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鱼类趋化因子基因的研究
被引量:
8
1
作者
赫崇波
王强
+2 位作者
刘卫东
周遵春
徐晓虹
《水产科学》
CAS
北大核心
2006年第7期367-370,共4页
关键词
鱼类
趋化因子
先天免疫
基因
下载PDF
职称材料
辽东湾斑海豹线粒体苏氨酸和脯氨酸及控制区部分序列分析
被引量:
9
2
作者
韩家波
赫崇波
+4 位作者
王效敏
王强
马志强
周遵春
王丕烈
《水产科学》
CAS
北大核心
2007年第2期74-78,共5页
通过PCR产物测序法,测定了46只辽东湾斑海豹线粒体DNA的一段包括部分苏氨酸和脯氨酸tRNA基因及部分控制区的717 bp序列,得到17个序列单元型。与港海豹相比,所有辽东湾斑海豹17个单元型在控制区序列中都有2处缺失,是区分港海豹和斑海豹...
通过PCR产物测序法,测定了46只辽东湾斑海豹线粒体DNA的一段包括部分苏氨酸和脯氨酸tRNA基因及部分控制区的717 bp序列,得到17个序列单元型。与港海豹相比,所有辽东湾斑海豹17个单元型在控制区序列中都有2处缺失,是区分港海豹和斑海豹的种间分子标记。与日本海和鄂霍次克海区斑海豹m tDNA相同片段进行比较研究,发现辽东湾斑海豹的线粒体控制区DNA的单元型比例相对较少,遗传多样性水平相对较低。辽东湾斑海豹m tDNA的16296位点即苏氨酸tRNA基因序列的最后一位有1个C碱基的插入,16607位点存在T/C转换,这两个变异位点是鉴别辽东湾斑海豹与日本及鄂霍次克海区斑海豹的重要分子标记。初步表明,辽东湾斑海豹与日本海、鄂霍次克海斑海豹是属于不同的地理种群,或者辽东湾斑海豹同这两个海区斑海豹未发生基因交流或者雌性个体的相互交流。
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关键词
辽东湾
斑海豹
线粒体
种群遗传
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职称材料
鱼类CC趋化因子基因及其系统进化分析
被引量:
6
3
作者
赫崇波
木云雷
+2 位作者
王志松
周遵春
刘卫东
《中国水产科学》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第1期119-127,共9页
CC趋化因子(CC Chemokine)是一类能够促进动物体内炎症部位的各种白细胞的补充、激活和黏附的趋化性细胞因子家族,是鱼类天然免疫系统的重要组成部分。趋化因子也是当今国际鱼类分子免疫学研究的热点之一。本研究通过比较基因组学和生...
CC趋化因子(CC Chemokine)是一类能够促进动物体内炎症部位的各种白细胞的补充、激活和黏附的趋化性细胞因子家族,是鱼类天然免疫系统的重要组成部分。趋化因子也是当今国际鱼类分子免疫学研究的热点之一。本研究通过比较基因组学和生物信息学的方法,分析了虹鳟(Oncorhynchus mykiss)、牙鲆(Paralichthys olivaceus)和斑点叉尾(Ictalurus punctatus)等重要经济鱼类的CC趋化因子基因结构特点和功能,并采用Clustal X的NJ法对所有新的CC趋化因子和先前发表的鱼类趋化因子与其他动物的CC趋化因子进行系统进化分析,建立了3个独特的包含非鱼类CC趋化因子的直向进化同源组。第1个直向进化同源组建立于人的CCL27和CCL28,有丽鱼科(Cichlidae)Melanochromisauratus和Paralabidochromis chilotes的SCYA101、SCYA101a、大西洋鲑(Salmo salar)的CB510320、斑马鱼(Danio rerio)的BI839410、虹鳟的CK11、斑点叉尾的BM027974和BM029630;第2个直向进化同源组是以人类CCL20建立的,包括虹鳟的CK8a、CK8b、斑点叉尾的SCYA112和鸡(Gallus gallus)AAK84434,其中鸡的序列与人的CCL20最相近(与其他鱼类CC趋化因子相比);第3个直向进化同源组是以鸡的XP_424980和蓝(Ictalurus furcatus)的SCYA109建立的。所有其他鱼类CC趋化因子都没有归类到非鱼类CC趋化因子的同源组中。为了进一步分析鱼类CC趋化因子和哺乳类CC趋化因子间的关系,采用Clustal W的非自举检验(Bootstrapping)启发式搜索(heuristic search)比对法对这些CC趋化因子进行归类分析,结果得到7个潜在的直向进化同源组,包括含有4个鱼类CC趋化因子的CCL20直向进化同源组、5个鱼类CC趋化因子的CCL24直向进化同源组、8个鱼类CC趋化因子的CCL22直向进化同源组、4个鱼类CC趋化因子的CCL17直向进化同源组、15个鱼类CC趋化因子的CCL25直向进化同源组,7个鱼类CC趋化因子的CCL27/CCL28和17个鱼类CC趋化因子的CCL19/CCL21直向进化同源组。趋化因子的研究将有助于更好地了解鱼类抗病性与天然免疫性的关系。[中国水产科学,2006,13(1):119-127]
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关键词
鱼类
天然免疫
CC趋化因子
基因
系统发生学
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职称材料
5种经济海胆线粒体16S rRNA基因片段的序列分析
被引量:
8
4
作者
刘晓慧
黄佳琪
+1 位作者
周遵春
董颖
《水产科学》
CAS
北大核心
2007年第6期331-334,共4页
对光棘球海胆、中间球海胆、马粪海胆,海刺猬和紫海胆线粒体DNA 16SrRNA基因片段进行了PCR扩增和测序,得到395 bp的可信片段。通过ClustalX 1.83和Mega 3.0软件对所得线粒体16SrRNA片段序列进行比较,共检测到118个碱基变异,其中简约信...
