生物信息学在三阴性乳腺癌miRNA生物标志物筛选中的应用

目的:通过医学癌症数据库(TCGA)和基因表达数据库(GEO)分析三阴性乳腺癌(TNBC)中差异表达微小RNA(miRNAs)并预测其靶基因,探讨其生物学功能和分子机制,寻找TNBC预后相关靶点。方法:下载TCGA数据库中343项关于乳腺癌组织与癌旁组织相关的miRNAs表达数据,筛选乳腺癌与癌旁组织中差异表达的miRNAs;GEO数据库验证miRNAs在TNBC细胞 系的26种细胞株中的表达以及TNBC患者经过化疗前后血清中miRNAs的变化;通过基因本体(GO)功能注释及京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集、蛋白质互作网络分析候选miRNAs的靶基因功能。结果:TCGA数据库,在乳腺癌组织中的miR-21-5p表达水平明显高于相邻癌旁组织(logFC=5.557,P<0.01);GEO数据库筛选,miR-21-5p在TNBC细胞 系中表达水平明显升高,在26种TNBC细胞株中超过20种细胞株相对表达水平>70000,TNBC患者 经联合化疗后miR-21-5p的表达水平明显降低(logFC=-5.07,P<0.01);GO分析,miR-21-5p主要在DNA复制、转录以及血管重构等方面发挥调控作用;KEGG富集分析,miR-21-5p主要通过促分裂原活化蛋白激酶(MAPK)和转化生长因子β(TGF-β)等通路影响TNBC的发生发展。结论:miR-21-5p在TNBC组织 中表达上调,在TNBC进展中发挥正调控作用,可能成为鉴定TNBC相关预后程度的关键生物学标志物。DUSP8等可能作为miR-21-5p的靶基因参与调控TNBC的发生发展。

葫芦素B联合奥沙利铂对人结肠癌SW480细胞增殖和凋亡的抑制作用及其机制

目的:探讨葫芦素B (CUB)联合奥沙利铂(OXA)对人结肠癌SW480细胞增殖及凋亡的影响,并阐明其作用机制。方法:将SW480细胞分为对照组,10、20和40μmol·L^-1 CUB组,OXA组(100μmol·L^-1)及联合组(40μmol·L^-1 CUB+100μmol·L^-1 OXA)。采用MTT法检测SW480细胞增殖率,Hoechst33258染色法观察SW480细胞形态表现,流式细胞术检测SW480细胞的细胞周期及细胞凋亡率,Western blotting法检测SW480细胞中半胱氨酸天冬氨酸特异性蛋白酶3 (caspase-3)、活化后的caspase-3(cleaved caspase-3)、B淋巴细胞瘤-2 (Bcl-2)和Bcl-2相关X蛋白(Bax)的蛋白表达水平。结果:MTT实验,与对照组比较,CUB组和OXA组细胞增殖率明显降低(P<0.05);与不同剂量CUB组和OXA组比较,联合组细胞增殖率明显降低(P<0.05)。Hoechst33258染色,与对照组比较,不同剂量CUB组和OXA组细胞蓝色荧光更亮,细胞核可见颗粒块状荧光;与不同剂量CUB组和OXA组比较,联合组细胞蓝色荧光明显变亮,颗粒状荧光明显增加。流式细胞术检测细胞周期,与对照组比较,不同剂量CUB组和联合组G2/M期细胞百分率明显升高(P<0.05),40μmol·L^-1 CUB组、OXA组和联合组S期细胞百分率明显升高(P<0.05)。流式细胞术检测细胞凋亡率,与对照组比较,不同剂量CUB组和OXA组细胞凋亡率明显升高(P<0.05);与不同剂量CUB组和OXA组比较,联合组细胞凋亡率明显升高(P<0.05)。Western blotting法检测,与对照组比较,不同剂量CUB组、OXA组和联合组细胞中caspase-3和Bcl-2蛋白表达水平降低(P<0.05),cleaved caspase-3和Bax蛋白表达水平升高(P<0.05),cleaved caspase-3/caspase-3比值升高(P<0.05),Bcl-2/Bax比值降低(P<0.05);与不同剂量CUB组和OXA组比较,联合组细胞上述蛋白表达水平及cleaved caspase-3/caspase-3和Bcl-2/Bax比值变化更明显(P<0.05)。结论:CUB联合OXA可有效抑制结肠癌SW480细胞增殖,其机制可能与细胞阻滞在S期、G2/M期及上调cleaved caspase-3/caspase-3比值、下调Bcl-2/Bax比值有关。

