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基于细胞铁死亡相关基因构建胰腺导管腺癌患者预后风险评分模型及其应用价值
1
作者
卿功
荆雪
江月萍
《精准医学杂志》
2024年第5期383-388,共6页
目的探讨基于细胞铁死亡相关的基因构建胰腺导管腺癌(pancreatic ductal adenocarcinoma,PDAC)患者预后风险评分模型及其应用价值。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库、基因表达综合数据库和基因型组织表达数据库中获取PDAC及正常胰腺...
目的探讨基于细胞铁死亡相关的基因构建胰腺导管腺癌(pancreatic ductal adenocarcinoma,PDAC)患者预后风险评分模型及其应用价值。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库、基因表达综合数据库和基因型组织表达数据库中获取PDAC及正常胰腺组织的转录组测序数据和PDAC患者总体生存期(OS)等临床资料,从GeneCards数据库获取细胞铁死亡相关基因资料。通过R软件筛选PDAC组织与正常胰腺组织间差异表达基因(DEGs)。利用单因素Cox回归分析和LASSO回归分析构建PDAC患者预后风险评分模型,通过该风险评分模型将TCGA数据库中PDAC病例分为高、低风险两组,绘制Kaplan-Meier生存分析曲线,比较两组患者OS。通过CCK-8实验和免疫印迹实验进一步验证该风险评分模型中细胞铁死亡关键基因与PDAC细胞铁死亡间的关系。结果成功构建了由SLC6A14、DKK1、KRT19、AURKA、EMP1、ANXA2、LGALS37个细胞铁死亡相关基因构成的PDAC患者预后风险评分模型;Kaplan-Meier生存分析曲线显示,低风险组患者的OS显著长于高风险组(P<0.05)。CCK-8实验结果显示,PDAC细胞系中AsPC-1及BxPC-3细胞AURKA敲降组第3~5天的细胞存活率均显著低于阴性对照组(t=4.57~12.84,P<0.05);免疫印迹实验结果显示,AsPC-1及BxPC-3细胞的AURKA敲降组细胞中AURKA、SLC7A11、GPX4蛋白相对表达量均显著低于阴性对照组(t=4.22~11.79,P<0.05)。结论AURKA基因的下调可能通过促进PDAC细胞铁死亡的发生导致PDAC的发生发展,基于细胞铁死亡相关基因的风险评分模型对PDAC患者的预后评估具有重要参考价值。
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关键词
癌
胰腺管
铁死亡
基因表达
回归分析
预后
计算生物学
数据库
遗传学
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职称材料
重庆梁平地区幽门螺杆菌耐药情况研究
被引量:
3
2
作者
周海川
卢红梅
徐畅
《重庆医学》
CAS
2020年第10期1657-1659,共3页
目的了解在重庆梁平地区13C呼气试验阳性的患者中分离的幽门螺杆菌对6种抗生素(克拉霉素、阿莫西林、左氧氟沙星、四环素、甲硝唑、呋喃唑酮)的耐药情况,掌握本地区幽门螺杆菌对常用抗生素的药敏谱。方法选择2018年11月到2019年3月在该...
目的了解在重庆梁平地区13C呼气试验阳性的患者中分离的幽门螺杆菌对6种抗生素(克拉霉素、阿莫西林、左氧氟沙星、四环素、甲硝唑、呋喃唑酮)的耐药情况,掌握本地区幽门螺杆菌对常用抗生素的药敏谱。方法选择2018年11月到2019年3月在该院行13C-尿素酶呼气试验检查(13C-UBT)且结果为Hp阳性的就诊者为研究对象。在胃镜下分别取胃窦、胃体黏膜组织各1块送杭州致远医学检验所经培养鉴定后获得菌株,并对6种常用抗生素(克拉霉素、阿莫西林、左氧氟沙星、四环素、甲硝唑、呋喃唑酮)进行药敏试验。结果在150例胃黏膜组织标本中共分离出94例Hp菌株,对克拉霉素耐药率26.60%,甲硝唑耐药率96.81%,左氧氟沙星耐药率39.36%,未发现对阿莫西林、呋喃唑酮、四环素耐药。对1种抗生素耐药的共有39例,占总菌株的41.49%;对2种抗生素耐药的共有45例,占总菌株的47.87%;对3种抗生素耐药的共有7例,占总菌株的7.45%。其中对克拉霉素和甲硝唑双重耐药共25例,占26.60%,大于15.00%。结论重庆梁平地区对甲硝唑高度耐药,对克拉霉素、左氧氟沙星耐药率也较高,且存在双重、多重耐药情况,但尚未发现对呋喃唑酮、阿莫西林、四环素耐药。
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关键词
幽门螺杆菌
梁平地区
抗生素耐药
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职称材料
题名
基于细胞铁死亡相关基因构建胰腺导管腺癌患者预后风险评分模型及其应用价值
1
作者
卿功
荆雪
江月萍
机构
青岛大学附属
医院
消化
