从江香猪CD53基因的组织表达和结构变异多态性研究

基于比较基因组学,在猪源白细胞表面抗原CD53基因中发现一段265 bp的结构变异(Structure Variant,SV)。为了研究该结构变异在不同猪种中的多态性变化,本研究采用RT-q PCR检测从江香猪各组织中CD53基因m RNA的表达差异,并建立了结构变异CD53-I4-SV265的PCR检测方法,应用建立的检测方法分析从江香猪与大白猪结构变异的多态性分布。结果发现,CD53基因在肺脏中表达量最高,其次在脾脏与肠中大量表达,在背最长肌与垂体中表达量最低;在从江香猪与大白猪中,该结构变异的频率分布存在明显的差异,从江香猪以缺失的DD基因型为主,大白猪均为杂合的ID基因型,从等位基因频率上看,香猪缺失的D等位基因频率明显高于大白猪。在结构变异区域中检测到多种剪接调控元件(ESE/ISE),可能影响CD53基因的表达效率和转录本加工。本文研究结果表明,CD53基因中的结构变异CD53-I4-SV265可能与香猪较强的抗病力有关。

香猪卵巢RARRES1基因第1外显子CG位点的甲基化及其与基因差异表达的关联

为验证和探索香猪卵巢转录组RNA测序检测到的视黄酸受体应答1(retinoic acid receptor responder 1,RARRES1)基因在香猪高、低产仔组之间差异表达的原因,本试验针对RARRES1基因第1外显子ATG下游富含CpG位点区段设计特异性引物,采用亚硫酸氢盐测序法(bisulfite sequencing PCR,BSP)研究卵巢RARRES1基因中的甲基化修饰水平;利用实时荧光定量PCR方法检测高、低产仔组香猪卵巢RARRES1基因的表达量,并探究其与基因甲基化水平之间的相关性。结果表明,与低产仔组相比,香猪高产仔组的甲基化水平较高;4个CpG位点均未被甲基化(CpG_7、CpG_11、CpG_12和CpG_15),另外3个CpG位点(CpG_8、CpG_17和CpG_18)基本上全部发生了甲基化。此外,与低产仔组相比,香猪高产仔组中CpG_4(P>0.05)、CpG_9(P<0.05)和CpG_16(P<0.05)位点的甲基化占比较高,而CpG_6位点在香猪低产仔组中的甲基化比例较高,两组差异极显著(P<0.01)。实时荧光定量PCR结果显示,高产仔组香猪RARRES1基因的表达水平较高(P<0.05)。Spearman相关分析结果显示,CpG_9和CpG_16两个位点的甲基化比例与RARRES1基因的表达水平高度正相关(R2=0.896,P<0.01),提示这两个位点的甲基化可能是香猪高产仔组RARRES1基因表达量较高的原因。