基于生物信息学筛选肉瘤免疫微环境中的预后标记物

目的基于生物信息学筛选肉瘤免疫微环境中的预后标记物,旨在为肉瘤免疫治疗方案制定提供参考。方法下载癌症基因图谱(TCGA)数据库中265个肉瘤的RNA-seq表达谱。利用R语言“limma”包筛选差异表达基因(DEGs),Veen图获取共同的DEGs。利用蛋白质-蛋白质互相作用(PPI)网络互作分析结合Cytoscape软件获取关键的DEGs;利用GEPIA数据库鉴定预后的相关基因,TIMER数据库中分析基因表达与免疫细胞浸润水平的相关性;基因富集分析(GSEA)验证关键基因对免疫相关信号通路调节作用。结果Kaplan-Meier生存分析结果表明,Immune Score、Stromal Score和ESTIMATE Score与肉瘤患者总生存时间(OS)和疾病特异性生存时间(DSS)呈正相关(P<0.05)。PPI核心模块中主要包含了10个核心的基因,即CD4、LCK、PTPN6、SYK、CD8A、PTPRC、CD3D、CD3E、LCP2、ITGAM,其中LCK、CD3E、PTPN6关键基因与患者的不良预后和免疫细胞浸润水平显著相关。单基因GSEA分析表明,LCK、CD3E及PTPN6表达上调能够显著地富集在T细胞受体信号通路。结论LCK、CD3E及PTPN6表达与肉瘤患者的预后和免疫细胞浸润有关,这一发现可能有助于改进肉瘤患者的免疫治疗。