陕西省2004-2017年细菌性痢疾时空分布流行病学分析

目的研究陕西省2004-2017年细菌性痢疾流行病学变化特征,为制定肠道传染病防控重点提供参考依据。方法对2004-2017年陕西省细菌性痢疾报告病例进行三间分布分析,利用圆形分布法分析季节流行特征,利用GIS地理信息系统展现菌痢在陕西省地理分布特征,利用SaTscan9.05进行时空扫描,探测时空发病聚集簇,利用OpenGeoDa1.2.0进行局部空间自相关分析,探测疫情聚集重点区域。结果陕西省2004-2017年细菌性痢疾平均发病率为32.64/10万,最高为2004年(86.47/10万),最低为2017年(11.31/10万);集中度M值为0.4700,发病具有一定的季节性;圆形分布分析高峰日为7月31日,高峰期5月19日-10月12日;时空扫描探测到5个聚集簇;局部空间自相关分析显示高-高聚集区域位于关中地区的西安、咸阳市,并向陕南地区转移,低-低聚类区域多位于陕南地区;人群性别比为1.29,以农民28.63%、散居儿童20.90%、学生20.13%为主。结论陕西省2004-2017年细菌性痢疾呈现逐年下降趋势,高发地区由关中地区逐渐转移至陕南地区,季节性逐渐趋于不明显,时空聚集也在减少,发病以男性儿童、学生及农民居多。

陕西省黑热病流行病学特征及时空聚类分析

目的分析陕西省黑热病流行病学和时空聚集特征及疫情长期流行的动态趋势,为疫情监测及制定防控措施提供科学依据。方法收集陕西省1953年7月—2016年12月黑热病疫情报告数据,采用描述流行病学方法分析黑热病的三间分布,并应用SaTScan 9.04和ArcGIS 10.2软件进行时空聚类分析和局部空间自相关分析。结果陕西省1953年7月—2016年12月累计报告黑热病发病41 990例,年均发病率为2.25/10万;死亡210例,年均死亡率为0.01/10万;总病死率为0.50%。陕西省黑热病在1950年代发病数、死亡数和病死率均较高,1960年代以后大幅下降,到2004年疫情有小幅回升,部分地区出现小的暴发点。黑热病发病高峰以夏秋季7—9月为主,占总发病数的36.98%;男女发病性别比为1.93:1;职业以农民和散居儿童为主,分别占总发病数的48.10%和34.18%。黑热病病例主要分布在陕西省10个地级市92个县(区);时空聚类分析结果显示,陕西省黑热病共探测到5个聚集区域,聚集中心分别为靖边县、勉县、武功县、蓝田县和澄城县;空间自相关分析结果显示,1950年代关中地区有多处黑热病高-高聚集区,1960-1990年代以陕北地区为主,2000年代在汉中市出现高-高聚集区,2010年代高-高聚集区为宜川县和韩城市等地貌特点为黄土高原与关中平原交界地带。结论陕西省黑热病发病总体呈下降趋势,近年局部有所回升,应针对高危人群和高发地区加强疫情监测,及时控制黑热病重新流行。

陕西省炭疽流行病学回顾性分析及防治对策探讨

目的回顾分析陕西省历史炭疽疫情,分析其流行特征及影响因素,探讨新形势下的防控对策。方法对陕西省1955-2015年炭疽疫情报告数据及有关调查资料进行汇总,采用描述流行病学方法分析陕西省人间炭疽的三间分布规律,并对重点爆发疫情调查资料及实验室检测进行综合评估。结果陕西省1955-2015年共报告炭疽发病数3 849例,平均发病率0.21/10万,病死率3.14%。高发地区集中在畜牧业发达的渭南、咸阳等市,发病季节分布在7~9月,以青壮年男性为主,实验室资料较欠缺。结论陕西省炭疽疫情虽在全国处于低发区,但局部暴发危险仍然存在,建议与畜牧部门紧密配合,建立炭疽监测系统,规范疫区处理,加强宣传教育,降低发病的危险因素,为今后我省炭疽防治提供科学依据。

农村寄宿制学校宋内志贺菌菌痢暴发及全基因组溯源分析

目的对陕西省3起寄宿制学校感染性腹泻暴发事件进行流行病学调查、病原分离鉴定及分子溯源分析,为科学指导临床诊断治疗及流行病学调查工作提供参考。方法对陕西省3起寄宿制学校感染性腹泻事件开展现场调查,描述疫情三间分布,分析流行特征。采集病例肛拭子标本、剩余食物、环境及水源标本,进行病原分离鉴定。选择代表菌株进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型,全基因组多位点序列分型(MLST),单核苷酸多态(SNP)分析,预测毒力基因谱及耐药基因谱。结果 2017年8—9月报告的3起疫情共发病282例,以发热、腹泻为主,里急后重及粘液脓血便症状不明显,均为学生群体,性别间差异无统计学意义。病例肛拭宋内志贺菌检出率为62.22%(56/90),肛拭ipa H基因检测阳性率为69.70%(46/66),环境样本阳性率为12.31%(8/65);PFGE,全基因组MLST,SNP分析表明,3起疫情代表菌株不同源。毒力基因预测共有12种毒力基因。耐药基因预测有氨基糖苷类、甲氧苄啶类、磺胺类、β-内酰胺类、四环素类、大环内酯类的耐药基因。结论陕西省3起寄宿制学校宋内志贺菌引起的细菌性痢疾暴发之间无直接关联,病原菌毒力基因谱与国内常见宋内志贺菌特征一致,存在多重耐药基因。

