局部晚期直肠癌新辅助化放疗病理学缓解的预测基因分析

目的局部晚期直肠癌仅10%~30%的患者显示出病理完全缓解。文中利用基因表达谱分析预测局部晚期直肠癌新辅助化放疗(NCRT)病理学缓解的基因标签。方法从GEO数据库中筛选具有新辅助化放疗后病理学缓解分级的局部晚期直肠癌基因表达谱数据,并获得4个数据集GSE35452、GSE46862、GSE68204和GSE53781。合并前3个数据集并对批次效应校正后分为训练集(n=121)和内部验证集(n=53),最后1个作为外部验证集(n=26)。训练集中单因素Logistic和t检验筛选与病理学缓解相关基因(未多重校正P<0.05),并按P值排秩。取P<0.05所有基因纳入LASSO算法,取前50个基因纳入SVM算法构建预测模型,并在对应的验证集中验证。反复随机取样500次以判断标签基因和模型的稳定性。取LASSO算法纳入模型次数最多的21个基因作为构建预测模型的候选基因,分别以在174例合并数据集或外部独立验证集中的Logistic回归系数与表达值乘积和作为放化疗敏感指标进行验证。在 174例合并数据集中分析 NCRT缓解组与未缓解组间差异表达基因和调控网络。结果 GSE35452、GSE46862和 GSE68204数据集共 12 803个基因纳入分析。LASSO 算法在内部验证集中诊断病理学缓解的准确性、特异性和灵敏度分别为 0.523(95% CI: 0.396~0.642)、0.578(95% CI: 0.373~0.762)、0.464(95% CI: 0.258~0.700)。SVM 法在内部验证集中的诊断准确性、特异性和灵敏度分别为 0.504(95% CI: 0.377~0.623)、0.596(95% CI: 0.393~0.830)、0.405(95% CI: 0.182~0.650)。21 基因放化疗敏感指标对 174 例合并数据集和外部独立验证集的病理学缓解诊断的 AUC 分别为0.863 (95% CI: 0.811~0.912)和 0.925 (95% CI: 0.817~1.000)。结论由于个体间肿瘤异质性的影响,基于特定人群基因表达构建的新辅助放化疗缓解预测模型在不同人群中效能较低。调控网络分析表明参与直肠癌浸润、转移以及干性转化的机制可能介导了直肠癌放化疗抵抗。

对直肠癌新辅助放化疗敏感性研究的若干探讨

随着放射治疗技术的进步,放疗在结直肠癌的综合治疗中具有越来越重要的地位。特别是,对于II^HI期局部晚期直肠癌(locally advanced rectal cancer,LARC),新辅助放化疗可以显著提高局控率和保肛率而成为标准治疗方式21。

上调微小RNA-613表达对人肾细胞癌细胞生物学行为的影响

目的观察微小RNA-613(miR-613)对人肾细胞癌细胞生物学行为的影响,并探究其分子机制。方法分别将合成的miR-613模拟物(mimics)和miR-NC通过Lipofectamine 3000转入786-0细胞中,分为观察组和对照组。实时定量聚合酶链反应(qPCR)检测2组细胞中miR-613的表达量验证转染是否成功。噻唑蓝(MTT)法检测786-0细胞增殖,Transwell细胞迁移实验检测786-0细胞迁移。生物信息学预测miR-613的靶基因。双荧光素酶报告实验验证miR-613与靶基因之间的靶向关系及结合位点。qPCR和免疫印迹法(Western blot)检测靶基因的表达水平。结果 qPCR检测结果显示观察组中miR-613的表达量(16. 22±1. 08)显著高于对照组(1. 06±0. 20),差异有统计学意义(P<0. 01)。MTT结果显示观察组细胞在转染后的4、5 d时间点均表现出吸光度值降低(P<0. 05)。Transwell细胞迁移实验结果显示,对照组和观察组细胞从Transwell上室迁移到下室的细胞数分别为(199. 10±22. 74)个和(95. 55±17. 88)个,差异有统计学意义(P <0. 05)。生物信息学预测miR-613的靶基因为皮层肌动蛋白(CTTN)。双荧光素酶报告实验验证miR-613能够靶向调控CTTN基因(P<0.05)。转染后观察组细胞中CTTN mRNA及蛋白的表达量显著低于对照组(P<0.01)。结论上调miR-613的表达可抑制肾细胞癌细胞的增殖和迁移能力,其可能的分子机制是miR-613靶向抑制CTTN基因的表达。

依据体内基因表达数据构建子宫颈癌辅助放疗敏感模型初探

目的基于子宫颈癌组织基因表达情况构建放疗敏感模型,探讨应用模型判断辅助放疗获益人群的可行性。方法利用癌症和肿瘤基因图谱(TCGA)子宫颈癌数据库选取行单纯根治性手术切除病例和根治性手术后辅助外放疗的患者。以无复发生存(RFS)时间作为终点,采用多因素Cox回归分析法筛选放疗特异性候选基因。以基因回归系数和表达值乘积之和作为权重放疗敏感指数。应用时间依赖受试者工作特征(ROC)曲线分析该模型对RFS预测的准确性。应用Kaplan-Meier生存曲线联合Log-rank检验分析不同放疗敏感组间RFS的差异。结果数据库中子宫颈癌临床表型数据集中行根治性手术切除病例155例,其中完成辅助外放疗18例,转录组和微RNA(miRNA)数据库探针过滤后分别有17 156个基因和480个miRNA纳入分析。最终有23个基因符合统计学标准,经分层聚类分析这些基因为7个聚类,最终确立MAT2A、PIGY、SUSD1、ZNF341、TMEM85、HIF1AN和CLEC18A作为构建放疗敏感模型的基因,根据这7个基因构建放疗敏感指数,中位值为0.726(-5.501~9.046)。在单纯根治性手术组中,对脉管内癌栓校正后,7个基因敏感指数依然是RFS独立预后因素(HR=1.456,95%CI 1.192~1.780,P<0.01);在根治性手术后辅助放疗组中,对盆腔淋巴结阳性数校正后,7个基因敏感指数依然是RFS独立预后因素(HR=0.572,95%CI 0.328~0.998,P=0.049)。时间依赖性ROC曲线分析表明,7个基因放疗敏感指数均优于N分期及脉管内癌栓对3、5年RFS率预测的准确性。结论依据基因表达数据构建的子宫颈癌辅助放疗敏感模型具有判断术后放疗获益人群的潜在价值。