用生物信息学方法确定HIV-1M组基因分型的最佳区域

目的为确定HIV-1M组基因分型的最佳区域。方法从Genbank中筛选出对各成熟肽区域有注释来源,来自于不同国家地区的104条HIV-1M组全基因组序列。对序列的结构区域gag区,pol区及env区分别建NJ系统进化树。结果 pol区没能把D亚型和B亚型分开;gag区未把K亚型和F亚型分开;env区能对HIV-1M组正确分型。结论用生物学方法,env区最能代表全基因组序列的分型。

用ENV区确定HIV-1M组基因分型最佳建树方法

目的:寻找HIV-1M组基因最佳构建进化树的分型方法。方法:从Genbank中筛选出对各成熟肽区域有注释来源,来自于不同国家地区的104条HIV-1M组全基因组序列。对序列的结构区域ENV区分别建ML、MP、NJ系统进化树。结果:ML、MP、NJ能对HIV-1M组正确分型。结论:ML、MP、NJ能对HIV-1M组正确分型,但因NJ操作简便快捷,推荐为HIV-1M组分型最佳方法。