基于生物信息学构建膀胱尿路上皮癌的ceRNA网络以及关键mRNA与免疫功能分析

目的构建膀胱尿路上皮癌(bladder urothelial carcinoma,BLCA)具有预后价值的内源竞争性核糖核酸(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络,分析关键信使RNA(messenger RNA,mRNA)与免疫功能的关系。方法UCSC Xena数据库下载404例BLCA患者和28例正常人的mRNA表达数据,通过差异分析筛选关键mRNA。ENCORI数据库中查找与关键mRNA结合的微小核糖核酸(micro RNA,miRNA)以及与miRNA结合的长链非编码核糖核酸(long non-coding RNA,LncRNA)。TCGA数据库下载miRNA和LncRNA的表达数据,对关键mRNA与所有miRNA以及mi RNA与所有LncRNA进行共表达分析,筛选出关键的miRNA和LncRNA。根据关键mRNA,miRNA和LncRNA在肿瘤患者和正常人之间表达量的差异进行生存分析,最后构建了ceRNA调控网络。借助TIMER 2.0数据库,分析关键mRNA与免疫细胞、免疫检查点(CD274,PDCD1,CTLA4)以及免疫细胞标记基因(immunomarker genes,IG)的相关性。结果筛选出关键mRNA*共22个,其中差异显著性最高的是脯氨酸3-羟化酶4(proline3-hydroxylase 4,P3H4)。在BLCA中,P3H4表达高,在高表达组患者的生存时间较短。以关键mRNA为中心环节,共筛选出33个miRNA和14个LncRNA。经过共表达分析和生存分析后,筛选出具有预后价值的关键miRNA和关键LncRNA分别为hsa-miR-151a-3p和MIR100HG。上述分析结果差异具有统计学意义(均Ρ<0.05)。综合以上结果,构建了包含1个mRNA,1个miRNA和1个LncRNA的ceRNA调控网络。免疫分析首次在BLCA肿瘤微环境中发现了与P3H4表达量呈显著正相关的双阳性T细胞。此外还有3种免疫细胞(肿瘤相关性中性粒细胞、肿瘤相关巨噬细胞、树突状细胞)、3个免疫检查点(CD274,PDCD1,CTLA4)以及15个IG与P3H4相关度显著,这些差异具有统计学意义(均Ρ<0.01)。结论该研究有助于揭示BLCA的进展机制,构建的ceRNA网络及免疫分析,可为BLCA患者的诊断、治疗、预测提供新的生物学靶点和方向。

基于细胞焦亡基因前列腺癌预后模型的构建及肿瘤微环境分析

目的基于细胞焦亡基因构建前列腺癌(PCa)预后模型并分析其肿瘤微环境。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中获取502例PCa患者和51例健康者的基因转录组数据、基因突变数据,提取差异表达的细胞焦亡基因。从基因表达综合(GEO)数据库中获取96例PCa患者的临床特征及细胞焦亡基因表达数据,筛选出与预后相关的细胞焦亡基因。从ImmPort数据库中下载免疫细胞数据。采用聚类分析确定PCa患者的最佳亚型分组并采用主成分分析(PCA)进行验证。对不同亚型PCa患者的差异交集基因进行基因本位(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。将单因素Cox分析获得的显著差异表达基因纳入Lasso回归模型,获取与预后相关的基因。将PCa患者随机均等分为训练集和测试集,分别进行Lasso回归分析,根据训练集风险评分的中位值将训练集、测试集分为高风险组和低风险组。采用多因素Cox回归模型分析PCa患者预后的独立影响因素并构建预后模型。应用R语言包分析细胞焦亡基因与免疫细胞含量、干细胞含量与风险评分的相关性及高低风险组患者的肿瘤突变负荷差异。结果差异分析获得37个显著差异表达的细胞焦亡基因。根据细胞焦亡基因的表达量及临床数据分析,获得10个与PCa预后相关的细胞焦亡基因。根据累积分布函数图的K值将PCa分为A、B、C三个亚型,且经PCA分析验证分型结果可靠。GO及KEGG富集分析结果显示,109个差异交集基因主要通过细胞外基质组织(EMO)、细胞外结构组织(ESO)、肽基酪氨酸磷酸化(PTP)、肽基酪氨酸修饰(PTM)等通路激活蛋白酪氨酸激酶(PTK)、跨膜受体蛋白激酶(TRPK)等分子功能。Lasso回归模型筛选出B细胞淋巴瘤/白血病3(BCL3)、骨形成蛋白2(BMP2)、C-C趋化因子受体5(CCR5)、几丁质酶3样蛋白2(CHI3L2)、肝癌缺失蛋白1(DLC1)、主要组织相容性复合体Ⅱ类DQ alpha 2(HLA-DQA2)、分泌球蛋白家族3A成员1(SCGB3A1)、serpin家族E成员1(SERPINE1)、溶质载体家族14成员1(SLC14A1)9个与预后相关的基因。差异分析显示,训练集与测试集预后情况大致相同,且随着风险评分的升高,患者死亡人数增加。多因素Cox分析结果显示,年龄、肿瘤分期(T分期、N分期)、风险程度均是PCa患者预后的独立影响因素。预后模型预测PCa患者第6、9、12年的生存情况与患者的实际生存情况比较相符。相关性分析显示,免疫细胞与细胞焦亡基因存在相关性(P﹤0.01)。对高风险组(n=376)与低风险组(n=126)进行差异分析,结果显示,高风险组患者的基质细胞评分和肿瘤突变负荷均明显高于低风险组,差异均有统计学意义(P﹤0.01)。干细胞含量与风险评分呈正相关(P﹤0.01)。结论本文成功构建了基于细胞焦亡基因的PCa预后模型,并进行了肿瘤微环境分析,发现了BCL3、BMP2、CCR5、CHI3L2、DLC1、HLA-DQA2、SCGB3A1、SERPINE1、SLC14A19个细胞焦亡基因,可预测PCa患者的预后和免疫治疗反应,有利于进一步指导临床实践。

