基于二维PCR技术的高危型人乳头瘤病毒及相关肿瘤抑制基因 p53和 RB1的分型检测方法

目的应用高通量二维PCR技术(2D-PCR), 建立一种单管一步法检测和鉴定宫颈细胞中16种高危型人乳头瘤病毒(HR-HPV)亚型(HPV16、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、66、68、73、82)、p53(rs1042522)和RB1(rs3092905)基因型的方法。方法根据16种不同亚型HR-HPV、p53及RB1基因DNA序列设计特异性引物, 同时将待测靶基因p53及RB1基因作为评判标本取样及PCR扩增成功与否的内参基因。在3个荧光检测通道中, 采用相应标签标记不同亚型HR-HPV、p53及RB1的上游引物, 并构建完善的2D-PCR检测体系。应用该方法检测804份来源于常州市第一人民医院2022年12月至2023年8月妇科门诊的宫颈刷样本, 将检测结果与PCR-反向点杂交法、流式荧光杂交法、单重实时荧光定量PCR法分别进行一致性比较;同时采用Sanger测序法检测p53和RB1的基因型。采用Kappa检验评价2D-PCR法和其他方法间的一致性。结果 2D-PCR可通过FAM、HEX和Alexa Fluor568通道的特征性熔解谷对16种HR-HPV型别和p53、RB1的基因型进行准确区分和鉴定。2D-PCR法与PCR-反向点杂交法具有较高的一致性(Kappa=0.699), 与流式荧光杂交法具有更高的一致性(Kappa=0.793), 和单重荧光定量PCR法的一致性Kappa=0.880(95%CI 0.862~0.907)。以Sanger测序法为金标准, 2D-PCR法检测p53、RB1基因型的准确度为100%。p53 rs1042522 位点3种基因型(G/G型、G/C型和C/C型)的分布频率为32.09%(258/804)、49.88%(401/804)和18.03%(145/804), RB1 rs3092905位点检出基因型均为A/A型。结论成功开发了一种2D-PCR方法, 用于高危型HR-HPV型别鉴定与宫颈癌相关肿瘤抑制基因p53和RB1的基因分型。