m^(7)G相关lncRNAs是影响结肠癌患者预后和肿瘤微环境的潜在生物标志物

目的探讨m^(7)G-lncRNAs能否作为结肠癌患者预后及肿瘤微环境的生物标志物。方法TCGA数据库筛选m^(7)G-lncRNAs(|Pearson R|>0.4,P<0.001),多因素Cox分析构建m^(7)G-lncRNAs风险模型。使用ROC和C-index曲线对风险模型进行验证。构建诺莫图和诺莫图的校准曲线用于预测结肠癌患者的预后。点柱图和K-M生存曲线评估风险打分对患者临床分期和预后的影响。CIBERSORT和ESTIMATE探究高低风险组患者肿瘤微环境和免疫细胞浸润程度的联系,同时分析风险打分对结肠癌患者微卫星不稳定性,干细胞指数和免疫检查点表达的影响。使用相互作用基因搜索工具(STRING)构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,挖掘m^(7)G-lncRNAs调控的关键靶点。最后,使用蛋白印迹实验在4对结肠癌组织与癌旁正常组织中验证这些关键靶点的表达。结果从TCGA数据库鉴别出1722个m^(7)G-lncRNAs。多因素Cox分析筛选出12个lncRNAs用于构建风险模型,其中AC003101.2、AC005014.2、AC008760.1、AC092944.1、AL1161729.4、AL301422.4、AP001619.1、AP003355.1和ZEB1-AS1为高风险lncRNAs,AC025171.4、AC073957.3及TNFRSF10A-AS1为低风险lncRNAs。ROC曲线显示风险模型对患者1年、3年、5年生存预测的AUC值分别为0.727、0.747、0.794。诺莫图预测患者预后的AUC值为0.794,校准曲线显示诺莫图对患者生存的预测与患者实际的生存基本一致。高风险组患者的T分期(T1~T2 vs T3~T4:P=0.034)、N分期(N0 vs N2:P=7.8e-08;N1 vs N2:P=0.00081)以及M分期(M0 vs M1:P=0.007)均高于低风险组患者。低风险组患者常伴随高微卫星不稳定状态(MSS vs MSI-H:P=0.034)。肿瘤干性指数与风险得分呈负相关(r=-0.19;P=7.3e-05)。高风险组患者基质细胞打分(P=0.0028)以及总打分(P=0.007)明显高于低风险组患者较高,激活的肥大细胞(r=-0.11;P=0.045)和静息CD4^(+)T细胞(r=-0.14;P=0.01)的表达也较低。多数免疫检查点在高风险患者中高表达(P<0.05)。蛋白印迹实验表明m^(7)G-lncRNAs调控的关键靶点ATXN2(P=0.006)and G3BP1(P=0.007)在4对结肠癌组织中表达均高于配对的癌旁正常组织。结论12个m^(7)G-lncRNAs构建的风险模型对结肠癌具有重要的预后价值,同时也能反映结肠癌患者肿瘤微环境及免疫治疗的疗效。

GPC1基因调节结直肠癌进展及预后的生物信息学分析

目的:利用生物信息学分析方法,分析GPC1基因在结直肠癌进展及预后中的作用,并预测可能的分子机制。方法:从TCGA数据库下载COAD转录数据及临床病理信息,通过Perl软件提取基因表达量,使用GSEA对基因集进行糖酵解相关通路富集及差异基因筛选。通过R软件limma包对差异基因进行单因素及多因素COX分析,筛选出6个相关基因并验证。然后分析6个相关基因的表达水平与COAD不同临床病理特征的相关性,其中GPC1基因具有相关性。最后通过R软件进行KEGG富集分析及相关靶基因相关性分析,预测目标基因调控结直肠癌进展预后的可能分子机制。结果:GPC1基因在COAD组织中高表达(P<0.001),与肿瘤的分级、TNM分期具有相关性(P<0.05)。皮尔森检验显示,GPC1与TGF-β1,VEGFB呈中等强度相关。结论:GPC1可能通过增强TGF信号通路和VEGF信号通路影响结直肠癌细胞的增殖、侵袭及结直肠癌的预后。

生物信息学分析PDGFRB在胃癌中的表达及其临床意义

目的应用生物信息学方法分析筛选胃癌患者差异表达基因,探讨其在胃癌发生发展及预后中的临床价值及意义。方法在癌症基因组图谱(The cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中下载胃癌基因表达相关的数据,利用Perl构建基因表达矩阵并提取患者临床病理信息;利用R语言中的edgeR程序包筛选表达差异基因;UALCAN在线网站进行基因差异表达、临床病理信息及生存分析。采用Cox回归及Kaplan-Meier Plotter在线分析目的基因与胃癌患者预后的相关性。最后,利用基因集富集分析(gene-set enrichment analysis,GSEA)对靶基因进行KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析,探讨其参与胃癌发生发展的信号通路及可能分子机制。结果通过对TCGA数据库的数据分析获得2676个差异化表达基因;UALCAN在线网站分析差异化基因,显示PDGFRB基因在胃癌组织中显著高表达,且与胃癌患者的临床病理及不良预后显著相关(P<0.01);生存分析提示PDGFRB基因高表达时,胃癌患者的预后相对较差;STRING在线网站和GSEA软件分析表明,PDGFRB基因可能通过调控Wnt信号通路来影响胃癌的发生发展。结论PDGFRB基因可作为胃癌独立的预后基因,可能通过调控Wnt信号通路影响胃癌的发生发展,并有望成为治疗胃癌的新的诊断标记和潜在治疗靶标。

FOLFOX耐药相关基因是预测结肠癌患者预后的潜在生物标志物

目的探索结肠癌对FOLFOX化疗方案耐药的关键机制。方法综合GEO数据库中FOLFOX化疗方案相关数据集,合并后筛选差异表达基因,随机森林树提取特征基因作为耐药核心基因,评估其与临床药物的敏感性关系。共识聚类区分耐药核心基因的亚型及亚型的差异基因集,构建基于TCGA和GSE29621数据的风险模型,评估耐药核心基因与患者临床病理特征和预后的联系。结果随机森林树筛选出来的耐药核心基因的表达水平能明显将对FOLFOX化疗方案反应与否的患者区分开来。分型结果显示主要的耐药原因为免疫浸润,使用耐药相关基因构建的风险模型比常规TNM分期更能预测患者的预后,且高低风险组患者的免疫浸润程度和免疫细胞水平具有明显差异。结论FOLFOX化疗耐药与结肠癌患者的免疫浸润密切相关,耐药相关基因构建的风险模型能较好预测患者的临床病理转归和预后。