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解木糖赖氨酸芽孢杆菌发酵和生物催化产生L-2-氨基己二酸
1
作者
刘姣
夏仕文
黄文薪
《分子催化》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第3期285-292,I0003,共9页
以解木糖赖氨酸芽孢杆菌XX-2为出发菌株,110 mmol/L L-赖氨酸单盐酸盐为发酵前体,144 h发酵后L-2-氨基己二酸浓度达到10.4 mmol/L,产率为9.5%.以解木糖赖氨酸芽孢杆菌XX-2全细胞为生物催化剂,利用共生的L-赖氨酸6-脱氢酶和?-1-哌啶啉-6...
以解木糖赖氨酸芽孢杆菌XX-2为出发菌株,110 mmol/L L-赖氨酸单盐酸盐为发酵前体,144 h发酵后L-2-氨基己二酸浓度达到10.4 mmol/L,产率为9.5%.以解木糖赖氨酸芽孢杆菌XX-2全细胞为生物催化剂,利用共生的L-赖氨酸6-脱氢酶和?-1-哌啶啉-6-羧酸脱氢酶催化L-赖氨酸单盐酸盐转化为L-2-氨基己二酸.最优条件为:细胞浓度为45 g(干重)/L,L-赖氨酸单盐酸盐浓度为100 mmol/L,pH=7.0,温度为30℃,反应时间144 h.在最优条件下,从100 mmol/L L-赖氨酸单盐酸盐产生90 mmol/L L-2-氨基己二酸,产率为90%.我们推测了生物催化过程中L-2-氨基己二酸产生的反应机理.
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关键词
解木糖赖氨酸芽孢杆菌XX-2
发酵
生物催化
L-2-氨基己二酸
L-赖氨酸6-脱氢酶
?-1-哌啶啉-6-羧酸脱氢酶
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职称材料
基于数据非依赖采集的以肽为中心分析算法和软件的研究进展
被引量:
1
2
作者
张莹莹
舒坤贤
常乘
《生物工程学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第9期3579-3593,共15页
数据非依赖采集(data-independent acquisition,DIA)是一种高通量、无偏性的质谱数据采集方法,具有定量结果重现性好,对低丰度蛋白质友好的特点,是近年来进行大队列蛋白质组研究的首选方法之一。由于DIA产生的二级谱是混合谱,包含了多...
数据非依赖采集(data-independent acquisition,DIA)是一种高通量、无偏性的质谱数据采集方法,具有定量结果重现性好,对低丰度蛋白质友好的特点,是近年来进行大队列蛋白质组研究的首选方法之一。由于DIA产生的二级谱是混合谱,包含了多个肽段的碎片离子信息,使得蛋白质鉴定和定量更加困难。目前,DIA数据分析方法分为两大类,即以肽为中心和以谱图为中心。其中,以肽为中心的分析方法鉴定更灵敏,定量更准确,已成为DIA数据解析的主流方法。其分析流程包括构建谱图库、提取色谱峰群、特征打分和结果质控4个关键步骤。本文综述了以肽为中心的DIA数据分析流程,介绍了基于此流程的数据分析软件及相关比较评估工作,进一步总结了已有的算法改进工作,最后对未来发展方向进行了展望。
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关键词
计算蛋白质组学
定量蛋白质组学
数据非依赖采集
以肽为中心
原文传递
质谱图聚类网络法在鉴定多肽翻译后修饰中的应用及研究进展
3
作者
何明敏
舒坤贤
+1 位作者
白明泽
许睿
《生物工程学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第10期1567-1578,共12页
蛋白质组学多肽鉴定方法一直以基于质谱分析和数据库搜索的方法为主,随着质谱仪技术的发展,海量的质谱数据被获取,这为大规模蛋白质的鉴定提供了一个强大的数据仓库,使得以质谱数据为基础的蛋白质组学研究成为主流。传统的串联质谱图搜...
蛋白质组学多肽鉴定方法一直以基于质谱分析和数据库搜索的方法为主,随着质谱仪技术的发展,海量的质谱数据被获取,这为大规模蛋白质的鉴定提供了一个强大的数据仓库,使得以质谱数据为基础的蛋白质组学研究成为主流。传统的串联质谱图搜库方法鉴定多肽翻译后修饰时具有诸多局限,质谱网络方法可以在一定程度上弥补局限。文中系统综述了基于质谱聚类的质谱网络和质谱图库搜索方法的发展历程、理论研究和应用研究,讨论了质谱网络库方法在鉴定多肽翻译后修饰的优势,并进行了分析和展望。
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关键词
质谱网络
翻译后修饰
多肽鉴定
质谱库
原文传递
题名
解木糖赖氨酸芽孢杆菌发酵和生物催化产生L-2-氨基己二酸
1
作者
刘姣
夏仕文
黄文薪
机构
重庆邮电大学生物信息学院大数据生物智能重庆市重点实验室
出处
《分子催化》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第3期285-292,I0003,共9页
基金
重庆市研究生科研创新项目(CYS22461)。
文摘
以解木糖赖氨酸芽孢杆菌XX-2为出发菌株,110 mmol/L L-赖氨酸单盐酸盐为发酵前体,144 h发酵后L-2-氨基己二酸浓度达到10.4 mmol/L,产率为9.5%.以解木糖赖氨酸芽孢杆菌XX-2全细胞为生物催化剂,利用共生的L-赖氨酸6-脱氢酶和?-1-哌啶啉-6-羧酸脱氢酶催化L-赖氨酸单盐酸盐转化为L-2-氨基己二酸.最优条件为:细胞浓度为45 g(干重)/L,L-赖氨酸单盐酸盐浓度为100 mmol/L,pH=7.0,温度为30℃,反应时间144 h.在最优条件下,从100 mmol/L L-赖氨酸单盐酸盐产生90 mmol/L L-2-氨基己二酸,产率为90%.我们推测了生物催化过程中L-2-氨基己二酸产生的反应机理.
