美德”和扮演的“学者角色”,展现了学者个人性格特征、兴趣爱好与时代风气之间的一种辩证和复杂的内、外互动之关系。

基于炎症反应的阿尔茨海默症功能模块构建

整合阿尔茨海默症患者6个脑区的基因表达数据和蛋白质相互作用数据,较好地避免了基因表达数据高噪声、高变异等不足对构建基因调控网络精度和准确性的影响.考虑到脑部神经炎症是AD发病的重要原因之一,以及钙平衡失调可能是AD几个致病因素联系的纽带,结合蛋白质网络挖掘与AD发病密切相关的基因及炎症和钙离子功能网络,采用最大权重诱导子图(Heinz)算法实现两种高通量数据的结合并提取显著扰动子网,在此基础上利用基于边权的模拟退火算法预测和优化扰动网络,去除网络中较弱的相互作用,添加预测的较强的相互作用,提高网络的精度.实验共提取206个特征基因,并且提取了脑部炎症及钙离子作用机制的功能模块子网.结果证明,使用基于边权的模拟退火算法进一步加强了功能网络的模块性.经生物学分析证明炎症和钙离子机制在AD致病机制中起着很大的作用.这些数据在不同方面为系统地认识基因的复杂调控机制提供了必要的信息.