纳米孔测序技术鉴定陕西省首例马尔尼菲青霉菌感染病例

目的对1例严重感染性疾病进行病原学检测,查明感染来源,为临床诊断治疗提供依据。方法调查了解患者流行病学史、临床症状及体征,开展一般实验室检测。提取患者血样核酸,利用基于纳米孔测序的宏基因组分析技术,查询病原线索;利用真菌ITS通用引物、马尔尼菲青霉菌PCR以及利什曼原虫、组织荚膜胞浆菌PCR引物进行鉴别;对患者血样进行真菌双相培养确诊。结果患者曾有不洁同性及异性性交史,常去东南亚地区旅行,临床症状及体征符合HIV感染表现,HIV初筛及确证实验为阳性,利什曼原虫抗体阴性。利用纳米孔测序仪MinION实际测序时间3.5 h,共获得84000条Reads,序列长度均值7088.7 base,最长为87471 base,最短为562 base,总数据量为495 Mb。将basecalling所获数据上传EPI2Me,以WIMP workflow分析,有63617条为人类基因组数据,13条马尔尼菲青霉菌序列;真菌ITS扩增测序结果鉴定为马尔尼菲青霉菌,马尔尼菲青霉菌PCR结果阳性,组织荚膜胞浆菌PCR阴性;真菌双相培养在25℃为霉菌样菌落,37℃为酵母样菌落,经鉴定均为马尔尼菲青霉菌。结论该患者为中国陕西省首次报道的HIV合并马尔尼菲青霉菌感染病例,基于纳米孔测序的宏基因组分析技术可做为临床疑难感染性疾病快速诊断的一种指示方法。

2017年陕西省韩城市利什曼病流行病学分析

目的了解2017年陕西省韩城市利什曼病流行现状,为制定疫情监测方案及防治措施提供依据。方法通过中国疾病预防控制中心疾病监测信息报告管理系统,收集2017年韩城市利什曼病疫情信息和调查报告,采集患者静脉血。选择韩城市2012年以来有病例报告的桑树坪(王峰)镇程家洞村、杨湾村和水草塔村,西庄(盘龙)镇曹家山村,昝村镇东贾村,龙门镇西塬村等6个村为调查点,其中程家洞村、杨湾村、水草塔村、曹家山村为丘陵区生境,西塬村和东贾村为黄土台原地区生境。在调查点内以人工小时捕捉法从6月中旬至9月下旬连续监测白蛉密度。以既往病例家庭为线索,随机采集人群、家犬EDTA-K2抗凝血及普通血样各3 ml,采集疑似病犬的骨髓,血清学抗体阳性犬捕杀后采集骨髓拭子。人群血清采用rK39免疫层析试纸条检测利什曼原虫抗体;犬血清以ELSIA试剂盒检测利什曼原虫抗体,血清学抗体阳性犬利用rK39免疫层析试纸条进行复检。家犬骨髓进行病原学检测。提取患者和血清学抗体阳性犬骨髓和阳性白蛉组织DNA, PCR检测利什曼原虫动基体靶基因,分别扩增内转录间隔区1 (ITS-1)、小亚单位核糖体核糖核酸(SSU rRNA)、 DNA重复序列并测序,进行聚类分析,鉴定虫种。结果韩城市2017年共报告10例利什曼病,其中8例为外来务工人员, 2例为本地儿童。人群利什曼病血清抗体阳性率为3.1%(7/224),无症状人群PCR未检出阳性。犬利什曼原虫血清抗体阳性率为34.3%(115/335),丘陵区犬血清抗体阳性率51.5%(105/204)高于黄土台原地区的7.6%(10/131)(χ~2=68.000, P <0.05);媒介监测, 6-9月白蛉平均密度为16.7只/(人工·h),最高密度为122只/(人工·h),丘陵区平均密度23.6只/(人工·h),高于黄土台原地区的0.3只/(人工·h)(t=2.19, P <0.05)。共捕获白蛉336只,其中雌蛉168只,雄蛉168只。鉴定白蛉228只,其中中华白蛉占29.4%(67/228)。PCR检测中华白蛉利什曼原虫阳性率为1.5%(2/137)。在1只病犬、 2例患者骨髓中分离到利什曼原虫,根据ITS-1、 SSU rRNA、 DNA重复序列聚类分析结果鉴定所感染的为婴儿利什曼原虫。结论韩城市人群、犬和白蛉均存在婴儿利什曼原虫感染,丘陵区犬感染率高于黄土台原地区。