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贝绒刺蛾Phocodermabetis线粒体全基因组测序与分析
1
作者
俞旭东
李朝品
《皖南医学院学报》
CAS
2024年第1期90-95,共6页
目的:测定贝绒刺蛾Phocodermabetis线粒体基因组全序列,并分析其线粒体基因组碱基组成、密码子使用偏好性等特征,探讨刺蛾科在鳞翅目(Lepidoptera)中的系统发育地位。方法:利用Illumina高通量测序技术测得贝绒刺蛾完整线粒体基因组序列...
目的:测定贝绒刺蛾Phocodermabetis线粒体基因组全序列,并分析其线粒体基因组碱基组成、密码子使用偏好性等特征,探讨刺蛾科在鳞翅目(Lepidoptera)中的系统发育地位。方法:利用Illumina高通量测序技术测得贝绒刺蛾完整线粒体基因组序列。通过Mitos2、Geneious v8.0.4和Phylosuite1.2.2等生物信息软件对线粒体基因组进行注释分析,并基于26种鳞翅目昆虫的13个蛋白质编码基因,使用最大似然法和贝叶斯法构建系统发育树。结果:贝绒刺蛾线粒体全基因组序列长14919 bp(AT:80.88%),包括13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个AT富集区。刺蛾科线粒体基因组AT含量、AT-skew及GC-skew均表现出极高的相似性。系统发育树表明,卷夜蛾科(Tortricidae)+[透翅蛾科(Sesiidae)+木蠹蛾科(Cossidae)]+[刺蛾科(Limacodidae)+斑蛾科(Zygaenidae)]。结论:刺蛾科(Limacodidae)与斑蛾科(Zygaenidae)互为姊妹群,同属于斑蛾总科Zygaenoidea。贝绒刺蛾属于刺蛾科并与绿刺蛾属(Parasa)亲缘关系较为接近。
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关键词
贝绒刺蛾
高通量测序
刺蛾科
线粒体基因组
系统发育
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职称材料
速生薄口螨成螨的形态观察和系统进化分析
2
作者
汤非凡
蒋峰
+6 位作者
汪梅青
王澜
曹佳诚
夏钰婷
王婧璇
唐礼庆
湛孝东
《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》
CSCD
北大核心
2023年第3期344-348,360,共6页
目的了解速生薄口螨成螨扫描电镜下形态特征,并探讨该物种与粉螨中其他螨种之间的亲缘关系。方法从纯培养的速生薄口螨中分离出成螨,使用扫描电子显微镜观察其外部形态。提取该螨的DNA,PCR扩增细胞色素氧化酶亚基1(cox1)基因和内转录间...
目的了解速生薄口螨成螨扫描电镜下形态特征,并探讨该物种与粉螨中其他螨种之间的亲缘关系。方法从纯培养的速生薄口螨中分离出成螨,使用扫描电子显微镜观察其外部形态。提取该螨的DNA,PCR扩增细胞色素氧化酶亚基1(cox1)基因和内转录间隔区(ITS)并测序,与GenBank上8种粉螨的ITS序列和cox1序列进行比对,采用最大似然法构建系统进化树。结果扫描电镜下可见速生薄口螨的腹面表皮内突较发达,足Ⅰ表皮内突愈合成胸板,足Ⅱ表皮内突伸达中央,未连接;腹面有2对几丁质环,雄螨位于足Ⅱ~Ⅳ基节之间;雌螨前对几丁质环位于足Ⅱ~Ⅲ之间,后对几丁质环位于足Ⅳ基节水平;雄螨可见生殖褶、叶状瓣及阳茎等结构。PCR扩增和测序结果显示,cox1序列长539 bp,ITS基因片段序列长1633 bp,与预期一致。ITS序列比对结果显示,速生薄口螨与热带无爪螨(GenBank登录号为KC215362)序列相似性最高为90.41%,与其他粉螨序列相似性为83.33%~89.73%。cox1序列比对结果显示,速生薄口螨与害嗜鳞螨(GenBank登录号为MT075728)序列相似性最高,为83.55%,与其他粉螨序列相似性为79.78%~82.12%。基于ITS和cox1序列构建的系统进化树在拓扑结构上存在差异:在cox1序列构建的系统进化树上,速生薄口螨为一单支,与其他8种粉螨不在同一进化支上,与形态学分类较为接近;在ITS序列构建的系统进化树上,速生薄口螨与罗宾根螨聚为一支,与形态学分类存在差异。结论扫描电镜下可清晰观察到速生薄口螨雌雄成螨的形态结构。基于cox1序列分析结果显示速生薄口螨与其他粉螨的亲缘关系较远。
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关键词
速生薄口螨
扫描电镜
外部形态
系统发育
原文传递
题名
贝绒刺蛾Phocodermabetis线粒体全基因组测序与分析
1
作者
俞旭东
李朝品
机构
皖南医学院医学寄生虫学教研室
芜湖市螨类检验与防控工程研究中心
出处
《皖南医学院学报》
CAS
2024年第1期90-95,共6页
基金
国家级大学生创新创业训练计划项目(202110368033)。
文摘
