巨噬细胞与单核细胞的细胞骨架调控相关的差异基因表达

目的:分析单核细胞(Mo)向巨噬细胞(Mφ)分化的过程中,细胞骨架的调控相关基因及信号通路的表达变化。方法:CEO数据库获得Mo和Mφ的芯片数据,经RStudio软件分析获得差异表达基因(DEGenes),利用STRING在线工具对DEGenes构建蛋白质相互作用网络(PPI),Cytoscap软件筛选出DEGenes的核心模块;对筛选出的DEGenes的核心模块进行GO和KEGG分析。结果:Mφ相对于Mo的差异表达基因共476个,主要涉及的信号通路包括NOD样受体信号通路和吞噬体信号通路,这些通路中CCL18、CXCL8和C3等相关基因与细胞骨架的调控密切相关。结论:Mo向Mφ分化过程中细胞骨架调控相关基因的表达发生了显著改变。

基于TCGA数据库探究急性髓系白血病肿瘤突变负荷与免疫反应的相关性

目的研究急性髓系白血病(AML)患者髓内浸润性免疫细胞与肿瘤突变负荷(TMB)的相关性。方法在TCGA数据库中获取AML患者的相关的临床信息以及骨髓样本基因转录组变异数据、表达数据。使用GenVisR函数包分析Varscan2平台的AML患者的全外显子测序数据并筛选出其中突变显著的基因,采用String在线数据库进行PPI分析。

前列腺癌差异表达基因的分析及其miRNA和lncRNA的预测

目的:筛选前列腺癌的差异表达基因及其上下游的调控分子。方法:通过TCGA数据库和GEO数据库,经RSudio软件分析得到差异基因(DEGenes);采用STRING工具构建差异基因的相互作用网络、CYTOSCAPE软件筛选核心模块,并对差异基因进行GO和KEGG分析,运用mirDIP数据库预测核心基因的miRNA,登录STARBASE对miRNA进行生存分析并预测其lncRNA。结果:筛选出前列腺癌的差异表达基因共137个,GO分析结果显示有23个富集结果,KEGG分析有20个通路被富集;对7个核心差异基因进行分析,预测出2个与总体生存率相关的miRNA,这些miRNA有4个对应的lncRNA;最后构建lncRNA-mRNA互作网络。结论:从生物信息学角度对前列腺癌的差异基因进行筛选和分析,筛选出前列腺癌发生过程中的关键基因及其上下游的调控分子。

短短芽孢杆菌几丁质酶BBChi4基因的原核表达及抑菌活性研究

采用生物信息学方法分析短短芽孢杆菌GZDF3菌株几丁质酶BBChi4基因,以GZDF3菌株全基因组DNA为模版设计特异性引物,通过PCR扩增出BBChi4基因的全序列并对其测序验证。将测序验证无误的基因序列连接到原核表达载体(pET-28a),构建重组表达载体pET-28a-BBchi4,转入大肠杆菌BL21进行诱导表达,利用打孔法对诱导表达产物进行抑菌活性研究。生物信息学分析显示BBChi4基因全长为2 181 bp,编码726个氨基酸,分子量大小为77.69 kD,等电点为4.83,属于酸性几丁质酶。破碎重组表达菌体上清液SDS-PAGE电泳显示,重组蛋白质分子量大约为78 kD,与生物信息学预测结果一致。诱导表达最佳参数为1 mmol/L IPTG,30℃诱导4 h。破碎重组表达菌体上清液对半夏致病真菌(尖孢镰刀菌)有较强的拮抗作用。重组表达载体pET-28a-BBchi4的成功构建及表达为深入研究几丁质酶的功能提供科学依据。

抗伏马菌素单链抗体与碱性磷酸酶的融合表达及活性鉴定

为原核表达抗伏马菌素单链抗体-碱性磷酸酶融合蛋白并分析其活性,本研究根据抗伏马菌素单链抗体H2的基因序列设计引物,PCR扩增获得目的基因,经限制性核酸内切酶SfiⅠ和NotⅠ的酶切位点克隆到pDAP2/S载体中,转化大肠杆菌(Eschrichia coli)菌株XL1-Blue并鉴定阳性转化子。IPTG诱导H2-AP融合蛋白基因的表达,利用Western blot检测其表达情况,AP显色反应和ELISA鉴定其活性。结果显示成功构建了pDAP2/S-H2原核表达载体,融合蛋白在大肠杆菌中实现可溶性表达,并保留单链抗体和碱性磷酸酶的活性。因此,H2-AP融合蛋白通过原核表达后可用于发展伏马菌素的快速免疫检测方法。

能量耗竭诱导红细胞锚蛋白外翻触发巨噬细胞对红细胞的黏附

该研究的目的是探讨能量耗竭能否诱使红细胞锚蛋白外翻,且巨噬细胞能否黏附锚蛋白外翻的红细胞。在能量耗竭孵育后,该研究分别检测了红细胞锚蛋白外翻水平、胞内ATP浓度、胞内钙离子水平、胞内蛋白激酶C的激活和巨噬细胞对红细胞的黏附数。结果表明,红细胞经能量耗竭孵育后,胞内ATP水平孵育2 h后显著减少,6 h后ATP基本被耗尽;能量耗竭和胞外钙离子的共同孵育,促使红细胞胞内蛋白激酶C的激活以及红细胞锚蛋白外翻;锚蛋白外翻的红细胞能够被巨噬细胞黏附,且整合素αvβ3明显抑制了巨噬细胞对红细胞的黏附。结果分析表明,能量耗竭和胞外钙离子的共同孵育促使红细胞锚蛋白的外翻,这可能是在能量耗竭情况下红细胞被巨噬细胞清除的一个潜在机制,从而为研究能量代谢异常红细胞的清除提供潜在的分子基理。