苏州市一起聚集性人感染柯萨奇病毒A组4型基因特征

目的 对苏州市一起人呼吸道感染不明病原的聚集性疫情病例咽拭子样本进行初步病原分子鉴定,为疫情处置提供技术支撑。方法 采集该起疫情病例咽拭子标本,实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(Real-time reverse transcription polymerase chain reaction, Real-time RT-PCR)方法检测可引起聚集性呼吸道感染疫情的常见病原(甲/乙型流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、冠状病毒、鼻病毒、偏肺病毒和腺病毒)核酸,同时采用FilmArray全自动医用PCR分析系统进行多病原筛查。对病例咽拭子标本进行高通量测序,并用特异性引物探针检测柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4, CV-A4)进行验证。结果 该起疫情采样送检的18份咽拭子样本经Real-time RT-PCR方法检测,其中14份样本柯萨奇A4型病毒检测阳性。Real-time RT-PCR和高通量基因测序方法在病例咽拭子标本中均检出柯萨奇A4型病毒特异性基因片段。序列分析表明苏州该起疫情病毒株全基因组序列与NCBI数据库的MN964082病毒核酸一致性最高,为98.11%;VP1蛋白氨基酸序列与原型株AY421762一致性为98.03%,发现6个位点突变(T23V、A34T、S102A、A200T、I262V和Y285H)。结论 CV-A4可引起聚集性呼吸道感染疫情,对学龄儿童等免疫力较弱的人群应加强健康监测以便疫情早期处置。

苏州市2019新型冠状病毒全基因组序列特征的分析

目的了解苏州市2019新型冠状病毒感染病例的病毒分子变异及宿主适应性情况。方法采集苏州市9例本土2019新型冠状病毒感染病例和6例境外输入2019新型冠状病毒感染病例的咽拭子样本,提取病毒核酸进行病毒全基因组测序。以武汉株Wuhan-Hu-1为参考序列进行比对分析。采用MEGA 7.0软件构建病毒全基因组序列系统进化树。结果15条2019新型冠状病毒基因组序列分别按照中国分型法、Nextstrain分型法、Pangolin分型法和全球共享流感数据倡议组织(Global Initiative on Sharing All Influenza Data,GISAID)分型法可分为7个型、6个型、8个型和5个亚型/谱系。与Wuhan-Hu-1参考株相比,基于核苷酸翻译的氨基酸序列突变位点中位数为3个,范围为0~12个。6条境外输入病毒株刺突蛋白均检出可导致传播力增强的D614G突变。输入病例的基因序列中未发现可导致病毒传播力明显增强的阿尔法变异株、贝塔变异株和伽马变异株。15条序列核苷酸突变位点中位数为8个,范围为3~23个。结论2019新型冠状病毒在不断变异,已衍生出多种进化谱系/基因型。苏州市境外输入病毒株均携带可致传染性增强的突变。