普通油茶叶绿体基因组密码子偏好性分析

为了利用叶绿体基因工程技术改良普通油茶的重要经济性状,该研究以普通油茶叶绿体全基因组序列为材料,从中筛选出51条长度大于300 bp且以ATG起始的非重复CDS(Coding DNA Sequence)为对象,利用CodonW软件分析其密码子偏好性。结果表明:密码子第三位GC含量为27.55%,ENC范围在35.23~56.67之间,平均值为46.09;RSCU值大于1.00的密码子数目为30个,其中29个第三位碱基以U或A结尾;中性绘图表明GC12与GC3的相关系数为0.143,相关性不显著,回归系数为0.0573;频数分布显示,55%基因的ENC比值集中分布在0~0.1,25%基因的ENC比值分布在0.1~0.2之间;对应分析结果表明,第一向量轴占10.12%的差异,第二向量轴占9.36%的差异,其余两轴分别占7.97%和7.46%,前4轴累计差异为34.91%。中性绘图、ENC-plot和对应性分析均表明普通油茶叶绿体基因密码子偏好受突变作用,更多受选择的影响。最终取高表达优越密码子和高频密码子共有的CUU、AUU、GUU、GUA、UAA、CAA、AAA、GAC、GAA、CCU、ACU、GCU、GCA、UGU、CGU、AGU、UUG、GGU等18个密码子作为最优密码子。该研究结果为利用叶绿体基因工程技术改良普通油茶重要经济性状奠定了基础。

巨桉叶绿体基因组密码子偏好性分析

该文针对巨桉叶绿体基因组序列,选取其中长于300 nt且以AUG为起始密码子的43个非重复基因作为研究对象,采用CodonW1.4.2软件分析巨桉叶绿体基因组的密码子使用偏好性。结果表明:第3位密码子的平均GC含量为27.97%;ENC的变化范围为39.49~61.00,平均为47.04;RSCU>1的密码子有31个,其中29个以A/U结尾;中性分析显示,GC12与GC3无显著相关;回归分析未达到显著性水平;ENC-plot分析发现,大部分基因落在曲线上或附近;对应分析表明第1轴的贡献率为17.68%,第2轴的贡献率为11.49%,第3轴、第4轴的贡献率分别为8.00%和5.76%,前4轴累计贡献率达42.93%,第1轴与GC、ENC、CAI达到极显著相关。上述分析结果表明,巨桉叶绿体基因组的密码子偏好较弱,密码子第3位偏好以A或U结尾,选择和突变在巨桉叶绿体基因组密码子偏好中起相对均衡的作用,最终确定UUG、CUU、GUU、UCC、UCA、ACA、UAU、UAA、CAU、AAU、AGA和GGA 12个高频高表达密码子为最优密码子。这为转化叶绿体基因密码子优化,提高表达效率和改良巨桉目标性状奠定了坚实基础。

普通油茶岑软3号苗木分级研究

[目的]对岑软3号苗木分级进行研究,进一步规范其出圃规格,提高苗木质量。[方法]以1年生的岑软3号嫁接苗为材料,测量其苗高、地径、叶片数等8个性状,利用主成分分析和逐步聚类分析法对苗木质量进行分级。[结果]28对性状组合中有22对存在(极)显著相关;主成分分析提取了前4个主成分,保留了82.8%的信息,地径、苗高、叶片数和上部鲜重为主要指标;逐步聚类将岑软3号苗木分成3类;确定其苗木分级:Ⅰ级苗的苗高H≥32.739 cm,地径D≥0.410 cm;Ⅱ级苗的苗高H≥20.666 cm,地径D≥0.323 cm。[结论]逐步聚类将岑软3号苗木分为3类,其中Ⅰ级苗5株,Ⅱ级苗29株,Ⅲ级苗38株。

扁桃斑鸠菊扦插繁育影响因子研究

[目的]了解影响扁桃斑鸠菊扦插育苗的相关因素,提高育苗成活率。[方法]开展不同基质类型、不同插穗类型以及不同植物生长调节剂对扁桃斑鸠菊扦插繁育效果的研究。[结果]2年生(半木质化带顶芽)的插穗最有利于扁桃斑鸠菊的扦插繁殖,成活率达86.05%;200 mg/L IBA处理可显著提高插穗扦插成活率、平均根长及生根数,成活率达93.33%;使用轻基质作为扁桃斑鸠菊的扦插基质,其插穗的成活率、生根数和平均根长等指标均显著高于其余3种。[结论]应首选2年生(半木质化带顶芽)的扁桃斑鸠菊插穗,经200 mg/L IBA处理,选用轻基质作为扦插基质更有利于苗木繁育。

邓恩桉EdDREB2基因的克隆和表达分析

邓恩桉是成功引种至中国的耐寒桉,为了深入挖掘邓恩桉耐寒基因资源,本研究利用同源克隆技术从邓恩桉叶片低温诱导的c DNA中分离出一个长度为1 392 bp的DNA序列,包含一个长度为972 bp的开放阅读框,编码323个氨基酸的蛋白质。该蛋白质具有一个AP2结构域,分子量为34.765 76 kD。聚类分析表明,该基因与冈尼桉的DREB2类基因和蓝桉的DREB2基因聚成一支,与蓝桉DREB2基因遗传关系最近,因此命名为EdDREB2。qRT-PCR分析表明,EdDREB2基因受低温诱导1 h时的表达量为1.08倍,至12 h时表达最高,说明该基因可能参与低温胁迫的调控。EdDREB2基因的克隆、生物信息学分析和表达分析为其功能的深入研究提供帮助。