对光棘球海胆、中间球海胆、马粪海胆,海刺猬和紫海胆线粒体DNA 16SrRNA基因片段进行了PCR扩增和测序,得到395 bp的可信片段。通过ClustalX 1.83和Mega 3.0软件对所得线粒体16SrRNA片段序列进行比较,共检测到118个碱基变异,其中简约信息位点为33个。应用Mega 3.0计算各种间的相对遗传距离,以糙海参为外类群,得到NJ系统树和MP系统树,系统树各分支的置信度由“Bootstrap”1000次循环检验。结果表明,马粪海胆与光棘球海胆的亲缘关系较近,其次为中间球海胆,而紫海胆、海刺猬与这3种海胆的关系相对较远。
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关键词
光棘球海胆
中间球海胆
海刺猬
马粪海胆
紫海胆
线粒体DNA
16S
RRNA基因
序列分析
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职称材料
光棘球海胆的主要卵黄蛋白cDNA序列分析
被引量:
5
5
作者
周遵春
包振民
+3 位作者
董颖
赫崇波
韩家波
王丽梅
《中国水产科学》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第3期352-359,共8页
提取成熟光棘球海胆(Strongylocentrotus nudus)性腺中的RNA做模板,根据NCBI数据库中已知海胆(编号:AB097218、AB192414、AY090112)主要卵黄蛋白MYP cDNA保守序列设计引物,用LA PCR方式分段扩增并测序得到了光棘球海胆MYP cDNA的全序列...
提取成熟光棘球海胆(Strongylocentrotus nudus)性腺中的RNA做模板,根据NCBI数据库中已知海胆(编号:AB097218、AB192414、AY090112)主要卵黄蛋白MYP cDNA保守序列设计引物,用LA PCR方式分段扩增并测序得到了光棘球海胆MYP cDNA的全序列。扩增的cDNA全长4 061 bp,包含4 047 bp的开放阅读框,共编码1 349个氨基酸。用CluxtalX1.83对光棘球海胆与其他几种已知海胆MYP cDNA及推导的氨基酸序列进行比对,用Mega3.01计算遗传距离及构建进化树,结果表明,光棘球海胆与其他7种海胆的MYP具有高度的同源性。从氨基酸水平上看,光棘球海胆与红海胆(Pseudocentrotus depressus)亲缘关系最近,遗传距离为0.069±0.01;与同科的马粪海胆(Hemicentrotus pulcher-rimus)、紫球海胆(S.purpuratus)、中间球海胆(S.intermedius)的遗传距离分别是0.095±0.012、0.098±0.011和0.101±0.012;与白棘三列海胆(Tripneustes gratilla)、拟球海胆(Paracentrotus lividus)及绿海胆(Lytechinus variega-tus)亲缘关系相对较远,遗传距离分别是0.216±0.017、0.218±0.017和0.535±0.028。获得光棘球海胆MYP
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关键词
光棘球海胆
主要卵黄蛋白cDNA
序列分析
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职称材料
圆斑星鲽mtDNA控制区结构
被引量:
1
6
作者
曹洁
刘卫东
+3 位作者
葛陇利
高祥刚
鲍相渤
赫崇波
《水产科学》
CAS
北大核心
2007年第12期678-681,共4页
对圆斑星鲽m tDNA控制区序列及鲽形目鱼类鲽科的条斑星鲽、大西洋黄盖鲽、马舌鲽,美洲拟庸鲽和鲆科的牙鲆以及鳎科的欧洲鳎、塞内加尔鳎、沙鳎控制区进行了比较分析。结果表明,圆斑星鲽的控制区序列可分为扩展终止相关序列区(ETAS)、中...
