生物信息学分析FERMT1在膀胱癌组织中的表达及意义

目的:生物信息学分析FERMT1在膀胱癌组织中的表达水平及其与病理参数的关系,并进而挖掘其突变信息及调控网络。方法:首先利用GEPIA数据库分析FERMT1在多种癌症中的表达水平,进而利用Oncomine及THPA等在线网站分析膀胱癌组织中FERMT1基因的mRNA及蛋白质表达情况;利用在线UALCAN数据库展现FERMT1与临床病理参数间的关系;cBioPortal在线数据库分析FERMT1基因的突变情况;LinkedOmics软件探究与FERMT1共表达的基因及基因富集分析。结果:FERMT1在多数癌症中呈现高表达,在膀胱癌组织中mRNA及蛋白水平均发生明显上调,且FERMT1表达水平与膀胱癌临床病理参数密切相关;同时,FERMT1基因发生多种类型的拷贝数突变,其中错义突变最为常见;FERMT1与多种基因存在共表达关系,进一步的富集分析展示这些基因在多种生物学过程中发挥重要作用。结论:本研究有效地揭示了FERMT1在膀胱癌组织中的表达信息及潜在的调控网络,为进一步研究FERMT1在膀胱癌组织发生发展中的作用奠定了理论基础。

ANGPT1基因在肺腺癌组织中的表达及其预后价值分析

目的:探索血管生成素1(angiopoietin 1,ANGPT1)在肺腺癌组织中的表达及预后意义。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库收集肺腺癌和肺鳞癌数据,并下载ANGPT1基因表达谱资料及临床信息资料。采用t检验明确ANGPT1在肺癌组织和正常组织中的表达差异,χ2检验分析ANGPT1基因表达与肺腺癌患者临床病理特征的相关性,Log-rank检验进行生存分析;利用基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)方法,预测肺腺癌中可能受ANGPT1调控的相关通路。结果:ANGPT1基因在肺癌组织中低表达;其表达水平与T分期(P=0.013)呈负相关;ANGPT1低表达的肺腺癌患者预后明显差于高表达患者(P=0.006),是影响肺腺癌预后的独立保护因素(P<0.05)。GSEA结果显示,ANGPT1可能通过调节G2M检查点、DNA损伤修复、凋亡、mTOR信号、MYC信号、有丝分裂纺锤体等细胞增殖相关通路影响肺腺癌的发生发展。结论:ANGPT1是肺腺癌的独立预后保护因素,可能成为肺腺癌的潜在预后标志物和治疗靶点。

数据挖掘分析GALNT5在胰腺癌中的表达及意义

目的:数据挖掘分析GALNT5在胰腺癌中的表达水平,并评价其与病理分期的关系及对预后的影响。方法:利用Oncomine和THPA等肿瘤生物信息学在线分析网站,挖掘大型癌症公共数据库TCGA中胰腺癌患者GALNT5基因的mRNA及蛋白质表达信息。基于Kaplan-Meier方法和Log-rank检验,利用GEPIA数据库分析GALNT5基因的表达水平与胰腺癌病理分期和预后之间的关系。String-DB数据库用于构建GALNT5基因的蛋白质-蛋白质相互作用网络。结果:与正常胰腺组织相比,胰腺癌组织中GALNT5基因的mRNA和蛋白表达明显升高。GALNT5基因表达水平越高,肿瘤病理分期越高。生存分析表明,与低表达组相比,GALNT5高表达组胰腺癌患者的总生存期和无病生存期明显降低。蛋白质相互作用网络结果表明,GALNT5蛋白表达与黏蛋白家族成员密切相关。结论:胰腺癌组织中GALNT5基因的高表达表明胰腺癌患者预后较差,并且与肿瘤病理分期呈正相关。GALNT5基因可能是将来治疗胰腺癌的潜在新靶标。