目的:测定贝绒刺蛾Phocodermabetis线粒体基因组全序列,并分析其线粒体基因组碱基组成、密码子使用偏好性等特征,探讨刺蛾科在鳞翅目(Lepidoptera)中的系统发育地位。方法:利用Illumina高通量测序技术测得贝绒刺蛾完整线粒体基因组序列。通过Mitos2、Geneious v8.0.4和Phylosuite1.2.2等生物信息软件对线粒体基因组进行注释分析,并基于26种鳞翅目昆虫的13个蛋白质编码基因,使用最大似然法和贝叶斯法构建系统发育树。结果:贝绒刺蛾线粒体全基因组序列长14919 bp(AT:80.88%),包括13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个AT富集区。刺蛾科线粒体基因组AT含量、AT-skew及GC-skew均表现出极高的相似性。系统发育树表明,卷夜蛾科(Tortricidae)+[透翅蛾科(Sesiidae)+木蠹蛾科(Cossidae)]+[刺蛾科(Limacodidae)+斑蛾科(Zygaenidae)]。结论:刺蛾科(Limacodidae)与斑蛾科(Zygaenidae)互为姊妹群,同属于斑蛾总科Zygaenoidea。贝绒刺蛾属于刺蛾科并与绿刺蛾属(Parasa)亲缘关系较为接近。
关键词
贝绒刺蛾
高通量测序
刺蛾科
线粒体基因组
系统发育
Keywords
Phocodermabetis
high-throughput sequencing
Limacodidae
mitochondrial genome
phylogenesis
分类号
R384 [医药卫生—医学寄生虫学]
Q969.431.2 [生物学—昆虫学]
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职称材料
题名
速生薄口螨成螨的形态观察和系统进化分析
2
作者
汤非凡
蒋峰
汪梅青
王澜
曹佳诚
夏钰婷
王婧璇
唐礼庆
湛孝东
机构
皖南医学院医学寄生虫学教研室
芜湖市螨类检验与防控工程研究中心
皖南医学院活性生物大分子
研究
安徽省重点实验室
出处
《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》
CSCD
北大核心
2023年第3期344-348,360,共6页
基金
安徽高校自然科学研究重点项目(KJ2019A0403)。
文摘
目的了解速生薄口螨成螨扫描电镜下形态特征,并探讨该物种与粉螨中其他螨种之间的亲缘关系。方法从纯培养的速生薄口螨中分离出成螨,使用扫描电子显微镜观察其外部形态。提取该螨的DNA,PCR扩增细胞色素氧化酶亚基1(cox1)基因和内转录间隔区(ITS)并测序,与GenBank上8种粉螨的ITS序列和cox1序列进行比对,采用最大似然法构建系统进化树。结果扫描电镜下可见速生薄口螨的腹面表皮内突较发达,足Ⅰ表皮内突愈合成胸板,足Ⅱ表皮内突伸达中央,未连接;腹面有2对几丁质环,雄螨位于足Ⅱ~Ⅳ基节之间;雌螨前对几丁质环位于足Ⅱ~Ⅲ之间,后对几丁质环位于足Ⅳ基节水平;雄螨可见生殖褶、叶状瓣及阳茎等结构。PCR扩增和测序结果显示,cox1序列长539 bp,ITS基因片段序列长1633 bp,与预期一致。ITS序列比对结果显示,速生薄口螨与热带无爪螨(GenBank登录号为KC215362)序列相似性最高为90.41%,与其他粉螨序列相似性为83.33%~89.73%。cox1序列比对结果显示,速生薄口螨与害嗜鳞螨(GenBank登录号为MT075728)序列相似性最高,为83.55%,与其他粉螨序列相似性为79.78%~82.12%。基于ITS和cox1序列构建的系统进化树在拓扑结构上存在差异:在cox1序列构建的系统进化树上,速生薄口螨为一单支,与其他8种粉螨不在同一进化支上,与形态学分类较为接近;在ITS序列构建的系统进化树上,速生薄口螨与罗宾根螨聚为一支,与形态学分类存在差异。结论扫描电镜下可清晰观察到速生薄口螨雌雄成螨的形态结构。基于cox1序列分析结果显示速生薄口螨与其他粉螨的亲缘关系较远。
关键词
速生薄口螨
扫描电镜
外部形态
系统发育
Keywords
Histiostoma feroniarum
Scanning electron microscopy
External morphology
Phylogeny
分类号
R384.429 [医药卫生—医学寄生虫学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
贝绒刺蛾Phocodermabetis线粒体全基因组测序与分析
俞旭东
李朝品
《皖南医学院学报》
CAS
2024
0
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职称材料
2
速生薄口螨成螨的形态观察和系统进化分析
汤非凡
蒋峰
汪梅青
王澜
曹佳诚
夏钰婷
王婧璇
唐礼庆
湛孝东
《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》
CSCD
北大核心
2023
0
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