关键词
解木糖赖氨酸芽孢杆菌XX-2
发酵
生物催化
L-2-氨基己二酸
L-赖氨酸6-脱氢酶
?-1-哌啶啉-6-羧酸脱氢酶
Keywords
Lysinibacillus xylanilyticus XX-2
fermentation
biocatalysis
L-2-aminoadipic acid
L-lysine 6-dehydrogenase
∆-1-piperideine-6-carboxylate dehydrogenase
分类号
O643.3 [理学—物理化学]
下载PDF
职称材料
题名
基于数据非依赖采集的以肽为中心分析算法和软件的研究进展
被引量:
1
2
作者
张莹莹
舒坤贤
常乘
机构
重庆邮电大学生物信息学院大数据生物智能重庆市重点实验室
北京蛋白质组研究中心国家蛋白质科学中心(北京)北京生命组学研究所
出处
《生物工程学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第9期3579-3593,共15页
基金
国家重点研发计划(2021YFA1301603)。
文摘
数据非依赖采集(data-independent acquisition,DIA)是一种高通量、无偏性的质谱数据采集方法,具有定量结果重现性好,对低丰度蛋白质友好的特点,是近年来进行大队列蛋白质组研究的首选方法之一。由于DIA产生的二级谱是混合谱,包含了多个肽段的碎片离子信息,使得蛋白质鉴定和定量更加困难。目前,DIA数据分析方法分为两大类,即以肽为中心和以谱图为中心。其中,以肽为中心的分析方法鉴定更灵敏,定量更准确,已成为DIA数据解析的主流方法。其分析流程包括构建谱图库、提取色谱峰群、特征打分和结果质控4个关键步骤。本文综述了以肽为中心的DIA数据分析流程,介绍了基于此流程的数据分析软件及相关比较评估工作,进一步总结了已有的算法改进工作,最后对未来发展方向进行了展望。
关键词
计算蛋白质组学
定量蛋白质组学
数据非依赖采集
以肽为中心
Keywords
computational proteomics
quantitative proteomics
data-independent acquisition
peptide-centric
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
原文传递
题名
质谱图聚类网络法在鉴定多肽翻译后修饰中的应用及研究进展
3
作者
何明敏
舒坤贤
白明泽
许睿
机构
重庆邮电大学生物信息学院大数据生物智能重庆市重点实验室
出处
《生物工程学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第10期1567-1578,共12页
基金
国家自然科学基金青年科学基金(No.61501071)
国家军事医学科学研究院蛋白质组学国家重点实验室开放课题项目(No.SKLP-O201503)
国家国际科技合作专项项目(No.2014DFB30010)资助~~
文摘
蛋白质组学多肽鉴定方法一直以基于质谱分析和数据库搜索的方法为主,随着质谱仪技术的发展,海量的质谱数据被获取,这为大规模蛋白质的鉴定提供了一个强大的数据仓库,使得以质谱数据为基础的蛋白质组学研究成为主流。传统的串联质谱图搜库方法鉴定多肽翻译后修饰时具有诸多局限,质谱网络方法可以在一定程度上弥补局限。文中系统综述了基于质谱聚类的质谱网络和质谱图库搜索方法的发展历程、理论研究和应用研究,讨论了质谱网络库方法在鉴定多肽翻译后修饰的优势,并进行了分析和展望。
关键词
质谱网络
翻译后修饰
多肽鉴定
质谱库
Keywords
spectral network
post-translational modifications
peptide identification
spectral library
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
解木糖赖氨酸芽孢杆菌发酵和生物催化产生L-2-氨基己二酸
刘姣
夏仕文
黄文薪
《分子催化》
CAS
CSCD
北大核心
2023
0
下载PDF
职称材料
2
基于数据非依赖采集的以肽为中心分析算法和软件的研究进展
张莹莹
舒坤贤
常乘
《生物工程学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
1
原文传递
3
质谱图聚类网络法在鉴定多肽翻译后修饰中的应用及研究进展
何明敏
舒坤贤
白明泽
许睿
《生物工程学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018
0
原文传递
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