芸薹属物种(B.napus,B.rapa,B.oleracea)防御素基因PDF1.1的生物信息学分析

本研究利用生物信息学方法分析芸薹属物种PDF1.1家族的结构功能,探究芸薹属物种PDF1.1家族的分子进化,为芸薹属物种PDF1.1家族抗菌性提供理论基础。本研究以甘蓝型油菜,白菜,甘蓝为例,利用生物信息学方法,鉴定了这3个芸薹属物种共有8个PDF1.1,并分析其PDF1.1的基本特征、同源性及系统发生关系。结果显示,8个PDF1.1均有1个内含子和2个外显子;共有79～80个氨基酸残基;均具有Knot1结构域,具有多个磷酸化位点,其中丝氨酸磷酸化位点0～1个,苏氨酸磷酸化位点0～1个,酪氨酸磷酸化位点1个;它们的二级结构主要为随机卷曲;既是疏水性蛋白,也是稳定蛋白;在不同物种间芸薹属PDF1.1的同源性高于种内同源性。芸薹属的结构特点是防御素抗菌作用的重要条件之一;其三个物种的PDF1.1进化符合禹氏三角理论,且三个物种PDF1.1位点符合三倍化学说。本研究为芸薹属物种PDF1.1抗菌性提供了科学依据。