PNmerger:一个整合生物学通路和蛋白质相互作用网络的Cytoscape插件(英文)

Cytoscape是一个广泛应用于分子相互作用网络可视化的软件.发展了一个基于java的Cytoscape插件PNmerger.对于一个蛋白质相互作用网络,PNmerger能够使用KEGG数据库中的通路信息自动注释网络中的蛋白质.并通过网络和通路的比较发现网络中已知的通路元件,预测可能的通路元件及通路交联元件.该软件可以可视化网络中存在的通路模块,并将连接不同通路间的潜在交联元件显示出来.PNmerger软件能够有效地帮助实验人员发现网络中重要的功能线索,帮助实验人员进行实验设计.用户可以通过网站http://www.hupo.org.cn/PNmerger下载PNmerger插件.

行波离子迁移质谱技术在蛋白质结构研究中的应用

离子迁移(ion mobility)是一种在分子离子化后,非溶液环境下的分离技术。与依靠离子质量与电荷比进行分离的质谱技术不同,离子迁移是根据离子形状与电荷比实现分离的。因此,离子迁移技术可以实现对质量相同而形状不同的离子分离,其与质谱技术联用可为研究者提供更加丰富的结构信息。最新发展的行波离子迁移技术大大提高了灵敏度和分离速度,适用于研究天然浓度条件下的蛋白质,其在蛋白质单体折叠与去折叠以及蛋白复合体亚基组装的研究中已崭露头角。

改进的^18O同位素标记法标记蛋白质多肽

针对18O同位素标记反应两个重要影响因素——肽段分散度和胰酶灭活方法,进行了标记条件的改进和灭活方法的优化。在H218O中加入RapigestTM SF助溶剂并微波辅助加热,使α-酪蛋白胰酶酶切肽段的标记效率得到明显改进(18O/16O峰面积比值>99%)。标记后,对胰酶进行还原烷基化化学修饰彻底灭活,使标记后的肽段稳定性显著提高,放置6d不发生回交反应。对标准蛋白质甲状腺球蛋白酶切肽段混合物标记后的质谱实验结果表明:优化的标记方法能快速稳定地标记蛋白质酶切多肽。

凝集素芯片技术在常见妇科肿瘤诊断中的应用

目的探讨人血清糖蛋白的糖链结构信息在常见妇科肿瘤临床诊断中的价值。方法收集123例临床血清样本,其中乳腺癌31例、宫颈癌24例、卵巢癌19例、健康女性体检者49例,通过自制的包含15种不同凝集素的凝集素芯片来测定人血清中糖蛋白的糖链结构信息,利用SPSS 15.0统计软件进行分析,采用逐步判别分析法建立关于样本分组的判别函数方程。结果首先建立用于区分健康者与肿瘤患者的判别函数方程,对健康样本和肿瘤样本的回判正确率分别为85.7%、83.8%,总的判别正确率为84.6%;然后针对肿瘤组再建立用于区分乳腺癌、宫颈癌和卵巢癌的判别函数方程,结果对乳腺癌、宫颈癌和卵巢癌的回判正确率分别为96.8%、75.0%、78.9%,总的判别正确率为85.1%。结论人血清糖蛋白的糖链结构信息与妇科肿瘤存在相关性,基于凝集素芯片检测结果建立的判别函数方程对于临床血清样本的诊断判别具有一定的参考价值。