建立与高通量测序试剂匹配的简化版院内流程体系

目的基于本实验室测序平台, 建立与肿瘤基因高通量测序试剂性能匹配的, 符合本实验室可实施的简化版的验证流程体系, 为临床实验室应用提供实操依据。方法标准流程选取来自不同厂家的6例DNA标准品和2例RNA标准品, 从甲醛固定石蜡包埋(formalin fixation and paraffin-embedding, FFPE)的肿瘤样本中提取DNA和RNA, 按杂交捕获实验流程制备文库后进行高通量测序, 通过6次测序分别进行重复实验、不同投入量、常见干扰物质等研究, 从下机数据质控、变异类型、肿瘤突变负荷和微卫星不稳定检出情况进行评估。基于标准流程的结果, 用同一方法原理、检测范围相近的试剂盒检测不同的参考品, 制定用时短、耗资低的简化流程, 通过准确性、特异度和灵敏度评估, 并参加国家卫生健康委临床检验中心(NCCL)室间质量评价活动。结果标准流程试剂验证评估合格, 参加NCCL室间质评合格, 但耗时长耗资大;简化流程试剂准确性、特异度、灵敏度评估合格, 参加NCCL室间质评合格。结论基于本实验室建立了简化可行的肿瘤基因检测试剂盒性能确认流程, 为院内开展肿瘤基因检测及其临床应用提供了实验室依据。