基于16S rRNA基因分析乐山市旅游区鸟类粪便微生物多样性

为探究旅游背景下鸟类粪便微生物的群落结构,对乐山市3个旅游区4种鸟类粪便内容物进行16S rRNA基因V3-V4高通量(Illumina MiSeq)测序,20份样品的分析结果表明,在门水平上,拟杆菌门(Bacteroidetes,33.70%)、变形菌门(Proteobacteria,29.86%)、厚壁菌门(Firmicutes,18.43%)为丰富度最高的3个门;在属水平上,相对丰富的属主要为拟杆菌属(Bacteroides,9.79%)、普氏菌9属(Prevotella_9,6.63%)、梭菌属(Fusobacterium,3.50%)。Alpha多样性分析结果表明,Group_C3丰富度和多样性均最高,揭示了乐山市旅游区鸟类粪便微生物中的优势细菌群落组成,为研究旅游地区鸟类肠道微生物多样性提供了新的视角。

四川山鹧鸪栖息地破碎化及保护管理状况分析

四川山鹧鸪Arborophila rufipectus是我国特有珍稀鸟类,国家Ⅰ级重点保护野生动物,世界自然保护联盟濒危物种。应用3S技术制作其栖息地分布和保护区位置图层,并对栖息地破碎化情况和受保护状况进行分析。结果表明,无论现实栖息地还是潜在栖息地,破碎化程度都高;部分栖息地斑块相互邻接,具备连通的可能性;分布区内初步形成的保护区网络还需完善。文末提出了景观保护的建议。

四川兽类新记录——越南鼬獾

2021年10月,四川省乐山市沐川县公安局森林警察大队民警处理一起该县茨竹乡雄心村(103°37′13.6″E,29°7′42.1″N)一村民非法狩猎的案件时,缴获野生动物4只(尸体,无毛皮)。对4只个体(编号:4、5、6、7号)分别取少量组织样本,用组织DNA提取试剂盒(TIANGEN,北京天根)提取总DNA,用脊椎动物线粒体通用引物cyt b(H:5’-CTTCAGTT TTTGGTTTACAAGACC-3’,L:5’-AACATCTCCGCATGATG AAA-3’)(Sorenson et al.,1999)和自行设计引物cyt b(F:5’-ACGATTCTTCGCCTTCCA-3’,R:5’-AAATGGGTGCTCTA CTGG-3’)进行PCR扩增。PCR反应条件:94℃5 min;94℃30 s,46~48℃30 s,72℃1 min,35个循环;72℃10 min。扩增产物送上海生工生物有限公司双向测序。

燕科和雨燕科部分鸟类系统发育比较分析

本文通过选择物燕科8个物种以及雨燕科5个物种,以线粒体基因Cyt b作为分子标记,通过分子生物学手段对燕科和雨燕科部分鸟类进行重建系统发育树,采用贝叶斯推论法(Bayesian Inference)和最大似然法(ML,Maximum Likelihood)以验证分子生物学分类结果是否与宏观形态学分类结果相一致。结果表明,两种方法所建系统发育树具有相同的拓扑结构,燕科和雨燕科鸟类形成两个不同的支系。进一步的遗传距离分析表明,白腰雨燕和洋斑燕之间遗传距离最大,达到0.197,暗背雨燕和白腰雨燕之间的遗传距离最小,为0.035。雨燕科和燕科之间遗传距离较大,而各科内部种间遗传距离较小。因此,燕科鸟类和雨燕科鸟类亲缘关系较远,此分类结果与目前形态学分类相一致。

一种禽类血液基因组DNA高效提取通用方法的建立

为了建立一种适合禽类血液的廉价、高效、通用的基因组DNA提取方法,试验采用鸡、鸭、鹅、鸽、火鸡、麻雀6种禽类血液为材料,提取的禽类血液DNA经微量分光光度计分析、基因组DNA凝胶成像分析以及PCR扩增效果检测。结果表明：提取的6种禽类血液DNA质量较好（OD260/OD280值范围为1.80-1.84,OD260/OD230值范围为2.21-2.30）,基因组DNA电泳主条带和PCR扩增产物条带清晰、整齐、无拖带。说明本方法能够完全适用于大批量禽类血液基因组DNA的提取,且DNA纯度较好,满足后续相关分子生物学试验要求。

四川湿地鸟类粪便中的病毒多样性

鸟类的病毒主要来自环境,湿地是鸟类重要的栖息地,研究湿地鸟类病毒对于预防传染病传播具有重要意义.对四川省具有代表性的湿地鸟类粪便进行RNA高通量测序分析,共鉴定出275种微生物,其中节杆菌属(Arthrobacter)、微杆菌属(Microbacterium)、红球菌属(Rhodococcus)、假单胞菌属(Pseudomonas)噬菌体普遍存在,在高原湿地若尔盖和邛海丰度尤其高,另外最高丰度为36的登氏菌属噬菌体(Gordonia phage)也在这两个高原湿地中.病原微生物主要是植物病毒,柏林湖普通鸬鹚(Phalacrocorax carbo)含黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus),桫椤湖棕头鸦雀(Paradoxorniswebbianus)和滟澜洲红尾水鸲(Rhyacornisfuliginosus)含青枯菌属病毒(Ralstonia virus),桫椤湖棕头鸦雀还含有危害严重的核盘菌线粒体病毒(Sclerotinia sclerotiorum mitovirus)、稻瘟病菌病毒(Magnaporthe oryzae ourmia-like virus)、甘蓝蚜虫病毒(Brevicoryne brassicae virus)等,尤其还从中发现了与禽流感病毒相似且较高丰度为27的蝙蝠软腐病毒(Bat iflavirus)短序列;南河小白鹭则不含病原微生物.本研究表明桫椤湖棕头鸦雀所含的病原微生物种类最多,提示该湿地公园应为病毒重点检测地点;南河小白鹭及其栖息生境安全;鸟类微生物不仅能反映自身状况,同时与其栖息环境有关.

