基于转录组测序的新城疫疫苗免疫鸡胸腺差异表达基因分析

为研究新城疫(ND)疫苗接种的青脚麻鸡胸腺组织相关基因与调控通路变化,对无特定病原体(SPF)的青脚麻鸡人工接种ND疫苗48 h后,取胸腺组织采用Illumina HiSeq 2500高通量测序技术进行转录组测序,使用TopHat2软件对测序得到的reads序列与鸡(Gallus_gallus-5.0)的参考基因组比对,筛选出差异表达基因后,在GO和KEGG数据库中进行功能注释、富集分析和聚类分析。结果显示:接种ND疫苗后,共筛选到1514个差异表达基因,其中1016个基因上调,498个基因下调;GO功能分类注释到生物学过程、细胞组成和分子功能数据库中的差异表达基因分别有823、815和985个,注释到KEGG通路中差异表达基因1274个,显著富集通路52个(P<0.05);在差异基因中筛选出70个与鸡先天免疫相关的基因,并使用STRING构建蛋白质相互作用网络。研究提示:ND疫苗免疫接种后激活了青脚麻鸡先天免疫相关基因或通路,改善了体内的抗体水平,对探索鸡的宿主-病原体相互作用具有重要意义,为进一步探究青脚麻鸡接种ND疫苗后机体免疫应答反应提供了研究基础。