重庆市2009～2014年甲型H1N1流感病毒分离株HA基因变异分析

目的对2009-2014年分离得到的甲型H1N1流感病毒进行血凝素（HA）基因测序分析,与世界卫生组织（WHO）推荐疫苗株A/California/07/2009（H1N1）比对,研究其基因变异情况。方法按分离时间及地点不同,选取47株2011-2014年分离得到的甲型H1N1流感病毒进行测序,同时选取既往已有的25株2009年甲型H1N1流感病毒的序列结果,经分子生物学软件进行核苷酸及氨基酸序列分析,并绘制系统进化树。结果 2009、2011-2014年的新型甲型H1N1流感病毒与疫苗株均位于一个大的分枝下,各病毒间的关系均较近。72株分离株的HA基因总的核苷酸差异在0-2.7%之间,氨基酸差异在0-3.1%之间;与疫苗株A/California/07/2009（H1N1）的核苷酸差异在0.4%-2.4%之间,氨基酸差异在0.9%-3.1%之间。氨基酸变异情况随着年份增加累积得更多,但在氨基酸序列上仍显示为低致病性流感病毒特征;2009年有9株病毒株丢失481位的糖基化位点,2013年有6株病毒株增加位于162位的糖基化位点。结论 WHO推荐的甲型H1N1疫苗总体上对重庆地区的人群仍有较好的保护作用,但随着时间推移,部分甲型H1N1流感病毒株可能已发生抗原漂移,需继续对其监测。

重庆市新型冠状病毒感染疫情流行病学特征及其参数与防控措施评估(2020年)

目的了解重庆市2020年度SARS-CoV-2感染者流行病学特征,并估计该阶段疫情传播的重要流行病学参数,探究防控措施对新发流行病传播的影响。方法回顾性收集重庆市卫生健康委员会和重庆市疾病预防控制中心2020年重庆市SARS-CoV-2感染者的数据,采用描述性统计分析方法,对疾病进行流行病学特征分析,构造似然函数,并根据Akaike信息准则估计了潜伏期的最优概率分布。最后基于极大似然思想和贝叶斯框架对基本再生数、有效再生数进行了估计。结果重庆市于2020年1月1日出现首例病例,发病高峰在1月24—26日,2月21日之后无新发病例。渝东北片区地区发病率最高(3.28/10万)。发病人群男女性别比为1.10∶1,总体发病率男性(1.86 /10万)稍高于女性(1.73 /10万)。确诊病例中占比最多的年龄组为45~50岁(91例,91/576),其次是50~55岁(71例,71/576)。潜伏期的最优概率分布为伽马分布,估计均值为7.22 d。重庆市COVID-19疫情初始阶段的基本再生数估计为2.68(2.04,3.44),有效再生数的变化趋势与防控策略的实施密切相关。结论重庆市2020年1—2月全市COVID-19流行曲线呈起病急、收尾快的特点。尽管疫情具有较强的传播性,但定量和定性分析均表明政府采取防控措施及时有效,为将来新发突发传染病防控积累了经验。

2009-2019年重庆市其他感染性腹泻流行特征分析

目的分析重庆市其他感染性腹泻流行病学特征,为制订防控措施提供科学依据。方法通过中国疾病预防控制信息系统"传染病监测系统"收集2009-2019年重庆市其他感染性腹泻疫情资料,运用描述性流行病学方法进行分析。结果2009-2019年重庆市报告其他感染性腹泻病例共359471例,死亡14例,年均报告发病率110.10/10万,年报告发病率在69.75/10万~156.76/10万间,报告发病率整体呈现上升趋势(χ趋势^2=986.165,P<0.001)。每年呈现7-9月和11月-次年1月两个高峰期。年均报告发病率位居前三位的地区为沙坪坝区(354.89/10万)、南岸区(260.31/10万)和垫江县(205.11/10万)。人群分布方面,男性报告发病例数(200968例)和发病率(121.10/10万)均高于女性;年龄上以5岁以下人群报告病例数占比最高(68.53%,246347/359471);职业上以幼托儿童(66.01%,237279/359471)和农民(12.09%,43455/359471)占比较高。感染的病原体以病毒为主(占98.29%);病毒和细菌型病例分别以轮状病毒感染(占94.05%)和沙门氏菌感染(占52.31%)为主。共报告其他感染性腹泻聚集事件189起,报告发病数4363例,无死亡病例。结论重庆市其他感染性腹泻流行形势较为严峻,应采取综合干预措施有效控制暴发和流行。

