基于生物芯片检测大骨节病相关基因的甲基化

目的采用基因芯片技术筛选大骨节病DNA差异甲基化位点和基因，探讨DNA甲基化与大骨节病发病机制的关系。方法收集12例大骨节病患者（病例组）、12例健康人（对照组）外周血血样，提取血液DNA，利用450K芯片技术检测病例组和对照组DNA的差异甲基化情况，并进行对照分析，按校正后P值和甲基化差异分值结合GenomeStudio软件筛选差异甲基化基因及位点，对筛选出的差异甲基化基因进一步采用亚硫酸氢钠处理后测序法（BSP）进行验证。结果共分析484948个位点，病例组和对照组差异显著的位点共93个，其中高甲基化位点34个．低甲基化位点59个。位点所对应的基因共50个，43个基因无文献报道。聚类分析结果显示，在免疫反应、抗原处理、磷和磷酸代谢及磷酸化作用、金属离子结合等过程中存在大量甲基化差异基因。利用BSP法验证，人类白细胞抗原（HIA）-DRB1基因在病例组与对照组间的甲基化率（48％比70％）无显著性差异（x^2=3．688，P〉0．05）。结论大骨节病人群外周血DNA存在不同于正常人群的高或低差异甲基化位点，BSP验证HLA—DRB1基因位点与甲基化芯片结果未发现显著性差异。