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白及蔗糖合酶基因结构与功能的生物信息学分析
被引量:
2
1
作者
罗才林
徐德林
+5 位作者
钱刚
潘胤池
陈红波
谢欣
上官燕妮
李林
《遵义医学院学报》
2018年第2期170-175,共6页
目的蔗糖合酶(Sucrose Synthase)是植物蔗糖代谢途径中的关键酶,在植物的生长发育过程中具有重要作用。分析蔗糖合酶的核酸序列信息,预测其蛋白结构与功能,对进一步揭示该酶生物学功能具有重要指导意义。方法将从白及转录组数据库中筛...
目的蔗糖合酶(Sucrose Synthase)是植物蔗糖代谢途径中的关键酶,在植物的生长发育过程中具有重要作用。分析蔗糖合酶的核酸序列信息,预测其蛋白结构与功能,对进一步揭示该酶生物学功能具有重要指导意义。方法将从白及转录组数据库中筛选得到蔗糖合酶核酸序列,采用生物信息学软件进行全长核酸序列信息与氨基酸结构分析。结果该基因全长2 957 bp,编码816氨基酸。蛋白结构预测表明分子量为93.09 k D,理论等电点(p I)为5.97。该蛋白质二级结构主要为α-螺旋结构和无规则卷曲结构,结构域分析则发现该蛋白含有蔗糖合酶功能域和糖基转移功能域。同时,该蛋白与铁皮石斛氨基酸序列高度相似,达91.54%。以其与15种近源物种的蔗糖合酶氨基酸序列构建进化树,分析表明白及与铁皮石斛在进化关系上最近。结论该基因具有典型蔗糖合酶的结构特征,氨基酸序列及核酸序列与同源物种相似度高,在进化上高度保守。
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关键词
白及
蔗糖合酶
生物信息学分析
进化分析
下载PDF
职称材料
千里光β-葡萄糖苷酶基因(ScBG1)的序列特征与表达分析
2
作者
钱倩
钱秋博言
+3 位作者
唐加
李林
徐德林
钱刚
《中药材》
CAS
北大核心
2017年第9期2036-2041,共6页
目的:探讨千里光β-葡萄糖苷酶(β-glucosidase,BG)基因(ScBG1)的序列特征及表达与抗菌性状的关系。方法:利用生物信息学软件分析千里光BG蛋白的序列特征、结构域,通过实时荧光定量PCR法(qRT-PCR)检测ScBG1基因在不同抗菌性状的亲本及...
目的:探讨千里光β-葡萄糖苷酶(β-glucosidase,BG)基因(ScBG1)的序列特征及表达与抗菌性状的关系。方法:利用生物信息学软件分析千里光BG蛋白的序列特征、结构域,通过实时荧光定量PCR法(qRT-PCR)检测ScBG1基因在不同抗菌性状的亲本及其杂交F1代的转录累积水平。结果:千里光BG蛋白一级结构由459个氨基酸残基构成,C端保守基元序列是该蛋白的功能结构域;亚细胞定位分析结果显示BG蛋白分布于细胞质膜、线粒体膜和线粒体膜间腔;ScBG1基因转录累积水平与抗菌性状呈正相关。结论:千里光β-葡萄糖苷酶催化产物参与抗菌性状的次生代谢信号传导网络,其抗菌生理功能表现为核基因组与线粒体基因组共同控制的数量性状。
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关键词
千里光
Β-葡萄糖苷酶基因
生物信息学
正反交
实时荧光定量PCR
下载PDF
职称材料
金钗石斛原生质体的制备与融合
3
作者
徐德林
储士润
+4 位作者
潘胤池
郑明辉
钱刚
陈芳
李林
《中国细胞生物学学报》
CAS
CSCD
2016年第8期935-944,共10页
以金钗石斛(Dendrobium nobile Lindl.)再生苗的幼嫩叶片为实验材料,以原生质体活力率为评价指标,用正交试验设计对原生质体制备过程中的纤维素酶浓度、果胶酶浓度、离析酶浓度和酶解时间四个关键因素进行最佳组合筛选,发现当纤维素酶为...