对圆斑星鲽m tDNA控制区序列及鲽形目鱼类鲽科的条斑星鲽、大西洋黄盖鲽、马舌鲽,美洲拟庸鲽和鲆科的牙鲆以及鳎科的欧洲鳎、塞内加尔鳎、沙鳎控制区进行了比较分析。结果表明,圆斑星鲽的控制区序列可分为扩展终止相关序列区(ETAS)、中央保守区(CSB-A、B、C、D、E、F)、保守序列区(CSB1、CSB2、CSB3)和串联重复序列区(Tandem repeat region)。通过与其他脊椎动物线粒体控制区序列的比较,发现鲽形目的鲆、鲽类和鳎类与两栖纲的无尾类在CSB-3之后存在相似的串联重复序列。
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关键词
圆斑星鲽
鲽形目
线粒体控制区
串联重复序列
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职称材料
题名
鱼类趋化因子基因的研究
被引量:
8
1
作者
赫崇波
王强
刘卫东
周遵春
徐晓虹
机构
辽宁省海洋水产科学研究院辽宁省海洋水产分子生物学重点实验室辽宁省应用海洋生物技术开放实验室
辽宁
师范大学生命
科学
院
出处
《水产科学》
CAS
北大核心
2006年第7期367-370,共4页
基金
国家自然科学基金资助项目(30571410)
国家海洋科技推进平台项目(20050825)
关键词
鱼类
趋化因子
先天免疫
基因
Keywords
Fish
chemokine
innate immunity
gene
分类号
Q343.1 [生物学—遗传学]
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职称材料
题名
辽东湾斑海豹线粒体苏氨酸和脯氨酸及控制区部分序列分析
被引量:
9
2
作者
韩家波
赫崇波
王效敏
王强
马志强
周遵春
王丕烈
机构
辽宁省海洋水产科学研究院辽宁省海洋水产分子生物学重点实验室辽宁省应用海洋生物技术开放实验室
辽宁
师范大学
实验
分析中心
出处
《水产科学》
CAS
北大核心
2007年第2期74-78,共5页
基金
国家"908"项目辽宁专项
文摘
通过PCR产物测序法,测定了46只辽东湾斑海豹线粒体DNA的一段包括部分苏氨酸和脯氨酸tRNA基因及部分控制区的717 bp序列,得到17个序列单元型。与港海豹相比,所有辽东湾斑海豹17个单元型在控制区序列中都有2处缺失,是区分港海豹和斑海豹的种间分子标记。与日本海和鄂霍次克海区斑海豹m tDNA相同片段进行比较研究,发现辽东湾斑海豹的线粒体控制区DNA的单元型比例相对较少,遗传多样性水平相对较低。辽东湾斑海豹m tDNA的16296位点即苏氨酸tRNA基因序列的最后一位有1个C碱基的插入,16607位点存在T/C转换,这两个变异位点是鉴别辽东湾斑海豹与日本及鄂霍次克海区斑海豹的重要分子标记。初步表明,辽东湾斑海豹与日本海、鄂霍次克海斑海豹是属于不同的地理种群,或者辽东湾斑海豹同这两个海区斑海豹未发生基因交流或者雌性个体的相互交流。
关键词
辽东湾
斑海豹
线粒体
种群遗传
Keywords
Liaodong Gulf
Phoca largha
mtDNA
population genetics
分类号
S968.82 [农业科学—水产养殖]
下载PDF
职称材料
题名
鱼类CC趋化因子基因及其系统进化分析
被引量:
6
3
作者
赫崇波
木云雷
王志松
周遵春
刘卫东
机构
辽宁省海洋水产科学研究院辽宁省海洋水产分子生物学重点实验室辽宁省应用海洋生物技术开放实验室
出处
《中国水产科学》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第1期119-127,共9页
基金
国家自然科学基金资助项目(30571410)
辽宁省海洋水产科学研究院归国博士科研启动基金项目(2004001)
文摘
