荆州地区HPV-52型E7基因多态性分析和T细胞表位预测

目的研究湖北荆州地区人乳头瘤病毒52型(HPV-52)E7基因变异特征以及预测T细胞表位。方法扩增HPV-52阳性样本E7基因,测序并与GenBank参考序列比对,分析序列变异性,构建E7基因系统发育树,估算基因选择压力以及预测E7蛋白T细胞表位。结果 HPV-52 E7基因突变序列中检测到19个单核苷酸突变,包括10个非同义突变和9个同义突变。常见的单核苷酸突变为751C>T和801A>G,突变率分别为96.51%和98.84%。3个非同义突变发生在编码E7蛋白β折叠区域内。系统进化分析表明荆州地区HPV-52 E7基因变异序列主要分布在B谱系。对于HLA-A*02:01,MLLGTLQVV(84-92)表位亲和力最强,对于HLA-DQA1*01:01/DQB1*02:01,ATIKDYILDLQPETT(6-20)表位亲和力最强。结论湖北荆州地区HPV-52 E7基因序列具有多态性,单核苷酸突变的发现以及T细胞表位预测可为HPV治疗性疫苗的研究提供科学依据。

人乳头瘤病毒51型L1蛋白B细胞表位预测

目的对高危型人乳头瘤病毒51型(HPV-51)L1蛋白的B细胞表位进行预测和分析。方法从Swissprot蛋白质数据库中检索HPV51型L1蛋白序列,采用生物信息学软件分析其理化性质、二级结构、柔韧性、亲水性、表面可及性、抗原性等参数,运用ExPASy网站的TMPRED和PROTSCALE软件分析预测其跨膜区域;采用氨基酸抗原性指数方法计算肽段的平均抗原指数(AI),将得到的肽段序列用Protein BLAST进行在线同源性匹配分析。结果 HPV51型L1蛋白由504个氨基酸残基组成,分子质量单位为56.31487 ku,等电点8.38。预测人乳头瘤病毒51型L1蛋白的B细胞表位可能位于其N端的5-10、51-57、75-96、124-132、138-152、174-185、214-217、230-234、269-286、316-320、336-341、355-360、428-443、475-486、489-497肽段。采用氨基酸抗原性指数方法计算AI,筛选出10条HPV 51型L1蛋白的B细胞优势表位。同源性分析显示75-96、138-152、174-185、428-443区段为可能的HPV51型L1蛋白优势B细胞表位。结论生物信息学方法预测HPV51型L1蛋白含有多个B细胞表位优势区域,可为其表位疫苗的研究提供理论基础。