以金钗石斛(Dendrobium nobile Lindl.)再生苗的幼嫩叶片为实验材料,以原生质体活力率为评价指标,用正交试验设计对原生质体制备过程中的纤维素酶浓度、果胶酶浓度、离析酶浓度和酶解时间四个关键因素进行最佳组合筛选,发现当纤维素酶为9.5 mg/m L、果胶酶为5.0 mg/m L、离析酶为6.0 mg/m L、酶解时间为3.0 h的组合条件下,制备的原生质体活力率最高,为94.42%。在此基础上,采用高钙高pH值结合PEG4000诱导法进行原生质体融合研究,以高活力的赤水和瑞丽金钗石斛原生质体为材料,以异核体融合率为评价指标,用响应面法优化设计对原生质体融合过程中的PEG浓度、CaCl_2浓度、pH和融合时间四个因素进行最佳组合筛选,发现当PEG4000浓度为38.41%、CaCl_2浓度为0.44 mol/L、pH为9.26、融合时间为28.87 min的组合条件下,异核体融合率达到最高,为0.924%。同时,响应面法分析还发现,PEG浓度和CaCl_2浓度之间、PEG浓度和pH之间、CaCl_2浓度和融合时间两个因素共同对异核体融合率有显著影响。此外,响应面分析还发现,当pH为9.26时,PEG浓度、CaCl_2浓度和融合时间的值在一定范围内变化并不会显著影响异核体融合率的值,数值均维持在0.94%左右。该研究完善了金钗石斛原生质体制备和融合的技术体系,为金钗石斛种质资源的保护、拓展和新品种选育提供了实验材料,为其他近缘物种的相关研究提供了实验参考。
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关键词
金钗石斛
原生质体制备
原生质体融合
正交试验法
响应面法
原文传递
题名
白及蔗糖合酶基因结构与功能的生物信息学分析
被引量:
2
1
作者
罗才林
徐德林
钱刚
潘胤池
陈红波
谢欣
上官燕妮
李林
机构
遵义医学院医学细胞生物学教研室
出处
《遵义医学院学报》
2018年第2期170-175,共6页
基金
国家自然科学基金资助项目(NO:31560079
31560087)
+3 种基金
贵州省科学技术基金资助项目(NO:黔科合LH字[2014]7549)
遵义市2014年度"15851"人才工程项目(NO:201424)
贵州省科技厅青年科技人才成长项目(NO:黔教合KY字[2017]194)
遵义医学院博士启动基金项目(NO:F-809)
文摘
目的蔗糖合酶(Sucrose Synthase)是植物蔗糖代谢途径中的关键酶,在植物的生长发育过程中具有重要作用。分析蔗糖合酶的核酸序列信息,预测其蛋白结构与功能,对进一步揭示该酶生物学功能具有重要指导意义。方法将从白及转录组数据库中筛选得到蔗糖合酶核酸序列,采用生物信息学软件进行全长核酸序列信息与氨基酸结构分析。结果该基因全长2 957 bp,编码816氨基酸。蛋白结构预测表明分子量为93.09 k D,理论等电点(p I)为5.97。该蛋白质二级结构主要为α-螺旋结构和无规则卷曲结构,结构域分析则发现该蛋白含有蔗糖合酶功能域和糖基转移功能域。同时,该蛋白与铁皮石斛氨基酸序列高度相似,达91.54%。以其与15种近源物种的蔗糖合酶氨基酸序列构建进化树,分析表明白及与铁皮石斛在进化关系上最近。结论该基因具有典型蔗糖合酶的结构特征,氨基酸序列及核酸序列与同源物种相似度高,在进化上高度保守。
关键词
白及
蔗糖合酶
生物信息学分析
进化分析
Keywords
Bletilla striata
sucrose synthase
bioinformatic analysis
phylogenetic analysis
分类号
Q75 [生物学—分子生物学]
下载PDF
职称材料
题名
千里光β-葡萄糖苷酶基因(ScBG1)的序列特征与表达分析
2
作者
钱倩
钱秋博言
唐加
李林
徐德林
钱刚
机构
遵义
医学院
临床
医学
系
黔南民族
医学
高等专科学校
遵义医学院医学细胞生物学教研室
出处
《中药材》
CAS
北大核心
2017年第9期2036-2041,共6页
基金
国家自然科学基金(31560087)
贵州省大学生创新创业训练计划项目(201610661016)
遵义医学院大学生创新项目([2015]5021)
文摘
