基于生物信息学数据分析ATM在胃癌组织中的表达及其临床意义

目的:探讨幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)感染对胃癌细胞共济失调毛细血管扩张突变(ataxia-telangiectasia mutated,ATM)基因表达的影响及其临床意义。方法:从TCGA数据库中获取胃癌相关RNAseq数据,比较ATM基因的表达差异,分析ATM表达与患者临床病理参数的相关性及预后价值,用Kaplan-Meier法进行生存分析,LinkedOmics数据库分析ATM相关基因,用R语言进行GO、KEGG富集分析。选用2019年3月至2019年12月贵州医科大学附属医院12例手术切除的胃癌及癌旁组织标本,以及胃癌细胞系AGS和BGC823,用感染复数40∶1的Hp GZ7菌感染细胞,用免疫组织化学染色法检测胃癌组织中ATM蛋白的表达,qPCR法检测胃癌组织和细胞中ATM mRNA的表达。结果:TCGA数据显示胃癌和Hp感染胃癌组织中ATM miRNA表达水平均显著高于癌旁组织(均P<0.01);胃癌组织中ATM miRNA表达与患者的T分期、AJCC分期等病理参数呈正相关(均P<0.05),ATM高表达时生存率显著降低(P<0.05)。实验检测显示,胃癌组织标本中ATM蛋白的表达水平明显高于癌旁组织(P<0.01);Hp感染胃癌细胞中ATM miRNA表达水平显著高于未感染胃癌细胞(P<0.01)。胃癌中ATM基因与NPAT等12461个基因呈正相关(P<0.05),与MIF等7764个基因呈负相关(P<0.05)。GO、KEGG富集分析显示,ATM富集到DNA修复复合体、癌症中的转录失调等信号通路。结论:ATM基因在胃癌组织中高表达,患者生存率随表达水平的增高而降低,其与患者的T分期、AJCC分期等病理参数相关,且Hp感染引起ATM表达水平升高可能是Hp引起胃癌的原因之一。

活性氧ROS在幽门螺杆菌诱导胃上皮细胞NLRP3炎症小体激活中的作用

目的探讨细胞活性氧(reactive oxygen species, ROS)在幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)诱导胃上皮细胞NLRP3炎症小体激活中的作用。方法培养Hp国际标准株NCTC11639和胃黏膜上皮细胞株GES-1。用Hp感染细胞GES-1 6 h,采用活性氧检测试剂盒检测细胞内ROS;用25 mmol/L的活性氧ROS清除剂N-乙酰半胱氨酸(N-acetylcysteine, NAC)预处理GES-1细胞30 min,再按照MOI为100∶1、200∶1加入Hp与细胞共孵育6 h和12 h,通过Western blot检测细胞内NLRP3、caspase-1 p10、ASC蛋白水平,采用ELISA检测上清液中IL-1β含量;实验设未感染对照组。结果与未感染组比较,Hp感染组细胞内ROS生成增多;无论是感染6 h还是感染12 h, NLRP3、caspase-1及ASC蛋白的表达及细胞培养上清液中IL-1β的浓度均随着感染复数的增加而增加(均P<0.05);NAC预处理后再用Hp感染,细胞NLRP3、caspase-1、ASC蛋白表达降低,IL-1β的浓度也降低(均P<0.05);Hp感染6 h和12 h结果一致。结论 ROS途径可能参与Hp对GES-1细胞NLRP3炎症小体的激活。