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谷子RNA干扰相关酶类基因家族的鉴定与分析
被引量:
2
1
作者
张司雯
邓欣
+5 位作者
王龙
罗皓天
王禹茜
王月
李清竹
王红艳
《草业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第7期1380-1392,共13页
Dicers酶类、Argonautes蛋白以及RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerases,RDRs)是RNA干扰(RNA interference,RNAi)机制中重要的核心蛋白,但在谷子(Setaria italica)中尚无系统报道。为了研究谷子中与RNA干扰相关酶类基因的特...
Dicers酶类、Argonautes蛋白以及RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerases,RDRs)是RNA干扰(RNA interference,RNAi)机制中重要的核心蛋白,但在谷子(Setaria italica)中尚无系统报道。为了研究谷子中与RNA干扰相关酶类基因的特征,本研究对谷子的RNA干扰相关酶类基因家族进行了蛋白质理化性质、亚细胞定位预测、蛋白质保守基序、基因保守结构域、基因家族成员间系统发育关系以及组织特异性表达谱分析。研究共发现24个与谷子RNA干扰相关酶类基因,包括7个DCL(Dicers),13个AGO(Argonautes),4个RDRs。系统进化树分析表明,这些家族被分为3个进化支。同一家族基因成员具有共同的保守结构域。虽然大多数基因可同时在不同发育时期的叶、茎和穗中表达,但其在各时期的穗和茎中的表达量最高。本研究为详细探讨这些基因在谷子生殖和生长发育中的表观遗传修饰作用提供了理论依据。
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关键词
RNA干扰
基因家族
生物信息学
系统进化树
保守结构域
组织特异性表达
谷子
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职称材料
题名
谷子RNA干扰相关酶类基因家族的鉴定与分析
被引量:
2
1
作者
张司雯
邓欣
王龙
罗皓天
王禹茜
王月
李清竹
王红艳
机构
辽宁大学生命科学院/植物表观遗传与进化实验室
出处
《草业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第7期1380-1392,共13页
基金
国家自然科学基金(31100172)
辽宁省自然科学基金指导项目(20180550686)
辽宁省教育厅科学研究经费项目(LJC201909)。
文摘
Dicers酶类、Argonautes蛋白以及RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerases,RDRs)是RNA干扰(RNA interference,RNAi)机制中重要的核心蛋白,但在谷子(Setaria italica)中尚无系统报道。为了研究谷子中与RNA干扰相关酶类基因的特征,本研究对谷子的RNA干扰相关酶类基因家族进行了蛋白质理化性质、亚细胞定位预测、蛋白质保守基序、基因保守结构域、基因家族成员间系统发育关系以及组织特异性表达谱分析。研究共发现24个与谷子RNA干扰相关酶类基因,包括7个DCL(Dicers),13个AGO(Argonautes),4个RDRs。系统进化树分析表明,这些家族被分为3个进化支。同一家族基因成员具有共同的保守结构域。虽然大多数基因可同时在不同发育时期的叶、茎和穗中表达,但其在各时期的穗和茎中的表达量最高。本研究为详细探讨这些基因在谷子生殖和生长发育中的表观遗传修饰作用提供了理论依据。
关键词
RNA干扰
基因家族
生物信息学
系统进化树
保守结构域
组织特异性表达
谷子
Keywords
RNA interference
gene family
bioinformatics
phylogenetic tree
conserved domain
tissue specific expression
Setaria italica
分类号
S515 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
谷子RNA干扰相关酶类基因家族的鉴定与分析
张司雯
邓欣
王龙
罗皓天
王禹茜
王月
李清竹
王红艳
《草业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2021
2
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