目的:探讨千里光β-葡萄糖苷酶(β-glucosidase,BG)基因(ScBG1)的序列特征及表达与抗菌性状的关系。方法:利用生物信息学软件分析千里光BG蛋白的序列特征、结构域,通过实时荧光定量PCR法(qRT-PCR)检测ScBG1基因在不同抗菌性状的亲本及其杂交F1代的转录累积水平。结果:千里光BG蛋白一级结构由459个氨基酸残基构成,C端保守基元序列是该蛋白的功能结构域;亚细胞定位分析结果显示BG蛋白分布于细胞质膜、线粒体膜和线粒体膜间腔;ScBG1基因转录累积水平与抗菌性状呈正相关。结论:千里光β-葡萄糖苷酶催化产物参与抗菌性状的次生代谢信号传导网络,其抗菌生理功能表现为核基因组与线粒体基因组共同控制的数量性状。
关键词
千里光
Β-葡萄糖苷酶基因
生物信息学
正反交
实时荧光定量PCR
Keywords
Senecio scandens Buch. -Ham. ex D. Don
β-Glucosidase gene( ScBG1 )
Bioinformatics
Reciprocal crosses
Quantitative real-time PCR(qRT-PCR)
分类号
R282.71 [医药卫生—中药学]
下载PDF
职称材料
题名
金钗石斛原生质体的制备与融合
3
作者
徐德林
储士润
潘胤池
郑明辉
钱刚
陈芳
李林
机构
遵义医学院医学细胞生物学教研室
江油市第二人民医院检验科
出处
《中国细胞生物学学报》
CAS
CSCD
2016年第8期935-944,共10页
基金
国家自然科学基金(批准号:31560079)
贵州省教育厅2014年大学生创新创业训练计划项目(批准号:201410661007)
+2 种基金
贵州省中药现代化科技产业研究开发专项(批准号:黔科合ZY字[2013]3002号)
遵义医学院招标项目(批准号:F-551
F-611)资助的课题~~
文摘
以金钗石斛(Dendrobium nobile Lindl.)再生苗的幼嫩叶片为实验材料,以原生质体活力率为评价指标,用正交试验设计对原生质体制备过程中的纤维素酶浓度、果胶酶浓度、离析酶浓度和酶解时间四个关键因素进行最佳组合筛选,发现当纤维素酶为9.5 mg/m L、果胶酶为5.0 mg/m L、离析酶为6.0 mg/m L、酶解时间为3.0 h的组合条件下,制备的原生质体活力率最高,为94.42%。在此基础上,采用高钙高pH值结合PEG4000诱导法进行原生质体融合研究,以高活力的赤水和瑞丽金钗石斛原生质体为材料,以异核体融合率为评价指标,用响应面法优化设计对原生质体融合过程中的PEG浓度、CaCl_2浓度、pH和融合时间四个因素进行最佳组合筛选,发现当PEG4000浓度为38.41%、CaCl_2浓度为0.44 mol/L、pH为9.26、融合时间为28.87 min的组合条件下,异核体融合率达到最高,为0.924%。同时,响应面法分析还发现,PEG浓度和CaCl_2浓度之间、PEG浓度和pH之间、CaCl_2浓度和融合时间两个因素共同对异核体融合率有显著影响。此外,响应面分析还发现,当pH为9.26时,PEG浓度、CaCl_2浓度和融合时间的值在一定范围内变化并不会显著影响异核体融合率的值,数值均维持在0.94%左右。该研究完善了金钗石斛原生质体制备和融合的技术体系,为金钗石斛种质资源的保护、拓展和新品种选育提供了实验材料,为其他近缘物种的相关研究提供了实验参考。
关键词
金钗石斛
原生质体制备
原生质体融合
正交试验法
响应面法
Keywords
Dendrobium nobile Lindl.
protoplast isolation
cell fusion
orthogonal design method
response surface method
分类号
S567.239 [农业科学—中草药栽培]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
白及蔗糖合酶基因结构与功能的生物信息学分析
罗才林
徐德林
钱刚
潘胤池
陈红波
谢欣
上官燕妮
李林
《遵义医学院学报》
2018
2
下载PDF
职称材料
2
千里光β-葡萄糖苷酶基因(ScBG1)的序列特征与表达分析
钱倩
钱秋博言
唐加
李林
徐德林
钱刚
《中药材》
CAS
北大核心
2017
0
下载PDF
职称材料
3
金钗石斛原生质体的制备与融合
徐德林
储士润
潘胤池
郑明辉
钱刚
陈芳
李林
《中国细胞生物学学报》
CAS
CSCD
2016
0
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