CC趋化因子(CC Chemokine)是一类能够促进动物体内炎症部位的各种白细胞的补充、激活和黏附的趋化性细胞因子家族,是鱼类天然免疫系统的重要组成部分。趋化因子也是当今国际鱼类分子免疫学研究的热点之一。本研究通过比较基因组学和生物信息学的方法,分析了虹鳟(Oncorhynchus mykiss)、牙鲆(Paralichthys olivaceus)和斑点叉尾(Ictalurus punctatus)等重要经济鱼类的CC趋化因子基因结构特点和功能,并采用Clustal X的NJ法对所有新的CC趋化因子和先前发表的鱼类趋化因子与其他动物的CC趋化因子进行系统进化分析,建立了3个独特的包含非鱼类CC趋化因子的直向进化同源组。第1个直向进化同源组建立于人的CCL27和CCL28,有丽鱼科(Cichlidae)Melanochromisauratus和Paralabidochromis chilotes的SCYA101、SCYA101a、大西洋鲑(Salmo salar)的CB510320、斑马鱼(Danio rerio)的BI839410、虹鳟的CK11、斑点叉尾的BM027974和BM029630;第2个直向进化同源组是以人类CCL20建立的,包括虹鳟的CK8a、CK8b、斑点叉尾的SCYA112和鸡(Gallus gallus)AAK84434,其中鸡的序列与人的CCL20最相近(与其他鱼类CC趋化因子相比);第3个直向进化同源组是以鸡的XP_424980和蓝(Ictalurus furcatus)的SCYA109建立的。所有其他鱼类CC趋化因子都没有归类到非鱼类CC趋化因子的同源组中。为了进一步分析鱼类CC趋化因子和哺乳类CC趋化因子间的关系,采用Clustal W的非自举检验(Bootstrapping)启发式搜索(heuristic search)比对法对这些CC趋化因子进行归类分析,结果得到7个潜在的直向进化同源组,包括含有4个鱼类CC趋化因子的CCL20直向进化同源组、5个鱼类CC趋化因子的CCL24直向进化同源组、8个鱼类CC趋化因子的CCL22直向进化同源组、4个鱼类CC趋化因子的CCL17直向进化同源组、15个鱼类CC趋化因子的CCL25直向进化同源组,7个鱼类CC趋化因子的CCL27/CCL28和17个鱼类CC趋化因子的CCL19/CCL21直向进化同源组。趋化因子的研究将有助于更好地了解鱼类抗病性与天然免疫性的关系。[中国水产科学,2006,13(1):119-127]
关键词
鱼类
天然免疫
CC趋化因子
基因
系统发生学
Keywords
fish
innate immunity
CC chemokine
gene
phylogenetics
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
下载PDF
职称材料
题名
5种经济海胆线粒体16S rRNA基因片段的序列分析
被引量:
8
4
作者
刘晓慧
黄佳琪
周遵春
董颖
机构
辽宁省海洋水产科学研究院辽宁省海洋水产分子生物学重点实验室辽宁省应用海洋生物技术开放实验室
辽宁
青岛市城阳区
海洋
与渔业局
出处
《水产科学》
CAS
北大核心
2007年第6期331-334,共4页
基金
辽宁省自然科学基金资助项目(20042127)
大连市优秀青年科技人才基金资助项目(S2006J23JH029)
文摘
对光棘球海胆、中间球海胆、马粪海胆,海刺猬和紫海胆线粒体DNA 16SrRNA基因片段进行了PCR扩增和测序,得到395 bp的可信片段。通过ClustalX 1.83和Mega 3.0软件对所得线粒体16SrRNA片段序列进行比较,共检测到118个碱基变异,其中简约信息位点为33个。应用Mega 3.0计算各种间的相对遗传距离,以糙海参为外类群,得到NJ系统树和MP系统树,系统树各分支的置信度由“Bootstrap”1000次循环检验。结果表明,马粪海胆与光棘球海胆的亲缘关系较近,其次为中间球海胆,而紫海胆、海刺猬与这3种海胆的关系相对较远。
关键词
光棘球海胆
中间球海胆
海刺猬
马粪海胆
紫海胆
线粒体DNA
16S
RRNA基因
序列分析
Keywords
Strongylocentrotus nudus
S. intermedius
Glyptaidaris crenularis
mtDNA
16S rRNA
sequence analysis
分类号
S968.9 [农业科学—水产养殖]
下载PDF
职称材料
题名
光棘球海胆的主要卵黄蛋白cDNA序列分析
被引量:
5
5
作者
周遵春
包振民
董颖
赫崇波
韩家波
王丽梅
机构
中国
海洋
大学生命
科学
与
技术
学部
辽宁省海洋水产科学研究院辽宁省海洋水产分子生物学重点实验室辽宁省应用海洋生物技术开放实验室
出处
《中国水产科学》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第3期352-359,共8页
基金
辽宁省自然科学基金项目资助(20042127)
文摘
