PRRSV-SCQ株结构蛋白基因核酸序列分析及其氨基酸序列推导

以重庆分离病毒株PRRSV-SCQ构建的包含SCQ株ORF2、ORF3、ORF4、ORF5、ORF6和ORF7 6个结构蛋白基因的cDNA文库质粒pRSF2、pRSF3、pRSF4、pRSF5、pRSF6和pRSF7为基础材料,通过Sanger′s双脱氧末端终止法进行核酸序列分析。测序结果表明,文库质粒DNA中分别含有PRRSV-SCQ株中为结构蛋白编码的阅读框ORF2、ORF3、ORF4、ORF5、ORF6和ORF7的完全序列,其起始密码子均为ATG,终止密码子分别为TGA、TAG、TGA、TAG、TAA和TGA。阅读框ORF2的cDNA片段长度为721 bp,ORF3的cDNA片段长度为764 bp,ORF4的cDNA片段长度为547 bp,ORF5的cDNA片段长度为621 bp,ORF6的cDNA片段长度为509 bp,ORF7的cDNA片段长度为436 bp。推导的蛋白质序列中,GP2、GP3、GP4、GP5、M和N蛋白的氨基酸数量分别为258,254,178,200,174 aa和123aa。每条多肽链都以甲硫氨酸为起始氨基酸。