兔解偶联蛋白1基因第2外显子基因多态性研究

为了解兔肉质性状特征,给兔的品种选种选育提供理论依据。本试验选取新西兰兔和加利福尼亚兔分别构建各自的DNA池,对解偶联蛋白1(uncouplingprotein 1,UCP1)基因的第2外显子及第1内含子部分序列进行扩增,扩增产物进行双向测序,利用BLAST和DNAStar分析并确定其SNP。结果分析,在新西兰兔中发现6个SNPs:T135C、C232T、T332C、C360T、T550C和A560G,其中T135C和C232T为同义突变,T332C、C360T、T550C、A560G4个突变位点位于内含子区。利用RNA在线预测软件预测UCP1基因RNA二级结构最小自由能由-917.51kJ/mol变为-866.10kJ/mol,说明SNPs对UCP1基因的RNA二级结构产生影响。

加利福尼亚兔和新西兰兔UCP1基因第5外显子多态性和生物信息学研究

本试验以加利福尼亚兔和新西兰兔为研究对象,分别用磁珠法动物基因组DNA抽提试剂盒提取新西兰兔和加利福尼亚兔的DNA,通过构建DNA池,扩增UCP1基因的第5外显子及第4内含子部分序列。扩增产物进行双向测序,利用DNAStar和BLAST分析测序结果。结果发现:在加利福尼亚兔中没有发现SNP位点,在新西兰兔中有4个多态性位点,分别为G743T、A744G、C819A和G849T,其中G743T为同义突变,A744G为错义突变,导致编码的苏氨酸(Thr)变为丙氨酸(Ala);C819A、G849T突变位点位于内含子区。多态位点的出现对UCP1基因的RNA二级结构产生的影响表现在其最小自由能由-1.93 MJ/mol变为-1.932 MJ/mol,同时SNPs位点对UCP1基因蛋白结构也有一定影响。

家兔UCP1第3外显子基因多态性研究

为了解兔肉质性状特征,给兔的品种选种选育提供理论依据,选择UCP1基因设计1对引物扩增其第3外显子及第2内含子部分序列,采用DNA池PCR反应,直接测序法快速检测比利时兔、新西兰兔和加利福尼亚兔3个兔品种UCP基因多态性。结果在新西兰兔中发现1个多态性位点(T387C),多态位点对UCP1基因的RNA结构产生影响,其最小自由能由-917.51 k J/mol变为-927.12 k J/mol,而其他2个品种没有检测到该突变。