基于结构的CXCR4抑制剂的虚拟筛选

目的发现新的CXCR4抑制剂,进一步对筛选出的抑制剂与CXCR4的分子结合模型进行分析.方法以CXCR4为靶点,应用基于AutoDock Vina的新的虚拟筛选工具PyRx对ZINC数据库中的化合物进行虚拟筛选.CXCR4晶体结构(PDB ID:3ODU)从PDB下载,通过AutoDockTools对结构进行处理.化合物的三维结构从ZINC数据库下载,通过虚拟筛选工具PyRx导入,转换成pdbqt格式.PyRx运行AutoDock Vina以后,筛选以后的化合物构象导入AutoDockTools进行分析,数据处理用PyMOL完成.结果经过高通量虚拟筛选,从ZINC数据库中大约2万个化合物中得到1 000个类药小分子化合物数据库,再从中进一步筛选靶向CXCR4的抑制剂.经过对建立的化合物数据库的3轮筛选,发现了5个高活性的CXCR4抑制剂.结论应用基于AutoDock Vina的新的虚拟筛选工具PyRx,以CXCR4为靶点,对ZINC数据库的2万个化合物进行虚拟筛选,发现5个新的CXCR4抑制剂.

基于结构的HIV-1蛋白酶抑制剂的虚拟筛选

目的通过新的虚拟筛选工具PyRx运行AutoDock Vina,对ZINC数据库的2万个化合物进行虚拟筛选,发现新的HIV蛋白酶抑制剂,并且对新的抑制剂与HIV蛋白酶的结合模型进行探索.方法以HIV蛋白酶为靶点,通过虚拟筛选程序AutoDock Vina对ZINC数据库的化合物进行虚拟筛选.与以前研究不同的是,本研究通过新的虚拟筛选工具PyRx运行AutoDock Vina.HIV蛋白酶晶体结构(PDB ID:4phv)从PDB下载,通过AutoDockTools对结构进行处理.化合物结构下载自ZINC数据库,通过PyRx导入,处理成pdbqt格式.PyRx运行AutoDock Vina以后,筛选以后的化合物构象导入AutoDockTools进行分析,数据处理用PyMOL完成.结果从大约2万个化合物库中进行高通量筛选,得到1 000个类药小分子化合物的库.再从这1 000个小分子化合物中筛选针对蛋白酶的抑制剂.通过对建立的化合物数据库进行3轮筛选,发现5个高活性的HIV蛋白酶抑制剂.结论 5个新的抑制剂的进一步开发,将对HIV的治疗和基础研究带来帮助.也对药物虚拟筛选和基于结构的药物开发提供新的信息.

HIV-1整合酶真核表达载体的构建及在Hela细胞中的表达和定位

目的构建重组基因表达载体pcDNA6/V5-HisA-IN并观察其在Hela细胞中的表达.对HIV-1整合酶表达以后在细胞里的定位情况进行研究.方法通过PCR扩增和定向克隆技术构建重组真核表达载体pcDNA6/V5-HisA-IN.以Lipofectamine2000介导转染Hela细胞.细胞用4%的多聚甲醛固定以后,经过PI对细胞核染色,整合酶抗体跟整合酶反应以后,用FITC标记的二抗进行孵育,用共聚焦显微镜观测整合酶在细胞中的表达情况.结果经过定向克隆和测序鉴定证实,重组真核表达载体pcDNA6/V5-HisA-IN构建成功.免疫荧光实验显示,Lipofectamine2000介导质粒转染Hela表达成功,整合酶主要定位在细胞核.结论 HIV-1整合酶真核表达载体构建成功,转染以后,整合酶表达并且主要定位在细胞核.

“FQ-PCR溶解曲线法”监测麻风患者TCRa链CDR3谱系漂移的研究

麻风病是由麻风杆菌引起的一种慢性接触性传染病。主要侵犯人体皮肤和神经,如果不治疗可引起皮肤、神经等永久性的损害。当下,我国对麻风病的治疗以预防为主,而对于那些已经患上麻风病的患者来说,治疗方法还值得更深层次的研究探索。本篇文章的研究方法是通过T细胞受体a链V区基因各家族CDR3免疫谱系分析技术来监测麻风患者TCR a链CDR3谱系的漂移情况,进而初步分析出TRAV家族的CDR3 PCR产物定量和克隆增生情况,以此为被麻风感染后的患者的T细胞免疫应答变化提供新的研究方向。