红蓝光联合丹参酮胶囊治疗寻常型痤疮疗效观察及其作用机制研究

目的观察红蓝光联合丹参酮胶囊治疗寻常型痤疮的临床疗效及对患者血清白细胞介素(interleukin,IL)-1β、IL-6水平的影响。方法将80例有典型临床症状的寻常型痤疮患者分为治疗组和对照组,每组40例。治疗组采用红蓝光联合丹参酮胶囊治疗,对照组采用丹参酮胶囊治疗,对皮损进行评分,观察临床疗效,采用ELISA法检测患者治疗前后血清IL-1β、IL-6的含量。结果两组治疗后皮疹积分与治疗前比较,差异均有统计学意义(P<0.05);两组患者治疗前后皮疹积分差值比较,差异有统计学意义(P<0.05)。两组患者临床疗效分布比较,差异有统计学意义(P<0.05)。与治疗前比较,两组患者治疗后血清IL-1β、IL-6含量均显著减少(P<0.05);两组治疗前后血清IL-1β、IL-6含量差值比较,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论红蓝光联合丹参酮胶囊治疗寻常型痤疮临床疗效优于丹参酮胶囊,其机制可能是通过调节患者免疫反应来实现的。

丹参酮胶囊联合地奈德乳膏治疗头面部脂溢性皮炎的临床研究

目的观察丹参酮胶囊联合地奈德乳膏治疗头面部脂溢性皮炎的临床疗效。方法选取2021年1月—2022年7月在芜湖市中医医院就诊的136例头面部脂溢性皮炎患者,随机分为对照组和治疗组,每组各68例。对照组患者清洁头面部,外涂适量地奈德乳膏,2次/d。治疗组在对照组的基础上口服丹参酮胶囊,4粒/次,3次/d。两组患者连续治疗2周。观察两组患者临床疗效,比较治疗前后两组患者症状体征评分,血清炎性指标及血清过氧化氢酶(CAT)和超氧化物歧化酶(SOD)水平。结果治疗后,治疗组的总有效率显著高于对照组(91.18%vs 76.47%,P<0.05)。治疗后,两组症状体征评分及总评分比治疗前显著下降(P<0.05),且治疗组皮损面积等症状体征评分及总评分显著低于对照组(P<0.05)。治疗后,两组患者血清白细胞介素-2(IL-2)、IL-10水平明显升高,而IL-4、γ干扰素(IFN-γ)显著降低(P<0.05);且治疗后,治疗组IL-2、IL-10水平明显高于对照组,而IL-4、IFN-γ水平显著低于对照组(P<0.05)。治疗后,两组血清CAT、SOD水平较治疗前明显升高(P<0.05),且治疗组显著高于对照组(P<0.05)。结论丹参酮胶囊联合地奈德乳膏治疗头面部脂溢性皮炎的疗效明显,可有效改善患者的症状体征,能改善血清炎性指标和氧化应激状态。