树麻雀表型的环境适应进化

树麻雀(Passer montanus)分布范围广、海拔梯度大,也是人类活动的伴随物种。对中国837个样本的10个形态特征与温度、日照、海拔和风速等4个主要环境因子进行相关分析,结果显示:树麻雀的体重、嘴裂、翅长、尾长、跗跖长、脑骨宽、眼间距与日照因子显著相关(P<0.05),体重、体长、翅长、尾长、跗跖长与海拔因子显著相关(P<0.05),体重、嘴峰、翅长、脑骨长与温度因子显著相关(P<0.05),表明树麻雀的形态指标易随环境因子的变化而变化。通过控制经度和海拔两个变量,对形态指标与纬度的偏相关分析表明,体重、翅长、脑骨长和脑骨宽与纬度呈显著正相关(P<0.05),体表突出部分嘴峰、嘴裂与纬度呈显著负相关(P<0.05),即随着纬度的升高,树麻雀身体逐渐变大,符合贝格曼规律;体表突出部分嘴峰和嘴裂随纬度升高变短,符合阿伦规律。飞行能力与海拔因子呈极显著正相关(n=92,r=0.217,P=0.038),表明树麻雀在高海拔地区具有更强的飞行能力,这也许是它成为广布种的重要原因。

九寨沟地区红尾水鸲的繁殖

2013年6~8月在九寨沟县白河乡地区发现一巢红尾水鸲(Rhyacornis fuliginosa),调查发现该鸟6月1日迁徙到本地区,4 d完成配对,7 d营巢,巢营于河边桥梁的电表配备箱中,窝卵数5枚,平均长径(18.39±0.4)mm,平均短径(13.18±0.08)mm,平均卵大小(1.63±0.05)cm^3,平均卵重(1.88±0.08)g;孵化期17 d,孵化率100%,巢内育雏12 d,出飞率100%,出巢后仍需亲鸟照顾20 d左右方能完全独立生活。红尾水鸲在育雏期以昆虫等农业害虫为主要食物来源,在维持生态平衡和防治农业病虫害方面起到重要作用。

乐山市发现大规模淡色崖沙燕洞巢

2018年3月,在乐山市岷江沿岸发现一采沙场的废弃沙丘背面和侧面均有大量的淡色崖沙燕(Riparia diluta)洞巢。洞巢数量总共为1176个,平均巢密度约为35个/m2,密集处其密度达到40个/m2。巢洞口呈左右长、上下窄的椭圆形状,巢口横径(7. 55±1. 29) cm,巢口纵径(5. 5±0. 96) cm,巢洞深(63. 21±15. 47) cm(n=14)。其繁殖开始于2月底3月初,雏鸟多在4月中旬离巢出飞。

血雉喜食苔藓的生理生态及环境适应性

血雉(Ithaginis cruentus)及其胚胎具有超强的抗寒能力.为探究血雉取食苔藓与其抗寒性是否有关,采用基于OTU(可操作分类单位)的微生物生态学分析方法,从分子水平鉴别川西高原巴塘血雉粪便中苔藓植物的种类和相对含量,结果显示血雉最喜食的苔藓是羽藓属(Thuidium),偶尔取食三洋藓属(Sanionia).结合生境,选择大羽藓(Thuidium cymbifolium)、三洋藓(Sanionia uncinata)(分别代表最喜食和偶尔取食的苔藓)为研究对象,以未被取食的纤枝短月藓(Brachymenium exile)和疣肋曲柄藓(Campylopus schwarzii)作为对照,然后采用气相色谱及酶联免疫分析方法测定苔藓、血雉肌肉及对照物种雉鸡(Phasianus colchicus)肌肉中各项抗寒性生理指标.结果表明:血雉的花生四烯酸、Ca2+-ATPase、CaM和PAL均高于雉鸡,前列腺素E(PGE)和前列腺素F2a(PGF2a)低于雉鸡;大羽藓的花生四烯酸(P<0.01)和Ca2+-ATPase(P<0.01)最高,PGE(P<0.01)和PGF2a(P<0.01)最低;不取食苔藓的花生四烯酸(P<0.01)含量最低,PGE(P<0.01)和PGF2a(P<0.01)最高.综上所述,多项抗寒性生理指标在血雉与大羽藓中的含量变化一致,表明血雉抗寒性与其所食苔藓有关,食物中的花生四烯酸含量可能具有重要作用;结果对揭示血雉胚胎超强耐寒能力的机理和进一步研究其他动物耐寒机理有一定参考意义.