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骨质疏松诊断标志物的筛选及其与免疫浸润的关系
1
作者
计超
陈一霄
+5 位作者
刘凯
苏啸尘
滕梦豪
郭燕
姬文晨
李萌
《实用临床医药杂志》
2023年第15期1-6,共6页
目的寻找潜在的骨质疏松(OP)诊断标志物,并分析免疫浸润在OP发展中的作用。方法使用源自基因表达综合数据库(GEO)的基因表达谱数据集来鉴定OP的差异表达基因(DEGs),并通过富集分析揭示DEGs的潜在机制;采用最小绝对值收敛和选择算法(LAS...
目的寻找潜在的骨质疏松(OP)诊断标志物,并分析免疫浸润在OP发展中的作用。方法使用源自基因表达综合数据库(GEO)的基因表达谱数据集来鉴定OP的差异表达基因(DEGs),并通过富集分析揭示DEGs的潜在机制;采用最小绝对值收敛和选择算法(LASSO)逻辑回归分析和支持向量机递归特征剔除算法(SVM-RFE)筛选和验证OP的诊断标志物;使用CIBERSORT评价OP组织中免疫细胞的浸润情况,分析诊断标志物与免疫细胞浸润的相关性。结果本研究共筛选出5个诊断相关基因为关键基因:SKAP2、SLC30A3、TDRD12、RPL10和CSPP1。SKAP2、SLC30A3、TDRD12、RPL10和CSPP1被确定为OP的诊断标志物。SKAP2、SLC30A3、TDRD12、RPL10联合CSPP1诊断OP的效能较高。22种免疫细胞的相关热图显示,活化的肥大细胞与浆细胞呈正相关,静息肥大细胞与嗜酸性粒细胞呈正相关。此外,活化的CD4记忆T细胞与调节性T细胞呈负相关,巨噬细胞与记忆B细胞呈负相关。结论免疫细胞浸润在OP的发生和发展中至关重要,静息CD4记忆T细胞和M2巨噬细胞可能参与了OP的发病机制,这些结果有助于为OP的诊断和治疗提供新的思路。
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关键词
骨质疏松
生物信息学
免疫浸润
诊断标志物
免疫细胞
关键基因
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职称材料
题名
骨质疏松诊断标志物的筛选及其与免疫浸润的关系
1
作者
计超
陈一霄
刘凯
苏啸尘
滕梦豪
郭燕
姬文晨
李萌
机构
西安交通大学
第一附属医院骨科
西安交通大学
第二附属医院
生物
诊断治疗国家地方联合工程研究
中心
西安交通大学生命科学与技术学院生物医学信息与基因组中心
出处
《实用临床医药杂志》
2023年第15期1-6,共6页
基金
陕西省重点研发计划(2022SF-490)
校院/企融合创新项目(YGJC202202)。
文摘
目的寻找潜在的骨质疏松(OP)诊断标志物,并分析免疫浸润在OP发展中的作用。方法使用源自基因表达综合数据库(GEO)的基因表达谱数据集来鉴定OP的差异表达基因(DEGs),并通过富集分析揭示DEGs的潜在机制;采用最小绝对值收敛和选择算法(LASSO)逻辑回归分析和支持向量机递归特征剔除算法(SVM-RFE)筛选和验证OP的诊断标志物;使用CIBERSORT评价OP组织中免疫细胞的浸润情况,分析诊断标志物与免疫细胞浸润的相关性。结果本研究共筛选出5个诊断相关基因为关键基因:SKAP2、SLC30A3、TDRD12、RPL10和CSPP1。SKAP2、SLC30A3、TDRD12、RPL10和CSPP1被确定为OP的诊断标志物。SKAP2、SLC30A3、TDRD12、RPL10联合CSPP1诊断OP的效能较高。22种免疫细胞的相关热图显示,活化的肥大细胞与浆细胞呈正相关,静息肥大细胞与嗜酸性粒细胞呈正相关。此外,活化的CD4记忆T细胞与调节性T细胞呈负相关,巨噬细胞与记忆B细胞呈负相关。结论免疫细胞浸润在OP的发生和发展中至关重要,静息CD4记忆T细胞和M2巨噬细胞可能参与了OP的发病机制,这些结果有助于为OP的诊断和治疗提供新的思路。
关键词
骨质疏松
生物信息学
免疫浸润
诊断标志物
免疫细胞
关键基因
Keywords
osteoporosis
bioinformatics
immune infiltration
diagnostic markers
immune cell
key gene
分类号
R681.1 [医药卫生—骨科学]
R442.9 [医药卫生—诊断学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
骨质疏松诊断标志物的筛选及其与免疫浸润的关系
计超
陈一霄
刘凯
苏啸尘
滕梦豪
郭燕
姬文晨
李萌
《实用临床医药杂志》
2023
0
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