人结肠癌第二代RNA测序数据的计算生物学研究流程

目的以人结肠癌RNA测序数据分析为例,介绍新一代高通量中的RNA-seq技术在转录组与基因表达谱方面的应用。方法基于Linux平台的开源分析软件和人结肠癌RNA测序数据,建立完整的RNA-seq测序数据处理和分析流程,并对其中的软件选择、质量控制、下游分析进行讨论。结果基于现有主流的RNA-seq计算生物学分析技术,建立起了一套免费开源的RNA测序计算生物学处理和分析流程,并从中鉴定出了数个在结肠癌表达中存在显著差异的基因。结论这项研究为RNA-seq数据清理、计算建模和分析提供了具有良好操作性的方案。作为一个临床肿瘤RNA-seq研究范本,以供从事于类似研究的临床科研工作者参考。

DNA甲基化、代谢调控与肿瘤及慢性疾病

甲基化是烷基化反应的重要类型之一,是指在底物上增加甲基或者利用甲基取代一个氢原子或基团的过程。生物系统中的甲基化是经酶催化的一种反应,参与了包括基因表达调控、蛋白质功能调节、RNA加工过程和重金属修饰等重要环节。因此对甲基化过程的认识和研究,广泛的应用于生命科学和疾病研究的诸领域,其中包括:癌症、产前诊断、感染性疾病及临床免疫、先天性疾病及获得性疾病的发生发展。