甲基转移酶样3调节食管鳞癌细胞功能的研究

目的:探究甲基转移酶样3(methyltransferase-like 3,METTL3)在食管鳞癌中的表达水平和作用机制。方法:体外构建食管鳞癌细胞Eca-109的METTL3敲低模型,利用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRTPCR)、Western Blot验证敲低水平,检测肿瘤细胞的增殖、迁移能力。利用差异分析、富集分析以及生存分析等寻找METTL3的靶基因。结果:敲低METTL3可以显著抑制食管癌细胞的增殖和迁移能力;利用生物信息学分析寻找到受METTL3调控的9个可能的靶基因(精脒/精胺N1-乙酰基转移酶1(spermidine/spermine N1-acetyltransferase 1,SAT1)、低密度脂蛋白受体(low density lipoprotein receptor,LDLR)、整合素β1(integrin subunit beta 1,ITGB1)、细胞间黏附分子5(intercellular adhesion molecule 5,ICAM5)、富含谷氨酸的WD重复序列蛋白1(glutamate-rich WD40 repeat containing 1,GRWD1)、含纤维连接蛋白Ⅲ型结构域3A蛋白(fibronectintype-Ⅲdomain-containing protein 3A,FNDC3A)、DnaJ热休克蛋白家族成员C2[DnaJ heat shock protein family(Hsp40)member C2,DNAJC2]、卷曲螺旋域蛋白88C(coiled-coil domain containing 88C,CCDC88C)、Rho GTP酶激活蛋白12(Rho GTPase activating protein 12,ARHGAP12),其中SAT1高表达与食管鳞癌患者预后不良密切相关,差异有统计学意义。结论:METTL3在食管鳞癌中发挥促癌作用,可能通过调控SAT1等靶基因的m6A甲基化影响食管鳞癌患者的预后。

基于TCGA和GEO数据挖掘分析NAT1在结肠癌中的表达及预后意义

目的探讨结肠癌癌组织中N-乙酰化转移酶1(NAT1)的表达及其对结肠癌患者预后的影响。方法通过肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库分析NAT1 mRNA在33种肿瘤中的表达情况,并用人类蛋白质图谱(HPA)数据库的免疫组化结果验证NAT1蛋白在结肠癌中的表达。通过肿瘤基因图谱(TCGA)和基因表达综合(GEO)数据库获得NAT1在结肠癌中的表达数据及相关临床特征参数,分析NAT1 mRNA表达水平与结肠癌患者的临床特征和总生存期(OS)的关系,并构建预后模型。采用基因集富集分析(GSEA)预测NAT1相关的基因通路。采用CIBERSORT分析NAT1与免疫浸润的关系。结果TIMER数据库分析结果显示,在13种肿瘤组织中NAT1 mRNA表达水平低于正常对照组织。TCGA数据库结果提示,结肠癌组织中NAT1 mRNA表达水平均明显低于正常对照组织或癌旁正常组织,差异均有统计学意义(均P<0.01),并在GSE44076、GSE44861和GSE73360中得到验证。HPA数据库的免疫组化结果提示,NAT1蛋白在结肠癌组织中呈低表达。TCGA数据库分析结果提示,NAT1 mRNA表达水平与结肠癌患者的N分期、M分期和stage分期均有关(均P<0.01)。NAT1高表达组患者OS均好于低表达组(均P<0.05)。单因素Cox分析表明,NAT1 mRNA表达水平是影响结肠癌患者OS的危险因素(P<0.05),并和其他危险因素构建列线图,同时使用校准曲线和ROC评估了预后模型的特异性和敏感性。选取本院确诊的35例结肠癌患者肿瘤组织作为肿瘤组,选取其癌旁正常组织作为对照组。采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)法检测NAT1表达水平,结果与数据库结果一致(P<0.05)。GSEA结果提示NAT1高表达样本上调抗坏血酸和醛糖酸盐代谢、戊糖和葡萄糖醛酸的相互转化、淀粉和蔗糖代谢、卟啉和叶绿素代谢途径、视黄醇代谢、药物代谢相关酶等基因集,而下调糖胺聚糖生物合成途径、Hedgehog信号通路、基底细胞癌、ECM受体作用通路、神经活性配体-受体相互作用途径、Wnt信号通路等基因集。使用CIBERSORT计算每个样品中的免疫细胞浸润,高NAT1组免疫细胞中原始B细胞、静息记忆CD4 T细胞、静息树突状细胞、活化树突状细胞显著增加,而M0巨噬细胞显著减少(均P<0.05)。结论结肠癌中NAT1 mRNA表达水平下调,NAT1低表达提示结肠癌患者的预后差,可作为结肠癌患者治疗的潜在靶点。