TaqMan-LNA探针多重实时荧光定量PCR检测炭疽芽胞杆菌的研究

目的设计检测多个靶基因的炭疽多重荧光定量PCR反应系统,建立快速准确的基因诊断方法,解决蜡样芽胞菌群基因诊断交叉反应问题。方法选择炭疽杆菌PX01毒素质粒基因pagA,PX02毒素质粒基因capB,以及染色体上的前噬菌体λBa03基因PL3作为靶基因,利用在线荧光定量PCR引物设计软件设计、优化多重PCR引物以及相应的TaqMan探针序列,对探针进行LNA标记并优化荧光PCR反应体系,构建多重实时荧光定量PCR反应系统。以3对引物PCR扩增并克隆靶基因的质粒标准品,倍比稀释后进行敏感度试验,以炭疽、蜡样芽胞杆菌、苏云金杆菌、蕈状杆菌以及常见肠道致病菌进行特异度试验,利用炭疽弱毒株污染土壤及奶粉进行模拟检测。结果 TaqMan-LNA多重实时荧光定量PCR可迅速检出3个炭疽杆菌靶基因,常用的探针法荧光定量PCR反应液均适用;pagA、CapB、PL3基因克隆标准品序列正确;该方法对pagA、CapB、PL3基因的检出限分别为63、398、114copies/μl,且仅检出炭疽杆菌基因,其余4种蜡样芽胞菌扩增均阴性。土壤及奶粉样品检测均阳性,其中pagA近检出限为6.6×104/ml,PL3基因检出限为6.6×105/ml。结论 TaqMan-LNA多重实时荧光定量PCR方法具有适用性广,检测迅速,灵敏度及特异度高等特点,能够将炭疽杆菌与蜡样芽胞菌群中其他细菌相鉴别,可试用于炭疽杆菌的感染检测。

检测利什曼原虫的实时荧光定量PCR的建立及应用

建立一种快速准确检测利什曼原虫的实时荧光定量PCR(qPCR)方法。以利什曼原虫动基体小环保守序列为靶基因,设计1对特异性引物和Taq-Man探针,以利什曼原虫阳性患者骨髓样品DNA为模板进行PCR扩增,扩增产物长83 bp。扩增产物连接至pESI-T载体进行克隆、测序,测序结果在GenBank上进行BLAST比对,结果显示,其序列与婴儿利什曼原虫和杜氏利什曼原虫的序列一致性为100%。取测序正确的质粒梯度稀释至10^(2)~10^(7)拷贝/μl作为标准品进行qPCR,绘制获得标准曲线方程y=39.23-2.956 x,扩增效率为117.93%,R^(2)为0.994;当阈值循环数为35时,最低检测限为26.98拷贝/μl,理论上可检出小于1个利什曼原虫。用所建立的qPCR检测内脏利什曼病患者骨髓样品14份、血样26份,利什曼病病犬的骨髓、血液、脾、肺、淋巴结、肝、肾组织样品各1份,利什曼原虫阳性白蛉2份,患者和病犬骨髓培养物各1份,结果均为阳性;检测利什曼原虫血清抗体阳性犬骨髓9份,结果7份阳性;检测利什曼原虫血清抗体阴性人群血样56份,沙门菌、志贺菌、蜡样芽胞杆菌DNA各1份,疟疾患者血样4份,刚地弓形虫病患者血样、卫氏并殖吸虫病患者血样各1份,结果均为阴性。所建立的qPCR具有较高灵敏度及特异度,可用于利什曼病患者、宿主动物、传播媒介利什曼原虫感染与带虫状态的快速检测,可用于患者的疗效判定。

利用荧光定量PCR快速鉴定炭疽疫情和种群分型

目的应用实时荧光定量PCR技术对2015年陕西炭疽疫情快速鉴定和种群分析。方法对甘泉县炭疽病例水泡液或病灶涂抹物及血液标本进行细菌分离,同时提取核酸进行荧光定量PCR试验。结果从1例病灶涂抹物中分离到1株炭疽芽胞杆菌。在19例病例中检出16例核酸阳性,疫情相关菌株种群确定为A.Br.001/002群。结论炭疽杆菌实时荧光定量PCR可用于炭疽疫情迅速判定,确定病例菌株种群,可克服传统病原培养分离阳性率低,血清学诊断时间长的缺点。