提取成熟光棘球海胆(Strongylocentrotus nudus)性腺中的RNA做模板,根据NCBI数据库中已知海胆(编号:AB097218、AB192414、AY090112)主要卵黄蛋白MYP cDNA保守序列设计引物,用LA PCR方式分段扩增并测序得到了光棘球海胆MYP cDNA的全序列。扩增的cDNA全长4 061 bp,包含4 047 bp的开放阅读框,共编码1 349个氨基酸。用CluxtalX1.83对光棘球海胆与其他几种已知海胆MYP cDNA及推导的氨基酸序列进行比对,用Mega3.01计算遗传距离及构建进化树,结果表明,光棘球海胆与其他7种海胆的MYP具有高度的同源性。从氨基酸水平上看,光棘球海胆与红海胆(Pseudocentrotus depressus)亲缘关系最近,遗传距离为0.069±0.01;与同科的马粪海胆(Hemicentrotus pulcher-rimus)、紫球海胆(S.purpuratus)、中间球海胆(S.intermedius)的遗传距离分别是0.095±0.012、0.098±0.011和0.101±0.012;与白棘三列海胆(Tripneustes gratilla)、拟球海胆(Paracentrotus lividus)及绿海胆(Lytechinus variega-tus)亲缘关系相对较远,遗传距离分别是0.216±0.017、0.218±0.017和0.535±0.028。获得光棘球海胆MYP
关键词
光棘球海胆
主要卵黄蛋白cDNA
序列分析
Keywords
Strongylocentrotus nudus
major yolk protein (MYP) cDNA
sequence analysis
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
下载PDF
职称材料
题名
圆斑星鲽mtDNA控制区结构
被引量:
1
6
作者
曹洁
刘卫东
葛陇利
高祥刚
鲍相渤
赫崇波
机构
大连
水产
学院生命与
技术
学院
辽宁省海洋水产科学研究院辽宁省海洋水产分子生物学重点实验室辽宁省应用海洋生物技术开放实验室
出处
《水产科学》
CAS
北大核心
2007年第12期678-681,共4页
基金
国家海洋局资助项目(2005-2007)
文摘
对圆斑星鲽m tDNA控制区序列及鲽形目鱼类鲽科的条斑星鲽、大西洋黄盖鲽、马舌鲽,美洲拟庸鲽和鲆科的牙鲆以及鳎科的欧洲鳎、塞内加尔鳎、沙鳎控制区进行了比较分析。结果表明,圆斑星鲽的控制区序列可分为扩展终止相关序列区(ETAS)、中央保守区(CSB-A、B、C、D、E、F)、保守序列区(CSB1、CSB2、CSB3)和串联重复序列区(Tandem repeat region)。通过与其他脊椎动物线粒体控制区序列的比较,发现鲽形目的鲆、鲽类和鳎类与两栖纲的无尾类在CSB-3之后存在相似的串联重复序列。
关键词
圆斑星鲽
鲽形目
线粒体控制区
串联重复序列
Keywords
Verasper variegatus
Pleuronectiformes
mtDNA control region
tandem repeats
分类号
Q786 [生物学—分子生物学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
鱼类趋化因子基因的研究
赫崇波
王强
刘卫东
周遵春
徐晓虹
《水产科学》
CAS
北大核心
2006
8
下载PDF
职称材料
2
辽东湾斑海豹线粒体苏氨酸和脯氨酸及控制区部分序列分析
韩家波
赫崇波
王效敏
王强
马志强
周遵春
王丕烈
《水产科学》
CAS
北大核心
2007
9
下载PDF
职称材料
3
鱼类CC趋化因子基因及其系统进化分析
赫崇波
木云雷
王志松
周遵春
刘卫东
《中国水产科学》
CAS
CSCD
北大核心
2006
6
下载PDF
职称材料
4
5种经济海胆线粒体16S rRNA基因片段的序列分析
刘晓慧
黄佳琪
周遵春
董颖
《水产科学》
CAS
北大核心
2007
8
下载PDF
职称材料
5
光棘球海胆的主要卵黄蛋白cDNA序列分析
周遵春
包振民
董颖
赫崇波
韩家波
王丽梅
《中国水产科学》
CAS
CSCD
北大核心
2006
5
下载PDF
职称材料
6
圆斑星鲽mtDNA控制区结构
曹洁
刘卫东
葛陇利
高祥刚
鲍相渤
赫崇波
《水产科学》
CAS
北大核心
2007
1
下载PDF
职称材料
已选择
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