赤水乌骨鸡线粒体Cytb基因全序列遗传和起源分析

【目的】探明赤水乌骨鸡品种群体的遗传多样性和起源进化特点,为赤水乌骨鸡的种质资源评估,遗传资源保护和利用提供理论依据。【方法】采用PCR扩增及测序技术对60只赤水乌骨鸡的Cytb基因进行全长序列研究,采用生物信息学方法进行遗传多样性及起源进化分析。【结果】赤水乌骨鸡Cytb基因序列全长为1143 bp,碱基T、C、A和G的平均占比分别是24.1%、36.4%、27.5%和12.0%。Cytb基因序列分析发现共有13个突变位点,均为颠换,单倍型多样性(Hd)为0.796,核苷酸多样性(Pi)是0.001 91,平均核苷酸差异(K)为2.180。单倍型网络图显示在赤水乌骨鸡Cytb基因序列的9种单倍型中Hap3和Hap2为优势单倍型。赤水乌骨鸡Cytb基因9种单倍型与红色原鸡5个亚种Cytb基因序列构建的系统发育树表明Hap1与GGS12聚为一类,Hap2与GGM1聚为一类,Hap6、Hap7和Hap3聚在一起,与GGM3形成一个小分支,Hap8和Hap9与GGS3、GGS4和GGM2聚在一起形成一个分支,Hap4和Hap5则是自成一支。【结论】赤水乌骨鸡群体遗传多样性较高,可能起源于原鸡滇南亚种(Gallus gallus spadiceus)和原鸡印度亚种(Gallus gallus murghi)。

赤水乌骨鸡线粒体DNA控制区遗传多样性和进化分析

为探究赤水乌骨鸡线粒体DNA控制区的遗传多样性、单倍型特征和母系起源情况,利用PCR扩增和直接测序法检测了63只赤水乌骨鸡线粒体DNA (mitochondrial DNA, mtDNA)控制区(D-loop)全序列,分析其遗传多样性和单倍型特性,并与不同红色原鸡亚种的序列进行聚类分析。结果表明,赤水乌骨鸡mtDNA D-loop区全序列共检测到29个突变位点,构成19种单倍型。遗传多样性分析表明,单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸差异数(K)分别为0.990 5±0.018 0、0.006 5±0.000 5和7.981。系统发育分析显示,赤水乌骨鸡19种单倍型可划分为A、B、C、E、G 5个单倍型群,A、B均分别与原鸡滇南亚种聚类,单倍型群C与原鸡印度亚种、原鸡滇南亚种和原鸡海南亚种聚为一类,E单倍型群分支与印度亚种和原鸡滇南亚种聚为一类。据此推测,赤水乌骨鸡遗传多样性丰富,可能有多个母系起源,主要源于原鸡滇南亚种。