基于生物信息学分析揭示circRNA-miRNA-mRNA调控网络在胃癌中的作用

目的通过生物信息分析识别胃癌中差异表达的环状RNA(DEcircRNA),并揭示circRNA-miRNA-mRNA调控网络在胃癌中的作用。方法选取GEO数据库中3个胃癌circRNA表达数据集,使用R软件中的Limma包来识别胃癌中的DEcircRNA。对每个数据集筛选出的circRNA取交集后获得候选circRNA。使用生物信息学数据库预测circRNA下游的miRNA及mRNA,并通过生物信息学方法构建circRNA-miRNA-mRNA调控网络。使用DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析,核心基因由STRING和Cytoscape数据库确定,建立circRNA-miRNA-核心基因调控网络。结果本研究共鉴定2个DEcircRNA、7个miRNA和1695个潜在靶基因。GO和KEGG富集分析表明,目标mRNA主要涉及癌症相关的通路和生物过程。本研究确定了10个核心基因(CTNNB1、MAPK1、KRAS、APP、FN1、CDH1、CASP3、BTRC、UBA52、CREB1)。生存分析进一步表明,10个核心基因中有8个与胃癌患者的总生存期(OS)相关。基于2个circRNA、7个miRNA和10个核心基因建立了circRNA-miRNA-核心基因调控网络。结论本研究鉴定的DEcircRNA及构建的竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络可能为胃癌的诊断提供新的生物标志物或潜在的治疗靶点。