白花丹素对肝癌索拉菲尼耐药细胞HepG2R增殖和凋亡的影响及其机制

目的:探讨白花丹素(PLB)对肝癌索拉菲尼耐药细胞HepG2R增殖和凋亡的影响,阐明其可能机制。方法:体外培养肝癌HepG2细胞,建立索拉菲尼耐药细胞模型HepG2R,MTT法鉴定耐药倍数和筛选药物作用浓度及时间,依据其结果选择索拉菲尼和PLB作用浓度分别为5μmol·L^(-1)和2μmol·L^(-1),各组药物作用时间为48h。将HepG2R细胞随机分为对照组、索拉菲尼(5μmol·L^(-1))组、PLB (2μmol·L^(-1))组和索拉菲尼(5μmol·L^(-1))联合PLB (2μmol·L^(-1))组(联合组)。MTT法检测各组细胞活力,克隆形成实验检测各组细胞克隆形成率,Hoechst 33342实验和细胞流式术检测各组细胞凋亡率,Western blotting法检测各组细胞中cleaved Caspase-3、Bax和Bcl-2蛋白表达水平,计算Bax/Bcl-2比值。采用活性氧(ROS)检测试剂盒检测细胞中ROS水平。结果:随着索拉菲尼浓度的升高,HepG2和HepG2R细胞活力逐渐降低,耐药细胞HepG2R对索拉菲尼的半数抑制浓度(IC50)值是HepG2的4.5倍(P<0.05)。随着PLB浓度升高和作用时间延长,耐药细胞对索拉菲尼敏感性升高。与对照组、索拉菲尼组和PLB组比较,联合组耐药细胞克隆形成率降低(P<0.05或P<0.01)。Hoechst33342实验,对照组细胞核淡染,索拉菲尼组和PLB组细胞核少部分浓染、明亮;联合组细胞核大部分浓染,细胞核染色质固缩、明亮。流式细胞术和Western blotting法检测,与对照组、索拉菲尼组和PLB组比较,联合组细胞凋亡率明显升高(P<0.05或P<0.01),细胞中cleaved Caspase-3蛋白表达水平和Bax/Bcl-2比值明显升高(P<0.05或P<0.01)。联合组细胞中ROS水平明显高于其他各组(P<0.05或P<0.01)。结论:PLB能改善肝癌对索拉菲尼的耐药情况,其机制可能与升高耐药细胞中ROS水平有关。

缺氧诱导因子-1α与抑癌基因p53在甲状腺乳头状癌中的表达及临床意义

目的:研究缺氧诱导因子-1α(HIF-1α)与抑癌基因p53(p53)突变型在甲状腺乳头状癌(PTC)中的表达情况,探讨HIF-1α和p53在PTC组织中的意义及其与临床病理参数的关系。方法:选取2016年3月至2018年3月盘锦辽油宝石花医院外科手术切除并存档于病理科的原发性PTC组织60例及癌旁正常甲状腺组织20例,采用免疫组织化学法及实时定量基因扩增荧光检测法(qPCR)检测两组HIF-1α与p53蛋白及mRNA水平,分析二者相关性及其与临床参数之间的相关性。结果:PTC组织中HIF-1α和p53蛋白阳性表达均高于癌旁正常甲状腺组织[66.7%(40/60)比6/20、70.0%(42/60)比6/20](P<0.05),且HIF-1α和p53表达呈正相关(r=0.849,P=0.001)。PTC组织中HIF-1α和p53 mRNA水平高于癌旁正常甲状腺组织(P<0.05),且二者表达呈正相关(r=0.594,P=0.002)。PTC组织中HIF-1α和p53蛋白表达强度分别与临床分期(r=0.386,P=0.003;r=0.463,P<0.001)和淋巴结转移(r=0.365,P=0.004、r=0.365,P=0.004)呈正相关,与患者性别、年龄及肿瘤大小无关(P>0.05)。结论:HIF-1α和p53在PTC中表达上调,与临床分期和淋巴结转移呈正相关,二者可能在PTC的发生、发展和转移中协同发挥促进作用。