内科
重庆市梁平区人民医院消化内科
出处
《精准医学杂志》
2024年第5期383-388,共6页
基金
山东省自然科学基金项目(ZR2020MH059)。
文摘
目的探讨基于细胞铁死亡相关的基因构建胰腺导管腺癌(pancreatic ductal adenocarcinoma,PDAC)患者预后风险评分模型及其应用价值。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库、基因表达综合数据库和基因型组织表达数据库中获取PDAC及正常胰腺组织的转录组测序数据和PDAC患者总体生存期(OS)等临床资料,从GeneCards数据库获取细胞铁死亡相关基因资料。通过R软件筛选PDAC组织与正常胰腺组织间差异表达基因(DEGs)。利用单因素Cox回归分析和LASSO回归分析构建PDAC患者预后风险评分模型,通过该风险评分模型将TCGA数据库中PDAC病例分为高、低风险两组,绘制Kaplan-Meier生存分析曲线,比较两组患者OS。通过CCK-8实验和免疫印迹实验进一步验证该风险评分模型中细胞铁死亡关键基因与PDAC细胞铁死亡间的关系。结果成功构建了由SLC6A14、DKK1、KRT19、AURKA、EMP1、ANXA2、LGALS37个细胞铁死亡相关基因构成的PDAC患者预后风险评分模型;Kaplan-Meier生存分析曲线显示,低风险组患者的OS显著长于高风险组(P<0.05)。CCK-8实验结果显示,PDAC细胞系中AsPC-1及BxPC-3细胞AURKA敲降组第3~5天的细胞存活率均显著低于阴性对照组(t=4.57~12.84,P<0.05);免疫印迹实验结果显示,AsPC-1及BxPC-3细胞的AURKA敲降组细胞中AURKA、SLC7A11、GPX4蛋白相对表达量均显著低于阴性对照组(t=4.22~11.79,P<0.05)。结论AURKA基因的下调可能通过促进PDAC细胞铁死亡的发生导致PDAC的发生发展,基于细胞铁死亡相关基因的风险评分模型对PDAC患者的预后评估具有重要参考价值。
关键词
癌
胰腺管
铁死亡
基因表达
回归分析
预后
计算生物学
数据库
遗传学
Keywords
Carcinoma,pancreatic cuctal
Ferroptosis
Gene expression
Regression analysis
Prognosis
Computatio-nal biology
Databases,genetic
分类号
R735.9 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
重庆梁平地区幽门螺杆菌耐药情况研究
被引量:
3
2
作者
周海川
卢红梅
徐畅
机构
重庆市梁平区人民医院消化内科
出处
《重庆医学》
CAS
2020年第10期1657-1659,共3页
基金
重庆市卫生和计划生育委员会科研计划项目(2016MSXM184)。
文摘
目的了解在重庆梁平地区13C呼气试验阳性的患者中分离的幽门螺杆菌对6种抗生素(克拉霉素、阿莫西林、左氧氟沙星、四环素、甲硝唑、呋喃唑酮)的耐药情况,掌握本地区幽门螺杆菌对常用抗生素的药敏谱。方法选择2018年11月到2019年3月在该院行13C-尿素酶呼气试验检查(13C-UBT)且结果为Hp阳性的就诊者为研究对象。在胃镜下分别取胃窦、胃体黏膜组织各1块送杭州致远医学检验所经培养鉴定后获得菌株,并对6种常用抗生素(克拉霉素、阿莫西林、左氧氟沙星、四环素、甲硝唑、呋喃唑酮)进行药敏试验。结果在150例胃黏膜组织标本中共分离出94例Hp菌株,对克拉霉素耐药率26.60%,甲硝唑耐药率96.81%,左氧氟沙星耐药率39.36%,未发现对阿莫西林、呋喃唑酮、四环素耐药。对1种抗生素耐药的共有39例,占总菌株的41.49%;对2种抗生素耐药的共有45例,占总菌株的47.87%;对3种抗生素耐药的共有7例,占总菌株的7.45%。其中对克拉霉素和甲硝唑双重耐药共25例,占26.60%,大于15.00%。结论重庆梁平地区对甲硝唑高度耐药,对克拉霉素、左氧氟沙星耐药率也较高,且存在双重、多重耐药情况,但尚未发现对呋喃唑酮、阿莫西林、四环素耐药。
关键词
幽门螺杆菌
梁平地区
抗生素耐药
Keywords
Helicobacter pylori
Liangping area
antibiotic resistance
分类号
R453.2 [医药卫生—治疗学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于细胞铁死亡相关基因构建胰腺导管腺癌患者预后风险评分模型及其应用价值
卿功
荆雪
江月萍
《精准医学杂志》
2024
0
下载PDF
职称材料
2
重庆梁平地区幽门螺杆菌耐药情况研究
周海川
卢红梅
徐畅
《重庆医学》
CAS
2020
3
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职称材料
已选择
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