2008-2018年重庆市肠道传染病流行特征分析

目的分析2008-2018年重庆市肠道传染病的流行特征,为防控措施提供科学依据。方法通过中国疾病预防控制信息系统"传染病报告信息系统"收集重庆市2008-2018年报告的肠道传染病病例和暴发疫情资料,采用描述流行病学方法对数据进行分析。结果重庆市2008-2018年共报告9种肠道传染病863342例,年报告发病率为130.35~475.94/10万,报告发病率呈上升趋势(χ趋势^2=8.934,P=0.003);死亡171例,死亡率为0.05/10万。发病数居前3位的病种为手足口病、其它感染性腹泻病和细菌性痢疾,占肠道传染病报告病例数的96.77%。每年呈现两个高峰5-7月和10-12月;报告发病率最高的地区为主城区(523.36/10万);病例以男性居多,男性发病率(299.26/10万)高于女性(233.01/10万);病例主要集中在5岁以下(占75.36%),以散居儿童为主(占61.88%)。暴发疫情主要为手足口病、其它感染性腹泻病、细菌性痢疾事件。结论重庆市肠道传染病防控形势依然严峻,应采取综合干预措施有效控制肠道传染病的暴发和流行。

老年肺结核患者治疗效果影响因素的Logistic回归分析

目的探讨影响重庆市老年肺结核患者治疗效果的因素,为结核病的防治提供依据。方法以重庆市2011年1月1日至12月31日期间60岁以上肺结核患者为研究对象,连续动态收集老年结核病患者的人口学基本信息、患病情况及治疗相关情况,利用非条件Logistic回归筛选影响肺结核治疗效果的因素。结果研究纳入5 678例老年肺结核患者,患者治愈率为76.24%。单因素和多因素回归分析均显示,结核初治、2月末及5月末痰检结果阴性及全程督导管理模式是提高肺结核治愈率的关键因素,患有糖尿病和对结核常规治疗药物耐药是降低肺结核治愈率的主要因素。结论深入贯彻"全程督导"模式,及时积极地参与治疗、有效地定期随访以及合理搭配用药有助于提高老年肺结核患者治愈率。

新型冠状病毒感染大流行期间公共卫生与社会措施对流感影响的研究进展

公共卫生与社会措施(PHSMs)是新型冠状病毒感染疫情防控的重要措施之一,同时对流感病毒的传播也起到了一定的抑制效果,但其有效性尚未得到充分证实。本研究基于各PHSMs在控制流感病毒传播方面有效性的最新证据,对新型冠状病毒感染大流行期间各国PHSMs实施策略及其对流感影响的研究进展进行综述,为优化流感防控策略提供科学证据。

基于电子病历的预训练模型在急性呼吸道感染识别中的应用

目的评价基于电子病历的预训练模型对急性呼吸道感染(ARI)的识别效果。方法收集重庆大学附属三峡医院2021年12月1至31日就诊于呼吸与危重症科、发热门诊、急诊门诊、儿科、感染科的所有患者的病历资料。使用基于Transformer的双向编码器表征(BERT)预训练模型对病历进行ARI病例识别与判断,以医学专业人员根据ARI病例定义判断的结果作为“金标准”,计算模型识别ARI的灵敏度、特异度、与“金标准”的一致性及受试者工作特征曲线下面积(AUC),评价模型对ARI病例识别的准确性。结果含有3817条电子医疗记录的测试集中,共有1200条经人工判定的ARI病历。模型判定ARI共计1205例,灵敏度为92.67%(1112/1200),特异度96.45%(2524/2617),与“金标准”的一致性Kappa值为0.89,AUC为0.95。模型在男性和女性中识别ARI的准确性相近(AUC分别为0.95和0.94),且对未成年ARI病例识别较18~59岁及≥60岁(AUC分别为0.94,0.89和0.89)更准确。相较于住院患者,目前模型对门诊患者的ARI识别更好,AUC分别为0.74和0.95。结论使用基于电子病历的预训练模型对ARI病例判定具有良好的效果,特别是针对门诊患者及未成年患者。该模型在利用电子病历进行医疗机构ARI病例监测方面表现出良好的潜力。