贵阳花溪古茶树遗传进化的SNP分析

试验采用SNP(单核苷酸多态性)技术对贵阳花溪古茶树资源的遗传多样性、群体结构和遗传进化进行了分析.结果表明,利用生物信息学分析古茶树样品的重测序数据,获得了1656258个SLAF标签,古茶树样品平均测序深度为24.21x,其中多态性的SLAF标签有462897个,共得到283376个高一致性的群体SNP标记.从基于SNP标记获得的进化树可以看出,来自相近地方的古茶树在进化树上基本上处于相近位置,但是花溪古茶树存在着广泛的遗传变异,主成分分析(PCA)获得了与进化树一致的结果.群体结构分析可清晰地把古茶树资源分为乔木型和灌木型2个类群.乔木型古茶树位于进化树下部,而灌木型古茶树处于进化树上部,表明茶树是由乔木型向灌木型进化的.

基于SLAF-seq技术的古茶树SNP位点开发

为给古茶树遗传图谱构建、分子辅助育种和物种进化等研究提供参考,以48份贵州古茶树种质为研究对象,利用SLAF-seq技术,获取大量多态性SLAF标签,进而开发一批特异性强、稳定性高的单核苷酸多态性(SNP)位点。结果表明,利用猕猴桃参考基因组进行电子酶切预测,选择HaeIII酶进行酶切,得到237773个SLAF标签,其双端比对效率为91.40%,酶切效率为96.41%,说明SLAF建库正常。测序后各样品所获得的读长数为1279534~8460233,测序质量值Q30范围为92.61%~94.88%,均值为93.84%,测序获得的GC比例为43.52%~47.18%。共开发1656258个古茶树SLAF标签,样品的平均测序深度为24.21×,其中多态性SLAF标签有462897个,根据所获得的多态性SLAF标签来统计SNP位点信息,共得到2690638个群体SNP标记,根据完整度大于0.8且次要基因频率(MAF)大于0.05的标准进行过滤,得到283376个高一致性的群体SNP标记。

水稻去泛素化酶OsUCH-L5基因的克隆及表达分析

通过生物信息学及RT-qPCR(quantitative Real-time PCR,RT-qPCR)的方法对水稻OsUCH-L5基因进行探究。生物信息学预测结果表明,该基因全长837 bp,编码278个氨基酸;OsUCH-L 5蛋白的相对分子质量为31.64 kDa,等电点为5.66,为亲水性蛋白,具备Peptidase_C 12及UCH_C结构域;系统进化树表明,与二穗短柄草(Brachypodium distachyon)BdUCH-L 5亲缘关系最近。RT-qPCR结果显示,OsUCH-L5基因具有组织特异性,在根中表达最佳;在不同干旱脱落酸(200μmol·L^(-1))、D-甘露醇(1 mmol·L^(-1))及氯化钠盐胁迫(250 mmol·L^(-1))处理下,基因表达量存在显著差异,并分别在0.5 h、6 h、12 h时表达水平最佳;在油菜素内酯(200μmol·L^(-1))处理下,在3 h时OsUCH-L5基因表达量达到最大值;同时,OsUCH-L5基因还受4℃低温和40℃高温的诱导表达,即分别在3 h和1 h时基因表达量达到最大值。因此该研究为进一步探索水稻UCH家族在调节水稻抗性、信号转导、营养以及盐分胁迫调控等过程中的作用提供基础。